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- PDB-5b46: 2-Oxoacid:Ferredoxin Oxidoreductase 2 from Sulfolobus tokodai - l... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b46
タイトル2-Oxoacid:Ferredoxin Oxidoreductase 2 from Sulfolobus tokodai - ligand free form
要素(2-oxoacid--ferredoxin oxidoreductase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / thiamin pyrophosphate / iron-sulfur cluster / ferredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxobutyrate synthase activity / 2-oxoacid oxidoreductase (ferredoxin) / 2-oxoglutarate synthase activity / pyruvate synthase activity / thiamine pyrophosphate binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / 2-oxoacid:acceptor oxidoreductase, beta subunit / Pyruvate ferredoxin oxidoreductase beta subunit, C-terminal / Pyruvate ferredoxin oxidoreductase beta subunit C terminal / 2-oxoacid:acceptor oxidoreductase, alpha subunit / : / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase, core domain II / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase core domain II / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, pyrimidine binding domain ...: / : / 2-oxoacid:acceptor oxidoreductase, beta subunit / Pyruvate ferredoxin oxidoreductase beta subunit, C-terminal / Pyruvate ferredoxin oxidoreductase beta subunit C terminal / 2-oxoacid:acceptor oxidoreductase, alpha subunit / : / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase, core domain II / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase core domain II / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, pyrimidine binding domain / : / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, thiamine diP-bdg / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, central domain / Pyruvate/ketoisovalerate oxidoreductase, catalytic domain / Pyruvate ferredoxin/flavodoxin oxidoreductase / Rossmann fold - #920 / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / THIAMINE DIPHOSPHATE / 2-oxoacid:ferredoxin oxidoreductase 2, subunit alpha / 2-oxoacid:ferredoxin oxidoreductase 2, subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii str. 7 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yan, Z. / Maruyama, A. / Arakawa, T. / Fushinobu, S. / Wakagi, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
JSPS KAKENHI24580136 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of archaeal 2-oxoacid:ferredoxin oxidoreductases from Sulfolobus tokodaii
著者: Yan, Z. / Maruyama, A. / Arakawa, T. / Fushinobu, S. / Wakagi, T.
履歴
登録2016年4月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-oxoacid--ferredoxin oxidoreductase alpha subunit
B: 2-oxoacid--ferredoxin oxidoreductase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,9545
ポリマ－104,1522
非ポリマー8013
水4,738263
1
A: 2-oxoacid--ferredoxin oxidoreductase alpha subunit
B: 2-oxoacid--ferredoxin oxidoreductase beta subunit
ヘテロ分子

A: 2-oxoacid--ferredoxin oxidoreductase alpha subunit
B: 2-oxoacid--ferredoxin oxidoreductase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,90710
ポリマ－208,3054
非ポリマー1,6036
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area27700 Å2
ΔGint-204 kcal/mol
Surface area56500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.889, 205.048, 126.988
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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2-oxoacid--ferredoxin oxidoreductase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 2-oxoacid--ferredoxin oxidoreductase alpha subunit


分子量: 70297.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii str. 7 (古細菌)
株: 7 / 遺伝子: STK_24350 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 (DE3)
参照: UniProt: Q96XT2, Oxidoreductases; Acting on the aldehyde or oxo group of donors; With an iron-sulfur protein as acceptor
#2: タンパク質 2-oxoacid--ferredoxin oxidoreductase beta subunit


分子量: 33855.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii str. 7 (古細菌)
株: 7 / 遺伝子: STK_24330 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 (DE3)
参照: UniProt: Q96XT4, Oxidoreductases; Acting on the aldehyde or oxo group of donors; With an iron-sulfur protein as acceptor

-
非ポリマー , 4種, 266分子

#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.7 M ammonium tartrate dibasic, 0.1 M Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月23日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 76707 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 30.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.605 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→33.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 4.457 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.152 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21922 3866 5 %RANDOM
Rwork0.17456 ---
obs0.17679 72834 98.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.717 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→33.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7294 0 35 263 7592
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0197482
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9991.96810125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.233316721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5435926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.69524.465327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.092151329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3191539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.21122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0218386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021662
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6463.9383710
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6453.9383709
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7385.8844634
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7385.8844635
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9184.4943772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9184.4943773
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.0666.4985480
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.32631.6238442
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.32931.5778387
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 278 -
Rwork0.255 5281 -
obs--97.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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