PDB-5b3r: Crystal structure of metallo-beta-lactamase IMP-18 from Pseudomon...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5b3r

タイトル

Crystal structure of metallo-beta-lactamase IMP-18 from Pseudomonas aeruginosa

要素

IMP-18

キーワード

HYDROLASE / metallo-beta-lactamase / antibiotic resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2 Å

データ登録者

Shimizu-Ibuka, A. / Ishii, Y.

引用

ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2016
タイトル: Structural and Mutagenic Analysis of Metallo-beta-Lactamase IMP-18
著者: Furuyama, T. / Nonomura, H. / Ishii, Y. / Hanson, N.D. / Shimizu-Ibuka, A.

履歴

登録	2016年3月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5b3r.cif.gz	100.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5b3r.ent.gz	76.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5b3r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5b3r_validation.pdf.gz	460.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5b3r_full_validation.pdf.gz	462.6 KB	表示
XML形式データ	5b3r_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	5b3r_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/5b3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/5b3r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3wxc-2 4c1g-1 4h95-2 5ev8-4 3qlw-1 1ia3-1 6r73-2 5t7j-d 6r73-1 6qgn-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: IMP-18

B: IMP-18

ヘテロ分子

51.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: IMP-18

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: IMP-18

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.550, 87.380, 105.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	17
Space group name H-M	P222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2172- HOH

#1: タンパク質	IMP-18 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase IMP-18 分子量: 25219.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: IMP-18, blaIMP-18, blaimp-18, imp-18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5U807, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.27 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: sodium citrate, polyethylene glycol 4000, ethylene glycol, Strontium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→36.82 Å / Num. obs: 50965 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 14.3 % / Net I/σ(I): 6.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 3.079 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23199	2498	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20068	-	-	-
obs	0.20229	46813	98.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.889 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.58 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3384	0	30	162	3576

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	3485
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3353
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.317	1.957	4719
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.796	3	7758
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.242	5	430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.864	25.54	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.329	15	618
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.842	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	528
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3874
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	754
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.461	2.723	1729
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.461	2.721	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.232	4.067	2156
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.232	4.07	2157
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.958	3.017	1756
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.959	3.018	1754
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.179	4.394	2563
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.433	22.246	3993
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.417	22.158	3945
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	177	-
R_work	0.232	3324	-
obs	-	-	97.09 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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