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- PDB-5b3h: The crystal structure of the JACKDAW/IDD10 bound to the heterodim... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b3h
タイトルThe crystal structure of the JACKDAW/IDD10 bound to the heterodimeric SHR-SCR complex
要素
  • Protein SCARECROW
  • Protein SHORT-ROOT
  • Zinc finger protein JACKDAW
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


bundle sheath cell fate specification / radial pattern formation / regulation of hormone metabolic process / regulation of meristem growth / gravitropism / asymmetric cell division / leaf development / root development / regulation of epidermal cell differentiation / maintenance of protein location in nucleus ...bundle sheath cell fate specification / radial pattern formation / regulation of hormone metabolic process / regulation of meristem growth / gravitropism / asymmetric cell division / leaf development / root development / regulation of epidermal cell differentiation / maintenance of protein location in nucleus / regulation of cell division / negative regulation of mitotic cell cycle / protein localization to nucleus / cell redox homeostasis / recycling endosome / late endosome / sequence-specific DNA binding / early endosome / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / BIRD-IDD transcription factor, fourth C2HC zinc finger / BIRD-IDD transcription factor, third C2HC zinc finger / BIRD-IDD transcription factor, second C2H2 zinc finger / Transcription factor GRAS / GRAS domain family / GRAS family profile. / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. ...: / BIRD-IDD transcription factor, fourth C2HC zinc finger / BIRD-IDD transcription factor, third C2HC zinc finger / BIRD-IDD transcription factor, second C2H2 zinc finger / Transcription factor GRAS / GRAS domain family / GRAS family profile. / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein JACKDAW / Protein SCARECROW / Protein SHORT-ROOT
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hirano, Y. / Suyama, T. / Nakagawa, M. / Hakoshima, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)50452529 日本
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas22121002 日本
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2017
タイトル: Structure of the SHR-SCR heterodimer bound to the BIRD/IDD transcriptional factor JKD
著者: Hirano, Y. / Nakagawa, M. / Suyama, T. / Murase, K. / Shirakawa, M. / Takayama, S. / Sun, T.P. / Hakoshima, T.
履歴
登録2016年2月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein SCARECROW
B: Protein SHORT-ROOT
D: Protein SCARECROW
E: Protein SHORT-ROOT
C: Zinc finger protein JACKDAW
F: Zinc finger protein JACKDAW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,24610
ポリマ－194,9846
非ポリマー2624
水19811
1
A: Protein SCARECROW
B: Protein SHORT-ROOT
C: Zinc finger protein JACKDAW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,6235
ポリマ－97,4923
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Protein SCARECROW
E: Protein SHORT-ROOT
F: Zinc finger protein JACKDAW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,6235
ポリマ－97,4923
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.668, 203.389, 88.451
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Protein SCARECROW / AtSCR / GRAS family protein 20 / AtGRAS-20 / Protein SHOOT GRAVITROPISM 1


分子量: 42055.730 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 275-653 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SCR, SGR1, At3g54220, F24B22.180 / プラスミド: pET47b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9M384
#2: タンパク質 Protein SHORT-ROOT / AtSHR / GRAS family protein 26 / AtGRAS-26 / Protein SHOOT GRAVITROPISM 7


分子量: 47279.145 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 112-531 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SHR, SGR7, At4g37650, F19F18.140 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9SZF7
#3: タンパク質 Zinc finger protein JACKDAW / ID1-like zinc finger protein 3 / Protein indeterminate-domain 10


分子量: 8157.245 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 155-224 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: JKD, IDD10, IDZ3, At5g03150, F15A17.180 / プラスミド: pET49b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q700D2
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE CONFLICT P233S IS BASED ON REFERENCE 4 (AAL69513) ACCORDING TO DATABASE Q9SZF7 (SHR_ARATH)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: tris-HCl (pH 8.0) buffer, 8% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月4日
放射モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator , Si (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 54886 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / Rsym value: 0.08

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B3G

5b3g


解像度: 2.7→39.438 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2462 2781 5.07 %
Rwork0.2077 --
obs0.2096 54886 98.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.438 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12772 0 4 11 12787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813049
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96817688
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0854639
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521972
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042280
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.74650.3371280.30642499X-RAY DIFFRACTION94
2.7465-2.79650.35851380.28322563X-RAY DIFFRACTION99
2.7965-2.85020.35121360.27632653X-RAY DIFFRACTION99
2.8502-2.90840.33261340.27642595X-RAY DIFFRACTION99
2.9084-2.97160.321450.26682588X-RAY DIFFRACTION99
2.9716-3.04070.29441280.2672666X-RAY DIFFRACTION99
3.0407-3.11670.33841430.26122578X-RAY DIFFRACTION99
3.1167-3.2010.34731530.26072653X-RAY DIFFRACTION99
3.201-3.29510.26251360.24792579X-RAY DIFFRACTION99
3.2951-3.40140.26121670.22632613X-RAY DIFFRACTION99
3.4014-3.52290.26191240.22292610X-RAY DIFFRACTION99
3.5229-3.66390.22511360.20712585X-RAY DIFFRACTION99
3.6639-3.83050.26661420.20632624X-RAY DIFFRACTION99
3.8305-4.03230.20161360.19232622X-RAY DIFFRACTION99
4.0323-4.28460.23941330.17372587X-RAY DIFFRACTION99
4.2846-4.6150.19711260.16232651X-RAY DIFFRACTION99
4.615-5.07850.20831690.1772582X-RAY DIFFRACTION99
5.0785-5.81140.23111430.20452646X-RAY DIFFRACTION99
5.8114-7.31410.22981270.20992640X-RAY DIFFRACTION99
7.3141-39.44180.19031370.15922571X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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