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- PDB-5b1z: Crystal structure of Bcl-xL in complex with HBx-BH3 motif -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b1z
タイトルCrystal structure of Bcl-xL in complex with HBx-BH3 motif
要素
  • Bcl-2-like protein 1
  • Peptide from Protein X
キーワードAPOPTOSIS / HBx / Bcl-xL / HBV replication
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic process in bone marrow cell / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of dendritic cell apoptotic process ...apoptotic process in bone marrow cell / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / fertilization / regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / response to cycloheximide / cellular response to alkaloid / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / BH3 domain binding / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / host cell mitochondrion / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / viral genome replication / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of cytokinesis / epithelial cell proliferation / response to cytokine / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / endocytosis / RAS processing / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / spermatogenesis / nuclear membrane / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / neuron apoptotic process / defense response to virus / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / protein heterodimerization activity / centrosome / host cell nucleus / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transactivation protein X / Trans-activation protein X / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 ...Transactivation protein X / Trans-activation protein X / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein X / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Yuan, Y.A.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Bcl-xL in complex with HBx-BH3 motif
著者: Yuan, Y.A.
履歴
登録2015年12月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1
B: Bcl-2-like protein 1
C: Peptide from Protein X
D: Peptide from Protein X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5274
ポリマ－40,5274
非ポリマー00
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7670 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area16500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.708, 135.317, 97.593
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-256-

HOH

21B-274-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 17506.504 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-209, with deletion of residues 27-82 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Protein X / HBx / Peptide X / pX


分子量: 2757.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
発現宿主: Peptide display vector fth1 (その他) / 参照: UniProt: I3XMW8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.45 % / 解説: plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 1.05M Sodium Citrate, 0.1M CHES pH 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 180 degree, 1 degree osillation
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 17371 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 13.974 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27388 944 5.2 %RANDOM
Rwork0.20509 ---
obs0.20852 17371 97.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.523 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.85 Å20 Å20 Å2
2--1.62 Å20 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2614 0 0 151 2765
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0192674
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6511.9223614
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89135632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1425318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.50824.167144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.6715446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0641518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023076
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02686
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8280.9841284
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8280.9841283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3891.4651598
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3881.4651599
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1331.0741388
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1331.0741389
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.7811.5722016
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.3158.033288
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.2847.8583259
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 51 -
Rwork0.234 1108 -
obs--83.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7782-1.49060.30773.8855-1.35922.0140.07540.1666-0.2016-0.1302-0.324-0.19270.2130.32180.24860.07360.00150.00060.09650.05880.09669.906836.183636.6047
22.3148-1.0819-0.34653.04080.23791.51540.0137-0.05240.01830.0714-0.05370.0941-0.2139-0.04350.040.1033-0.0057-0.00030.0068-0.00420.0501-6.457854.876338.1727
34.96122.80031.70597.68560.49293.6753-0.270.3462-0.3919-0.96170.4316-0.08080.85170.2414-0.16150.4780.19650.10310.5050.11260.280519.798932.707825.7068
43.59444.77541.06410.56420.39661.6959-0.21250.33610.2691-0.74670.19340.8343-0.3529-0.1520.01910.38550.14010.01650.4173-0.07890.2444-19.184956.88830.004
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 144
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 144
3X-RAY DIFFRACTION3C118 - 133
4X-RAY DIFFRACTION4D118 - 135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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