PDB-5b12: Crystal structure of the B-type halohydrin hydrogen-halide-lyase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5b12

タイトル

Crystal structure of the B-type halohydrin hydrogen-halide-lyase mutant F71W/Q125T/D199H from Corynebacterium sp. N-1074

要素

Halohydrin epoxidase B

キーワード

LYASE / Enantioselectivity / Halohydrin

機能・相同性

Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / Halohydrin epoxidase B

機能・相同性情報

生物種

Corynebacterium sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.721 Å

データ登録者

Watanabe, F. / Yu, F. / Ohtaki, A. / Yamanaka, Y. / Noguchi, K. / Odaka, M. / Yohda, M.

引用

ジャーナル: J.Biosci.Bioeng. / 年: 2016
タイトル: Improvement of enantioselectivity of the B-type halohydrin hydrogen-halide-lyase from Corynebacterium sp. N-1074
著者: Watanabe, F. / Yu, F. / Ohtaki, A. / Yamanaka, Y. / Noguchi, K. / Odaka, M. / Yohda, M.

履歴

登録	2015年11月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月10日	Group: Database references
改定 1.2	2017年2月15日	Group: Other
改定 1.3	2020年2月26日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5b12.cif.gz	302.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5b12.ent.gz	244.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5b12.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5b12_validation.pdf.gz	452.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5b12_full_validation.pdf.gz	456.9 KB	表示
XML形式データ	5b12_validation.xml.gz	62 KB	表示
CIF形式データ	5b12_validation.cif.gz	93.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/5b12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/5b12	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4zd6-1 4zd6-2 4zu3-2 4zu3-1 3bzw-3 1gn2-2 4pyd-d 1zwy-d 5yfd-2 5yfc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Halohydrin epoxidase B

B: Halohydrin epoxidase B

C: Halohydrin epoxidase B

D: Halohydrin epoxidase B

E: Halohydrin epoxidase B

F: Halohydrin epoxidase B

ヘテロ分子

152 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Halohydrin epoxidase B

B: Halohydrin epoxidase B

C: Halohydrin epoxidase B

D: Halohydrin epoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Halohydrin epoxidase B

F: Halohydrin epoxidase B

ヘテロ分子

E: Halohydrin epoxidase B

F: Halohydrin epoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	120.913, 215.005, 104.864
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-501- HOH
2	1	E-579- HOH
3	1	F-520- HOH

#1: タンパク質	Halohydrin epoxidase B 分子量: 25358.500 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 11-235 / 変異: F71W, Q125T, D199H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium sp. (バクテリア) 遺伝子: hheB / プラスミド: pSTT206 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q46347
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.08 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG400, ammonium sulfate, 2-propanol, PEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 143723 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.7 % / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 37.4
反射シェル	解像度: 1.72→1.78 Å / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 0.287 / Mean I/σ(I) obs: 11.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2152: 000)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 1.721→35.13 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1944	7205	5.02 %	Random selection
R_work	0.1619	-	-	-
obs	0.1635	143646	99.77 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.721→35.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10583	0	6	1524	12113

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	10878
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.964	14810
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.94	6360
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	1636
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1937

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7212-1.7408	0.2656	233	0.2071	4507	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7408-1.7613	0.2787	252	0.2075	4497	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7613-1.7828	0.2374	262	0.1938	4472	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7828-1.8053	0.2419	246	0.1882	4522	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8053-1.8291	0.2218	218	0.1941	4500	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8291-1.8541	0.2527	230	0.199	4563	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8541-1.8806	0.2389	226	0.1981	4532	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8806-1.9087	0.2611	252	0.19	4506	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9087-1.9385	0.2285	237	0.1857	4515	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9385-1.9703	0.2523	230	0.1903	4564	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9703-2.0043	0.2461	248	0.1908	4515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0043-2.0407	0.2283	227	0.1835	4522	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0407-2.0799	0.228	214	0.1773	4591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0799-2.1224	0.2188	245	0.1765	4517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1224-2.1685	0.195	247	0.169	4513	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1685-2.219	0.2193	239	0.1648	4553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.219-2.2745	0.1857	240	0.1668	4535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2745-2.3359	0.2028	244	0.1661	4549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3359-2.4047	0.215	199	0.1682	4561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4047-2.4823	0.2144	248	0.1632	4591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4823-2.571	0.2019	251	0.167	4539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.571-2.6739	0.2109	232	0.1693	4558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6739-2.7955	0.1902	239	0.1672	4561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7955-2.9428	0.1848	274	0.1585	4553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9428-3.1271	0.1778	241	0.158	4563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1271-3.3684	0.1866	230	0.1581	4608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3684-3.707	0.1737	242	0.1492	4597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.707-4.2426	0.1614	235	0.1288	4632	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2426-5.3422	0.1367	269	0.1289	4627	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3422-35.1375	0.1696	255	0.1509	4578	X-RAY DIFFRACTION	95

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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