PDB-5b0e: Polyketide cyclase OAC from Cannabis sativa, V59M mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5b0e

タイトル

Polyketide cyclase OAC from Cannabis sativa, V59M mutant

要素

Olivetolic acid cyclase

キーワード

LYASE / Cannabis sativa / plant polyketide cyclase

機能・相同性

機能・相同性情報

olivetolic acid cyclase / olivetolic acid biosynthetic process / cannabinoid biosynthetic process / pollen tube adhesion / cyclase activity / terpenoid biosynthetic process / lyase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cannabis sativa (アサ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.603 Å

データ登録者

Yang, X. / Matsui, T. / Mori, T. / Abe, I. / Morita, H.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: Structural basis for olivetolic acid formation by a polyketide cyclase from Cannabis sativa
著者: Yang, X. / Matsui, T. / Kodama, T. / Mori, T. / Zhou, X. / Taura, F. / Noguchi, H. / Abe, I. / Morita, H.

履歴

登録	2015年10月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月6日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5b0e.cif.gz	99.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5b0e.ent.gz	75.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5b0e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/5b0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/5b0e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5b08SC 5b09C 5b0aC 5b0bC 5b0cC 5b0dC 5b0fC 5b0gC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5b0f-d 5b08-d 5b0g-1 3lnt-3 5b0c-d 4hbm-9 3hf5-2 5xzq-6 3hds-1 3hds-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Olivetolic acid cyclase

B: Olivetolic acid cyclase

ヘテロ分子

24.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.710, 47.710, 176.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and segid ARO
2	1	chain B and segid BRO

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A and segid ARO	A	0
2	1	1	chain B and segid BRO	B	0

#1: タンパク質	Olivetolic acid cyclase 分子量: 12262.076 Da / 分子数: 2 / 変異: V59M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cannabis sativa (アサ) / 遺伝子: OAC / プラスミド: pQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: I6WU39, olivetolic acid cyclase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.11 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM Tris - HCl, pH 8.5, 15% (w/v) PEG 20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月22日
放射	モノクロメーター: Si(1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.03
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 31774 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 26.2
反射シェル	解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 7 / % possible all: 99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R rigid body: 0.466

	最高解像度	最低解像度
Rotation	41.32 Å	1.68 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5B08

5b08

解像度: 1.603→41.318 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.62 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2348	1589	5 %	Random selection
R_work	0.2117	30172	-	-
obs	0.2133	31774	99.94 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.53 Å² / B_iso mean: 24.3108 Å² / B_iso min: 16.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.603→41.318 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1711	0	6	156	1873
B_iso mean	-	-	21.16	26.72	-
残基数	-	-	-	-	204

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1763
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.084	2383
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	257
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	297
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.295	646

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	868	X-RAY DIFFRACTION	17.369	TORSIONAL
1	2	B	868	X-RAY DIFFRACTION	17.369	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 95 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.6031-1.6548	0.2639	143	0.2386	2699	2842
1.6548-1.714	0.2479	140	0.2373	2676	2816
1.714-1.7826	0.2706	142	0.2257	2690	2832
1.7826-1.8637	0.2153	141	0.2253	2683	2824
1.8637-1.962	0.2392	143	0.2211	2706	2849
1.962-2.0849	0.2417	143	0.2177	2725	2868
2.0849-2.2458	0.2419	143	0.2133	2716	2859
2.2458-2.4718	0.2238	145	0.2112	2749	2894
2.4718-2.8294	0.2479	145	0.2131	2765	2910
2.8294-3.5644	0.2333	147	0.2148	2793	2940
3.5644-40.2483	0.2198	157	0.1877	2970	3127

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9412	0.3517	-0.1846	0.6845	0.1069	0.7064	-0.1166	0.1303	0.0604	-0.0937	0.0829	0.0408	-0.0413	0.0154	0	0.2412	-0.0158	-0.0025	0.2592	-0.0006	0.2326	-29.3097	-11.1048	-9.193
2	0.0887	0.0542	0.1004	0.1723	0.1322	0.1488	0.1454	0.1305	-0.0064	-0.0916	-0.1207	0.0653	-0.4298	0.0865	0	0.2418	-0.0094	0.0091	0.2583	-0.0087	0.2364	-21.2733	-2.5261	0.9766
3	1.2733	-0.5326	0.1768	0.9224	-0.9136	1.1127	-0.0693	0.1033	-0.1254	-0.1409	0.097	0.0396	0.0952	-0.052	0	0.2593	-0.0171	-0.0091	0.2924	-0.0335	0.2462	-25.5822	-13.6644	-20.586
4	1.4935	-0.1281	0.0018	0.2215	0.0936	0.1156	-0.014	-0.0171	-0.0731	0.0326	0.0292	0.0268	-0.0014	0.041	0	0.2573	-0.0034	-0.0123	0.2529	0.0054	0.2344	-20.5358	-12.3908	-3.9081
5	1.2451	0.1883	0.2991	1.5101	0.1426	1.1592	-0.0195	0.0501	0.0184	0.0216	0.0398	-0.0989	-0.0375	0.0947	0	0.2332	-0.0181	-0.0065	0.2547	-0.0018	0.2123	-5.7639	-10.7094	-21.6692
6	0.1509	-0.0398	0.1409	0.1002	0.0081	0.2266	0.0009	-0.2803	-0.3064	0.3511	0.0206	0.3667	0.4862	-0.1071	0.0023	0.3342	-0.0138	0.0269	0.2975	0.027	0.3441	-12.4044	-22.4988	-9.1737
7	1.1451	0.009	-0.2425	0.5662	0.3949	0.7126	-0.0305	0.1072	0.1161	-0.039	0.0257	0.0705	-0.1746	0.0906	-0	0.2668	-0.014	-0.0082	0.243	0.0013	0.2276	-13.7563	-5.2619	-26.743
8	1.6499	-0.6566	0.5535	0.7619	-0.0172	0.5658	-0.0557	0.0144	-0.0369	0.0331	0.0399	0.0233	0.0052	0.0624	0	0.2373	-0.0265	-0.0035	0.22	0.0007	0.2045	-12.2223	-14.5214	-25.5468

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 32 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 39 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 40 through 56 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 57 through 101 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 44 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 45 through 56 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 57 through 73 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 74 through 101 )	B

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関連情報:EMDBヘッダ

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