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- PDB-5ayg: Crystal Structure of the Human ROR gamma Ligand Binding Domain With 3g -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ayg
タイトルCrystal Structure of the Human ROR gamma Ligand Binding Domain With 3g
要素Nuclear receptor ROR-gamma
キーワードDNA BINDING PROTEIN/INHIBITOR / Inhibitor / Complex / Nuclear Receptor / DNA BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of fat cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / adipose tissue development / lymph node development / xenobiotic metabolic process / circadian regulation of gene expression / Nuclear Receptor transcription pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4LQ / Nuclear receptor ROR-gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Noguchi, M. / Doi, S. / Nomura, A. / Kikuwaka, M. / Murase, K. / Hirata, K. / Kamada, M. / Adachi, T.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: SAR Exploration Guided by LE and Fsp(3): Discovery of a Selective and Orally Efficacious ROR gamma Inhibitor
著者: Hirata, K. / Kotoku, M. / Seki, N. / Maeba, T. / Maeda, K. / Hirashima, S. / Sakai, T. / Obika, S. / Hori, A. / Hase, Y. / Yamaguchi, T. / Katsuda, Y. / Hata, T. / Miyagawa, N. / Arita, K. / ...著者: Hirata, K. / Kotoku, M. / Seki, N. / Maeba, T. / Maeda, K. / Hirashima, S. / Sakai, T. / Obika, S. / Hori, A. / Hase, Y. / Yamaguchi, T. / Katsuda, Y. / Hata, T. / Miyagawa, N. / Arita, K. / Nomura, Y. / Asahina, K. / Aratsu, Y. / Kamada, M. / Adachi, T. / Noguchi, M. / Doi, S. / Crowe, P. / Bradley, E. / Steensma, R. / Tao, H. / Fenn, M. / Babine, R. / Li, X. / Thacher, S. / Hashimoto, H. / Shiozaki, M.
履歴
登録2015年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor ROR-gamma
B: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6064
ポリマ－59,7972
非ポリマー8092
水1,53185
1
A: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3032
ポリマ－29,8991
非ポリマー4051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3032
ポリマ－29,8991
非ポリマー4051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.240, 99.240, 127.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma


分子量: 29898.516 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 261-518 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51449
#2: 化合物 ChemComp-4LQ / 3-[5-(2-cyclohexylethyl)-4-ethyl-1,2,4-triazol-3-yl]-N-naphthalen-1-yl-propanamide


分子量: 404.548 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H32N4O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.73 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Tris-HCl , pH 7.5, 0.5M Na/K tartrate, 2.5M, MPD
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→85.94 Å / Num. obs: 22021 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 29.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BOW

3bow


解像度: 2.6→85.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 8.347 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22673 1128 5.1 %RANDOM
Rwork0.18353 ---
obs0.18578 20852 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.251 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0.05 Å2-0 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.36 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→85.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3512 0 60 85 3657
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193654
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0521.974916
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7145436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.80823.143175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.6915666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.6331531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1570.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022727
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.4935.4861747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.7928.2122182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.8995.7751907
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.4450.84214897
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 92 -
Rwork0.218 1515 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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