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万見
- PDB-5ay6: 32 kDa Fragment of the Flagellar hook protein FlgE from Caulobact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ay6
タイトル32 kDa Fragment of the Flagellar hook protein FlgE from Caulobacter crescentus
要素Flagellar hook protein FlgE
キーワードMOTOR PROTEIN / Flagellum / Hook / Universal joint
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Flagellar hook protein FlgE, third domain / Flagellar hook protein FlgE / Flagellar hook protein FlgE / Flagellar basal body protein FlaE D2 domain / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G-like / : / Flagellar hook protein FlgE/F/G D1 domain ...: / : / Flagellar hook protein FlgE, third domain / Flagellar hook protein FlgE / Flagellar hook protein FlgE / Flagellar basal body protein FlaE D2 domain / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G-like / : / Flagellar hook protein FlgE/F/G D1 domain / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Flagellar basal body rod protein, conserved site / Flagella basal body rod proteins signature. / Flagellar basal body rod protein, N-terminal / Flagellar basal-body/hook protein, C-terminal domain / Flagella basal body rod protein / Flagellar basal body rod FlgEFG protein C-terminal / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar hook protein FlgE
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter crescentus CB15 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.839 Å
データ登録者Yoon, Y.-H. / Matsunami, H. / Samatey, F.A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural insights into bacterial flagellar hooks similarities and specificities
著者: Yoon, Y.-H. / Barker, C.S. / Bulieris, P.V. / Matsunami, H. / Samatey, F.A.
履歴
登録2015年8月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年10月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar hook protein FlgE
B: Flagellar hook protein FlgE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1472
ポリマ－63,1472
非ポリマー00
水20,0691114
1
A: Flagellar hook protein FlgE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5741
ポリマ－31,5741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Flagellar hook protein FlgE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5741
ポリマ－31,5741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.117, 61.580, 103.347
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Flagellar hook protein FlgE


分子量: 31573.648 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 165-470 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter crescentus CB15 (バクテリア)
株: CB15 / 遺伝子: flgE, flaK, CC_0902 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35806
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1 M TAPS, 1 M Potassium citrate, 5% 1,5-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9, 0.9791
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年10月11日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
20.97911
反射解像度: 1.839→19.785 Å / Num. obs: 53991 / % possible obs: 89.59 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 1.84→1.87 Å / % possible all: 85.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.839→19.785 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2216 2753 5.1 %
Rwork0.1763 --
obs0.1785 53991 89.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.839→19.785 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4402 0 0 1114 5516
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044478
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9316128
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.411594
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035732
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007808
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8392-1.87090.30431000.29451790X-RAY DIFFRACTION63
1.8709-1.90490.32311050.25931962X-RAY DIFFRACTION70
1.9049-1.94150.28961150.23912285X-RAY DIFFRACTION80
1.9415-1.98110.26221220.22512416X-RAY DIFFRACTION85
1.9811-2.02410.26231400.21162388X-RAY DIFFRACTION85
2.0241-2.07120.24691320.20542500X-RAY DIFFRACTION87
2.0712-2.12290.22241400.1912507X-RAY DIFFRACTION88
2.1229-2.18020.26391340.18282550X-RAY DIFFRACTION90
2.1802-2.24430.25991410.18692527X-RAY DIFFRACTION90
2.2443-2.31660.21871320.17922589X-RAY DIFFRACTION90
2.3166-2.39930.22481330.17352643X-RAY DIFFRACTION92
2.3993-2.49520.2151430.17922613X-RAY DIFFRACTION93
2.4952-2.60850.2311500.1752675X-RAY DIFFRACTION94
2.6085-2.74570.24181490.18082739X-RAY DIFFRACTION95
2.7457-2.91720.22981460.17272750X-RAY DIFFRACTION96
2.9172-3.14160.19751500.16462787X-RAY DIFFRACTION98
3.1416-3.45630.1911550.16342840X-RAY DIFFRACTION98
3.4563-3.95290.18531500.14742864X-RAY DIFFRACTION99
3.9529-4.96720.18891540.14062868X-RAY DIFFRACTION99
4.9672-19.78640.19281620.15832945X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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