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万見
- PDB-5ay3: Crystal structure of RNA duplex containing C-C base pairs -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ay3
タイトルCrystal structure of RNA duplex containing C-C base pairs
要素RNA (5'-R(*GP*GP*AP*CP*UP*(CBR)P*GP*A*CP*UP*CP*C)-3')
キーワードRNA / X-Ray analysis / metallo base pair / Ag(I)
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Kondo, J. / Tada, Y. / Dairaku, T. / Saneyoshi, H. / Okamoto, I. / Tanaka, Y. / Ono, A.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: High-Resolution Crystal Structure of a Silver(I)-RNA Hybrid Duplex Containing Watson-Crick-like CSilver(I)C Metallo-Base Pairs
著者: Kondo, J. / Tada, Y. / Dairaku, T. / Saneyoshi, H. / Okamoto, I. / Tanaka, Y. / Ono, A.
履歴
登録2015年8月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月11日Group: Database references
改定 1.22017年10月11日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / reflns_shell
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*CP*UP*(CBR)P*GP*A*CP*UP*CP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*CP*UP*(CBR)P*GP*A*CP*UP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7002
ポリマ－7,7002
非ポリマー00
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area4250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.160, 44.460, 27.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*AP*CP*UP*(CBR)P*GP*A*CP*UP*CP*C)-3')


分子量: 3850.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: MPD, Spermine, Lithium Nitrate, MOPS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
1.41.44179410.243
1.441.48165510.192
1.481.52169410.151
1.521.57159410.12
1.571.62157310.093
1.621.67154410.063
1.671.74143010.053
1.741.81145710.052
1.811.89130010.044
1.891.98132210.04
1.982.09126410.036
2.092.22111710.034
2.222.37109210.032
2.372.5699310.03
2.562.892710.028
2.83.1384610.022
3.133.6272310.022
3.624.4363210.02
4.436.2750110.023
6.2725.825410.021
反射解像度: 1.2→25.8 Å / Num. obs: 19127 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 17.18 Å2 / Net I/σ(I): 22.16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.2-1.2330.9620.1885.414234142714050.22798.5
1.23-1.270.9750.1616.64274136213550.19499.5
1.27-1.30.9780.1527.014478138413740.18299.3
1.3-1.340.9810.1298.384231128612850.15499.9
1.34-1.390.9860.119.523986125612480.13399.4
1.39-1.440.9910.08711.934074125512470.10499.4
1.44-1.490.9930.07214.253800117211650.08699.4
1.49-1.550.9950.05717.343641110410990.06899.5
1.55-1.620.9970.04820.423470108810900.057100
1.62-1.70.9990.03526.163595107410620.04198.9
1.7-1.790.9980.03229.7331119759730.03999.8
1.79-1.90.9980.03132.5732449539490.03799.6
1.9-2.030.9980.02736.1428858798750.03399.5
2.03-2.190.9990.02738.8527238258180.03299.2
2.19-2.40.9990.02541.4724197577480.0398.8
2.4-2.690.9990.02345.3323106986850.02798.1
2.69-3.10.9990.0248.4619616196110.02598.7
3.1-3.80.9990.01852.4116835105040.02298.8
3.8-5.370.9990.01953.1913224084040.02299
5.37-25.80.9980.0250.647182352300.02497.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.2→25.8 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1985 1891 9.8 %
Rwork0.1841 17236 -
obs-19127 99.2 %
溶媒の処理Bsol: 43.3617 Å2
原子変位パラメータBiso max: 60.77 Å2 / Biso mean: 16.3542 Å2 / Biso min: 7.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.417 Å20 Å2-2.148 Å2
2---1.415 Å20 Å2
3---1.833 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→25.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 500 40 171 711
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it01.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.1192
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.5462.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.2-1.240.27291900.24871682187296.3
1.24-1.290.27421750.24881717189299.6
1.29-1.350.27791790.25041733191299.7
1.35-1.420.25652110.22861686189799.6
1.42-1.510.21682130.20921714192799.5
1.51-1.630.20741840.18921738192299.8
1.63-1.790.19911560.17591749190599.7
1.79-2.050.19951660.17681747191399.7
2.05-2.590.20612250.19371703192899
2.59-1000.16061920.15591767195999.1
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1bru.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_free.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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