PDB-5axb: Crystal structure of mouse SAHH complexed with noraristeromycin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5axb

タイトル

Crystal structure of mouse SAHH complexed with noraristeromycin

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / hydrolase nucleoside complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Sulfur amino acid metabolism / S-adenosylhomocysteine catabolic process / Methylation / circadian sleep/wake cycle / adenyl nucleotide binding / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / response to nutrient ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Kusakabe, Y. / Ishihara, M. / Tanaka, N.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse SAHH complexed with noraristeromycin
著者: Kusakabe, Y. / Ishihara, M. / Tanaka, N.

履歴

登録	2015年7月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5axb.cif.gz	202 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5axb.ent.gz	159 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5axb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5axb_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5axb_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	5axb_validation.xml.gz	42.4 KB	表示
CIF形式データ	5axb_validation.cif.gz	64.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/5axb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/5axb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5axa 5axc 5axd
類似構造データ	2h5l-2 1d4f-d 1a7a-1 5axd-1 1li4-1 1k0u-2 3nj4-d 1ky5-d 4pgf-1 4pfj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

97.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

A: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
195 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.442, 104.459, 176.744
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase / AdoHcyase / CUBP / Liver copper-binding protein / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase 分子量: 47746.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ahcy / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50247, adenosylhomocysteinase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NRN / (1S,2R,3S,4R)-4-(6-aminopurin-9-yl)cyclopentane-1,2,3-triol / noraristeromycin / 5′-ノルアリステロマイシン分子量: 251.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 956 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 109318 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.5 % / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 40.2
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 82.4

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0110 / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.65→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 1.536 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18085	5459	5 %	RANDOM
R_work	0.15421	-	-	-
obs	0.15557	103797	98.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.727 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.52 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.65→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6650	0	126	956	7732

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	6918
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.494	1.982	9387
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.985	5	857
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.559	24.704	287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.829	15	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.076	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	5116
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.733	1.5	4253
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.363	2	6840
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.465	3	2665
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.057	4.5	2547
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.651→1.694 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	329	-
R_work	0.271	6302	-
obs	-	-	81.54 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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