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万見
- PDB-5aww: Precise Resting State of Thermus thermophilus SecYEG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aww
タイトルPrecise Resting State of Thermus thermophilus SecYEG
要素
  • Protein translocase subunit SecE
  • Protein translocase subunit SecY
  • Putative preprotein translocase, SecG subunit
キーワードPROTEIN TRANSPORT/IMMUNE SYSTEM / translocon / membrane protein / PROTEIN TRANSPORT-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / protein secretion / protein transmembrane transporter activity / protein targeting / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Preprotein translocase SecY subunit / SecY subunit domain / Preprotein translocase SecG subunit / Preprotein translocase SecG subunit / SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / Protein translocase subunit SecY / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex ...Preprotein translocase SecY subunit / SecY subunit domain / Preprotein translocase SecG subunit / Preprotein translocase SecG subunit / SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / Protein translocase subunit SecY / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Protein translocase subunit SecE / Protein-export membrane protein SecG / Protein translocase subunit SecY
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.724 Å
データ登録者Tanaka, Y. / Sugano, Y. / Takemoto, M. / Kusakizako, T. / Kumazaki, K. / Ishitani, R. / Nureki, O. / Tsukazaki, T.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015
タイトル: Crystal Structures of SecYEG in Lipidic Cubic Phase Elucidate a Precise Resting and a Peptide-Bound State.
著者: Tanaka, Y. / Sugano, Y. / Takemoto, M. / Mori, T. / Furukawa, A. / Kusakizako, T. / Kumazaki, K. / Kashima, A. / Ishitani, R. / Sugita, Y. / Nureki, O. / Tsukazaki, T.
履歴
登録2015年7月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Y: Protein translocase subunit SecY
E: Protein translocase subunit SecE
G: Putative preprotein translocase, SecG subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,89514
ポリマ－63,9733
非ポリマー3,92211
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7980 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area28480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.493, 112.904, 140.002
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Protein translocase subunit SecY


分子量: 48957.516 Da / 分子数: 1 / 変異: L2V, R252G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: secY, TTHA1672
発現宿主: Escherichia coli BL21-Gold(DE3)pLysS AG (大腸菌)
参照: UniProt: Q5SHQ8
#2: タンパク質 Protein translocase subunit SecE


分子量: 7072.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: secE, TTHA0249
発現宿主: Escherichia coli BL21-Gold(DE3)pLysS AG (大腸菌)
参照: UniProt: P38383
#3: タンパク質 Putative preprotein translocase, SecG subunit


分子量: 7943.501 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 43-116 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHA1784
発現宿主: Escherichia coli BL21-Gold(DE3)pLysS AG (大腸菌)
参照: UniProt: Q5SHE6
#4: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 500MME, MgSO4, Na2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 21452 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 4.7 % / Net I/σ(I): 10.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZJS

2zjs


解像度: 2.724→43.943 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 26.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2683 2009 9.37 %
Rwork0.219 --
obs0.2234 21441 94.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.724→43.943 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4348 0 149 7 4504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034586
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6236182
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7681677
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023718
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003765
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7237-2.79180.32191010.28621017X-RAY DIFFRACTION70
2.7918-2.86730.30461540.30051276X-RAY DIFFRACTION89
2.8673-2.95160.3141270.26871380X-RAY DIFFRACTION94
2.9516-3.04690.33791340.25811385X-RAY DIFFRACTION94
3.0469-3.15570.28051540.25651374X-RAY DIFFRACTION95
3.1557-3.2820.29481420.24561407X-RAY DIFFRACTION97
3.282-3.43140.29711410.22741399X-RAY DIFFRACTION96
3.4314-3.61220.26521460.21651426X-RAY DIFFRACTION97
3.6122-3.83840.2741540.20211422X-RAY DIFFRACTION98
3.8384-4.13450.24341450.19951452X-RAY DIFFRACTION98
4.1345-4.55020.27531490.20911449X-RAY DIFFRACTION98
4.5502-5.20780.21741510.18221438X-RAY DIFFRACTION97
5.2078-6.55770.25711510.24041474X-RAY DIFFRACTION98
6.5577-43.94880.25731600.19711533X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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