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- PDB-5awk: Crystal structure of VDR-LBD/partial agonist complex: 22S-ethyl a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5awk
タイトルCrystal structure of VDR-LBD/partial agonist complex: 22S-ethyl analogue
要素
  • Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
  • Vitamin D3 receptor,Vitamin D3 receptor
キーワードTRANSCRIPTION / trandcription / Vitamin D / VDRE / RXR / co-factors / HORMONE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bone trabecula formation / Vitamin D (calciferol) metabolism / enucleate erythrocyte development / regulation of RNA biosynthetic process / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / SUMOylation of intracellular receptors / retinal pigment epithelium development / Nuclear Receptor transcription pathway ...negative regulation of bone trabecula formation / Vitamin D (calciferol) metabolism / enucleate erythrocyte development / regulation of RNA biosynthetic process / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / SUMOylation of intracellular receptors / retinal pigment epithelium development / Nuclear Receptor transcription pathway / G0 to G1 transition / mammary gland branching involved in thelarche / thyroid hormone receptor signaling pathway / response to bile acid / dense fibrillar component / positive regulation of parathyroid hormone secretion / core mediator complex / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / cellular response to vitamin D / vitamin D binding / calcitriol binding / lithocholic acid binding / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / bile acid nuclear receptor activity / nuclear retinoic acid receptor binding / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / phosphate ion transmembrane transport / mediator complex / positive regulation of keratinocyte differentiation / thyroid hormone generation / Generic Transcription Pathway / peroxisome proliferator activated receptor binding / embryonic heart tube development / cellular response to thyroid hormone stimulus / intestinal absorption / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / positive regulation of hepatocyte proliferation / vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / embryonic hindlimb morphogenesis / negative regulation of ossification / nuclear thyroid hormone receptor binding / lens development in camera-type eye / embryonic hemopoiesis / megakaryocyte development / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / cellular response to steroid hormone stimulus / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / histone acetyltransferase binding / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / LBD domain binding / response to aldosterone / RSV-host interactions / erythrocyte development / fat cell differentiation / mammary gland branching involved in pregnancy / regulation of calcium ion transport / nuclear steroid receptor activity / monocyte differentiation / decidualization / general transcription initiation factor binding / animal organ regeneration / negative regulation of neuron differentiation / negative regulation of keratinocyte proliferation / hematopoietic stem cell differentiation / ubiquitin ligase complex / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / embryonic placenta development / nuclear retinoid X receptor binding / heterochromatin / retinoic acid receptor signaling pathway / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / keratinocyte differentiation / intracellular receptor signaling pathway / lactation / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / T-tubule / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cellular response to epidermal growth factor stimulus / positive regulation of erythrocyte differentiation / liver development / animal organ morphogenesis / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / skeletal system development / transcription coregulator activity / apoptotic signaling pathway / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA transcription by RNA polymerase II / promoter-specific chromatin binding / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / euchromatin
類似検索 - 分子機能
: / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. ...: / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YSE / Vitamin D3 receptor / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Anami, Y. / Itoh, T. / Yamamoto, K.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Fine tuning of agonistic/antagonistic activity for vitamin D receptor by 22-alkyl chain length of ligands: 22S-Hexyl compound unexpectedly restored agonistic activity.
著者: Anami, Y. / Sakamaki, Y. / Itoh, T. / Inaba, Y. / Nakabayashi, M. / Ikura, T. / Ito, N. / Yamamoto, K.
履歴
登録2015年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor,Vitamin D3 receptor
C: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5693
ポリマ－32,1662
非ポリマー4031
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.030, 41.970, 41.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor,Vitamin D3 receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1


分子量: 30595.037 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 116-164, 212-423 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: deletion mutant, residues 165-211 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vdr, Nr1i1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13053
#2: タンパク質・ペプチド Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1


分子量: 1570.898 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 640-652 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15648
#3: 化合物 ChemComp-YSE / (1R,3R)-5-[(2E)-2-[(1R,3aS,7aR)-1-[(2R,3S)-3-ethyl-5-oxidanyl-pentan-2-yl]-7a-methyl-2,3,3a,5,6,7-hexahydro-1H-inden-4-ylidene]ethylidene]-2-methylidene-cyclohexane-1,3-diol / (7E,22S)-22-エチル-2-メチレン-19,25,26,27,28-ペンタノル-9,10-セコエルゴスタ-5,(以下略)


分子量: 402.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H42O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: MOPS-Na, Na-Formate, PEG 4000, Ethyleneglycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40.48 Å / Num. obs: 9246 / % possible obs: 75.2 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
iMOSFLMデータスケーリング
精密化解像度: 2.9→40.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 49.299 / SU ML: 0.389 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.596 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26653 207 4.6 %RANDOM
Rwork0.20817 ---
obs0.21074 4318 74.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 87.392 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.08 Å2-0 Å2-1.28 Å2
2--6.24 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→40.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2004 0 29 8 2041
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192076
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1281.9962810
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.47134697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.9375248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.79524.50591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.58415378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.4841511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0210.02449
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7156.4491001
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7156.4471000
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.619.6461246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.6089.6481247
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7696.661075
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7686.6581076
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6869.861565
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.31450.9912511
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.31250.9872512
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.484 19 -
Rwork0.316 341 -
obs--77.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7109-0.13440.0070.0655-0.05110.0736-0.0001-0.0261-0.0138-0.0164-0.00830.0142-0.0280.01180.00840.2531-0.0144-0.00080.2832-0.01340.276319.07920.372719.1431
22.93731.4336-0.51220.8313-0.67061.48710.10530.0691-0.07760.05-0.01980.02670.03690.1274-0.08560.24030.01390.00910.2882-0.03950.3035.9204-11.094611.0565
33.79343.41911.44968.9951-6.79611.65790.1342-0.0839-0.19510.14-0.2326-0.2508-0.06150.25310.09840.27910.01650.02180.2671-0.00580.322113.35594.622324.7574
40.1991-0.3006-0.53820.63891.17792.18160.01140.09130.10410.0082-0.0364-0.01130.0484-0.08960.0250.2197-0.05290.04060.0980.06360.35520.39453.503219.1831
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A123 - 420
2X-RAY DIFFRACTION2C625 - 635
3X-RAY DIFFRACTION3A501
4X-RAY DIFFRACTION4A601 - 608

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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