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- PDB-5ar1: Crystal structure of Cdc11 from Saccharomyces cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ar1
タイトルCrystal structure of Cdc11 from Saccharomyces cerevisiae
要素CELL DIVISION CONTROL PROTEIN 11
キーワードCELL CYCLE / SPETINS / YEAST / CDC11 / NUCLEOTIDE BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


septin filament array / protein localization to bud neck / cellular bud neck septin ring organization / Gin4 complex / mating projection base / ascospore wall / cellular bud neck septin ring / actomyosin contractile ring assembly / septin complex / prospore membrane ...septin filament array / protein localization to bud neck / cellular bud neck septin ring organization / Gin4 complex / mating projection base / ascospore wall / cellular bud neck septin ring / actomyosin contractile ring assembly / septin complex / prospore membrane / septin ring assembly / septum digestion after cytokinesis / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / cellular bud neck / mating projection tip / division septum assembly / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / meiotic spindle / cell division site / mitotic cytokinesis / cytoplasmic microtubule / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton / molecular adaptor activity / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Septin / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Septin / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division control protein 11
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Brausemann, A. / Gerhardt, S. / Schott, A.K. / Einsle, O. / Grosse-Berkenbusch, A. / Johnsson, N. / Gronemeyer, T.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Cdc11, a Septin Subunit from Saccharomyces Cerevisiae.
著者: Brausemann, A. / Gerhardt, S. / Schott, A.K. / Einsle, O. / Grosse-Berkenbusch, A. / Johnsson, N. / Gronemeyer, T.
履歴
登録2015年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22017年3月29日Group: Other
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELL DIVISION CONTROL PROTEIN 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6121
ポリマ－34,6121
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.050, 187.050, 57.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 CELL DIVISION CONTROL PROTEIN 11 / SEPTIN


分子量: 34611.719 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 20-298 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32458
配列の詳細N-TERMINAL 6-HIS TAG INCL. TEV CLEAVAGE SITE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.91 %
結晶化pH: 5.5 / 詳細: PH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99988
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月17日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→162 Å / Num. obs: 14458 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 34.1 % / Biso Wilson estimate: 95.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 1.052 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Rsym value: 1.052 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
autoPROCデータ削減
XDS(VERSION MARCH 1データ削減
Aimless(VERSION 0.5.14)データスケーリング
CCP46.5.データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QNR

2qnr


解像度: 2.85→34.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9172 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9262 / SU R Cruickshank DPI: 0.335 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.334 / SU Rfree Blow DPI: 0.246 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.249
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2588 682 4.73 %RANDOM
Rwork0.2573 ---
obs0.2574 14431 99.84 %-
原子変位パラメータBiso mean: 167.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.3678 Å20 Å20 Å2
2---10.3678 Å20 Å2
3---20.7356 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.433 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→34.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1643 0 0 0 1643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011667HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.22261HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d562SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes41HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes241HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1667HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.48
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion25.11
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion237SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1859SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.85→3.08 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2404 128 4.43 %
Rwork0.2437 2764 -
all0.2436 2892 -
obs--99.84 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.6531 Å / Origin y: -75.2125 Å / Origin z: 16.1124 Å
111213212223313233
T-0.8459 Å20.0748 Å20.0669 Å2-0.796 Å20.2347 Å2---0.2186 Å2
L7.2975 °2-0.8627 °2-2.55 °2-4.0112 °20.3038 °2--11.0841 °2
S-0.0053 Å °0.481 Å °0.3099 Å °-0.2452 Å °-0.2157 Å °-0.8703 Å °-0.8877 Å °2.6478 Å °0.221 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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