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- PDB-5ap9: Controlled lid-opening in Thermomyces lanuginosus lipase - a swit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ap9
タイトルControlled lid-opening in Thermomyces lanuginosus lipase - a switch for activity and binding
要素LIPASE
キーワードHYDROLASE / THERMOMYCES LANUGINOSUS LIPASE / ENGINEERED DISULFIDE BRIDGE / CONTROLLED BINDING / DUAL SWITCH / CONTROLLED ACTIVITY
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能
Mono-/di-acylglycerol lipase, N-terminal / Lipase 3 N-terminal region / : / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Lipase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOMYCES LANUGINOSUS (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Skjold-Joergensen, J. / Vind, J. / Moroz, O.V. / Blagova, E.V. / Bhatia, V.K. / Svendsen, A. / Wilson, K.S. / Bjerrum, M.J.
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: Controlled lid-opening in Thermomyces lanuginosus lipase- An engineered switch for studying lipase function.
著者: Skjold-Jrgensen, J. / Vind, J. / Moroz, O.V. / Blagova, E. / Bhatia, V.K. / Svendsen, A. / Wilson, K.S. / Bjerrum, M.J.
履歴
登録2015年9月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Database references
改定 1.22017年3月22日Group: Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIPASE
B: LIPASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2527
ポリマ－58,6452
非ポリマー6085
水4,378243
1
A: LIPASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7424
ポリマ－29,3221
非ポリマー4193
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LIPASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5113
ポリマ－29,3221
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.478, 90.478, 160.455
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2047-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 LIPASE / TRIACYLGLYCEROL LIPASE


分子量: 29322.457 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 23-291 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) THERMOMYCES LANUGINOSUS (菌類) / 発現宿主: ASPERGILLUS ORYZAE (米麹菌) / 参照: UniProt: O59952, triacylglycerol lipase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 247分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細MUTATIONS I86C, I255C

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 50 % PEG400, 0.2 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M NA-ACETATE PH 4.5, SITTING DROP, VAPOUR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98
検出器日付: 2015年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50.02 Å / Num. obs: 59391 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DT3

1dt3


解像度: 1.8→50.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.243 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SUBUNIT A IS BETTER ORDERED, THAN SUBUNIT B. DESCRIPTION IN THE PAPER WILL REFER TO SUBUNIT A
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19693 3061 4.9 %RANDOM
Rwork0.17152 ---
obs0.17272 59391 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.267 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å20 Å20 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4061 0 38 243 4342
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0194263
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.023799
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7061.9385828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.49738714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2565548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.3624.049205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.32515598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2321526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025034
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021048
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1251.8962164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1251.8962163
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7692.8392717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.652.0852098
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 220 -
Rwork0.231 4288 -
obs--98.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5193-0.18191.42031.3971-1.15854.3387-0.21760.27510.3080.0361-0.1011-0.1907-0.32470.5050.31870.1374-0.0346-0.04230.08780.07530.104527.0091-37.83928.3953
22.86090.92990.21061.29430.14541.37820.0748-0.0191-0.1350.1165-0.0405-0.1390.0015-0.0269-0.03430.09670.0163-0.03470.0173-0.00920.02823.2111-2.1499-8.98
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B1 - 269
2X-RAY DIFFRACTION2A2 - 300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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