PDB-5aov: Ternary Crystal Structure of Pyrococcus furiosus Glyoxylate Hydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5aov

タイトル

Ternary Crystal Structure of Pyrococcus furiosus Glyoxylate Hydroxypyruvate Reductase in presence of glyoxylate

要素

GLYOXYLATE REDUCTASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GLYOXYLATE HYDROXYPYRUVATE REDUCTASE / GLYOXYLATE / ARCHAEA

機能・相同性

機能・相同性情報

glyoxylate reductase / glyoxylate reductase (NADH) activity / hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / NAD binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Lassalle, L. / Girard, E.

引用

ジャーナル: Sci.Rep. / 年: 2016
タイトル: New Insights Into the Mechanism of Substrates Trafficking in Glyoxylate/Hydroxypyruvate Reductases.
著者: Lassalle, L. / Engilberge, S. / Madern, D. / Vauclare, P. / Franzetti, B. / Girard, E.

履歴

登録	2015年9月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2019年10月23日	Group: Atomic model / Data collection / Other / カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5aov.cif.gz	234 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5aov.ent.gz	194.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5aov.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5aov_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5aov_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5aov_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	5aov_validation.cif.gz	36 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/5aov ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/5aov	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6biiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bii-d 5v7g-2 3n7u-1 6ih6-2 2hu2-1 2dbq-1 5dna-1 6v89-1 5j23-1 3ba1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GLYOXYLATE REDUCTASE

ヘテロ分子

43.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GLYOXYLATE REDUCTASE

ヘテロ分子

A: GLYOXYLATE REDUCTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.579, 114.579, 118.123
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2243- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	GLYOXYLATE REDUCTASE / GLYOXYLATE HYDROXYPYRUVATE REDUCTASE 分子量: 38396.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL 参照: UniProt: I6UZH5, UniProt: Q8U3Y2*PLUS, glyoxylate reductase, hydroxypyruvate reductase, glyoxylate reductase (NADP+)

#1: タンパク質

GLYOXYLATE REDUCTASE / GLYOXYLATE HYDROXYPYRUVATE REDUCTASE

分子量: 38396.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌) / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL
参照: UniProt: I6UZH5, UniProt: Q8U3Y2*PLUS, glyoxylate reductase, hydroxypyruvate reductase, glyoxylate reductase (NADP+)

-
非ポリマー , 6種, 447分子

#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-GLV / GLYOXYLIC ACID / GLYOXALATE / GLYOXYLATE / グリオキシル酸分子量: 74.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₂O₃
#4: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 75 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5 詳細: 15 % PEG400, 100MM SODIUM ACETATE, PH 5.2, 100MM NACL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97934
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月23日 / 詳細: KIRKPATRICK BAEZ MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) CHANNEL-CUT MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→47.73 Å / Num. obs: 148562 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 20.83 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 1.08 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.4→40.51 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 14.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1432	7472	5 %
R_work	0.1309	-	-
obs	0.1315	148486	99.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→40.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2686	0	233	422	3341

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.023	3146
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.247	4217
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.718	1255
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.258	451
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	522

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.4159	0.3688	215	0.3618	4355	X-RAY DIFFRACTION	92
1.4159-1.4326	0.3356	249	0.3264	4619	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4326-1.4501	0.3087	274	0.2941	4515	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4501-1.4684	0.2787	232	0.264	4726	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4684-1.4877	0.2599	253	0.2453	4724	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4877-1.5081	0.2314	244	0.2307	4727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5081-1.5297	0.2535	246	0.2055	4646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5297-1.5525	0.2038	261	0.1988	4724	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5525-1.5768	0.2274	239	0.1835	4745	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5768-1.6026	0.1957	254	0.1729	4709	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6026-1.6302	0.1975	235	0.166	4700	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6302-1.6599	0.1621	245	0.153	4723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6599-1.6918	0.166	250	0.1518	4714	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6918-1.7263	0.1613	240	0.1456	4744	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7263-1.7639	0.1548	249	0.1391	4715	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7639-1.8049	0.1366	259	0.1322	4694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8049-1.8501	0.1566	251	0.1278	4735	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8501-1.9001	0.1389	237	0.1187	4686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9001-1.956	0.1246	237	0.1132	4745	X-RAY DIFFRACTION	100
1.956-2.0191	0.1361	257	0.1156	4706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0191-2.0913	0.1191	262	0.1143	4729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0913-2.175	0.131	241	0.116	4740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.175-2.274	0.1269	254	0.1118	4714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.274-2.3939	0.129	253	0.1124	4701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3939-2.5438	0.1202	237	0.1112	4768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5438-2.7402	0.1208	247	0.1145	4734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7402-3.0159	0.1335	263	0.1208	4730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0159-3.4521	0.1341	263	0.1279	4716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4521-4.3484	0.1227	247	0.1123	4759	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3484-40.5267	0.1461	278	0.1353	4771	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.439	0.0513	-0.4322	2.4675	-0.1368	2.4734	-0.0359	-0.0162	-0.0545	0.115	-0.0337	0.1642	0.1281	-0.2213	0.0541	0.1774	-0.0176	0.0604	0.2378	-0.0148	0.2051	82.1919	43.7822	22.3859
2	3.4237	1.5776	0.1711	1.2651	0.2427	0.4357	-0.0353	0.0536	-0.2232	0.0534	-0.0014	-0.0422	0.0873	-0.0722	0.042	0.1894	-0.0068	0.0326	0.1727	-0.0182	0.1632	99.1584	42.9133	13.901
3	8.3842	3.6883	0.5758	3.4654	1.2146	4.4093	0.2748	-0.6413	-0.149	0.3571	-0.1329	-0.2851	0.1256	0.065	-0.1369	0.2008	0.0107	-0.0271	0.1856	0.0013	0.1552	124.0026	63.3263	32.01
4	2.0147	1.2956	0.9862	1.8679	1.0001	1.3508	-0.0595	0.1705	-0.1212	-0.0745	0.0893	-0.0999	0.0122	0.0928	-0.0522	0.1586	0.0023	0.0225	0.1766	-0.0193	0.158	117.3283	48.1362	8.0279
5	2.6426	2.029	2.8952	3.0415	0.2968	7.0935	-0.1193	0.2749	-0.2458	-0.4498	0.2233	-0.1702	0.1689	0.3604	-0.0755	0.2415	0.0128	0.0554	0.2251	-0.0759	0.2488	117.5256	40.0546	2.0896
6	2.2834	0.107	0.0261	0.6094	0.2108	1.1314	-0.0105	-0.0792	-0.2533	0.1377	0.0118	-0.0718	0.175	0.0828	-0.007	0.2049	0.0029	0.0009	0.1528	0.0115	0.1834	110.667	42.4012	21.2201
7	5.4552	-3.6514	-1.3523	6.2082	1.556	3.0865	0.0652	0.3944	-0.322	-0.2465	-0.2082	0.3227	0.097	-0.2714	0.1425	0.1866	-0.0322	0.0017	0.3198	-0.048	0.1895	81.8172	39.5761	5.7334
8	9.0039	-8.5754	3.6424	8.2264	-3.0749	4.108	-0.8799	12.8789	11.2001	0.1781	-4.7184	-4.2703	-1.7278	7.0591	5.6334	1.0053	0.0853	-0.0448	0.7346	0.3199	0.7874	110.145	36.4751	34.4681

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:74)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 75:118)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 119:138)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 139:184)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 185:206)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 207:304)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 305:333)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 1355:1355)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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