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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5aot | ||||||
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タイトル | Very high resolution structure of a novel carbohydrate binding module from Ruminococcus flavefaciens FD-1 endoglucanase Cel5A | ||||||
要素 | Carbohydrate binding module | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEN / CARBOHYDRATE BINDING MODULE / ENDOGLUCANASE CEL5A / CELLULOSOME / RUMINOCOCCUS FLAVEFACIENS FD-1 / CARBOHYDRATE ACTIVE ENZYME | ||||||
機能・相同性 | metal ion binding / CACODYLATE ION / Carbohydrate binding module 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Ruminococcus flavefaciens (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.02 Å | ||||||
データ登録者 | Pires, A.J. / Ribeiro, T. / Thompson, A. / Venditto, I. / Fernandes, V.O. / Bule, P. / Santos, H. / Alves, V.D. / Pires, V. / Ferreira, L.M.A. ...Pires, A.J. / Ribeiro, T. / Thompson, A. / Venditto, I. / Fernandes, V.O. / Bule, P. / Santos, H. / Alves, V.D. / Pires, V. / Ferreira, L.M.A. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016 タイトル: Complexity of the Ruminococcus flavefaciens cellulosome reflects an expansion in glycan recognition. 著者: Venditto, I. / Luis, A.S. / Rydahl, M. / Schuckel, J. / Fernandes, V.O. / Vidal-Melgosa, S. / Bule, P. / Goyal, A. / Pires, V.M. / Dourado, C.G. / Ferreira, L.M. / Coutinho, P.M. / Henrissat, ...著者: Venditto, I. / Luis, A.S. / Rydahl, M. / Schuckel, J. / Fernandes, V.O. / Vidal-Melgosa, S. / Bule, P. / Goyal, A. / Pires, V.M. / Dourado, C.G. / Ferreira, L.M. / Coutinho, P.M. / Henrissat, B. / Knox, J.P. / Basle, A. / Najmudin, S. / Gilbert, H.J. / Willats, W.G. / Fontes, C.M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015 タイトル: Purification and Crystallographic Studies of a Putative Carbohydrate-Binding Module from the Ruminococcus Flavefaciens Fd-1 Endoglucanase Cel5A. 著者: Pires, A.J. / Ribeiro, T. / Thompson, A. / Venditto, I. / Fernandes, V.O. / Bule, P. / Santos, H. / Alves, V.D. / Pires, V. / Ferreira, L.M.A. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5aot.cif.gz | 63.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5aot.ent.gz | 46.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5aot.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5aot_validation.pdf.gz | 455.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5aot_full_validation.pdf.gz | 461.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5aot_validation.xml.gz | 8.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5aot_validation.cif.gz | 11.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/5aot ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/5aot | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4d3lC 4v17C 4v18C 4v1bC 4v1iC 4v1kC 4v1lC 5aosSC 5fu2C 5fu3C 5fu4C 5fu5C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11834.903 Da / 分子数: 1 / 断片: CARBOHYDRATE BINDING MODULE, UNP RESIDUES 406-511 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ruminococcus flavefaciens (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1A9TAF4 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CAC / | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | CACODYLATE | 配列の詳細 | TRUNCATED AT C-TERMINAL WITH A HIS-TAG. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 20 MG/ML OF PROTEIN IN 0.2 M SODIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLIC ACID PH 6.5, 30%(W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 8000. 30%(V/V) GLYCEROL ADDED TO THE CRYSTALLIZATION BUFFER AS CRYOPROTECTANT. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.8266 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8266 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.02→33.29 Å / Num. obs: 42277 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.02→1.05 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 96.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 5AOS 解像度: 1.02→33.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 1.045 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. PDB_REDO WAS USED IN THE PENULTIMATE ROUND OF REFINEMENT FOR VALIDATION. ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. PDB_REDO WAS USED IN THE PENULTIMATE ROUND OF REFINEMENT FOR VALIDATION. RESIDUES 404-409 ARE DISORDERED. DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
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溶媒の処理 | VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.359 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.02→33.29 Å
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拘束条件 |
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