PDB-5aoe: Crystal structure of pneumolysin D168A mutant.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5aoe

タイトル

Crystal structure of pneumolysin D168A mutant.

要素

PNEUMOLYSIN

キーワード

TOXIN / CHOLESTEROL DEPENDENT CYTOLYSIN / PORE FORMING TOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cholesterol binding / toxin activity / killing of cells of another organism / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

van Pee, K. / Yildiz, O.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: CryoEM structures of membrane pore and prepore complex reveal cytolytic mechanism of Pneumolysin.
著者: Katharina van Pee / Alexander Neuhaus / Edoardo D'Imprima / Deryck J Mills / Werner Kühlbrandt / Özkan Yildiz /

要旨: Many pathogenic bacteria produce pore-forming toxins to attack and kill human cells. We have determined the 4.5 Å structure of the ~2.2 MDa pore complex of pneumolysin, the main virulence factor of ...

履歴

登録	2015年9月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月5日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5aoe.cif.gz	396.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5aoe.ent.gz	327.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5aoe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5aoe_validation.pdf.gz	438.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5aoe_full_validation.pdf.gz	454.1 KB	表示
XML形式データ	5aoe_validation.xml.gz	35.9 KB	表示
CIF形式データ	5aoe_validation.cif.gz	49.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/5aoe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/5aoe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4118C 5aofC 5ly6C 5aodS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qqa-d 5aof-d 6jmp-d 3g9c-1 4qqq-d 2nz4-3 2nz4-4 3l3c-3 3l3c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PNEUMOLYSIN

B: PNEUMOLYSIN

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PNEUMOLYSIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PNEUMOLYSIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.860, 24.660, 208.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.26, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PNEUMOLYSIN / THIOL-ACTIVATED CYTOLYSIN / CHOLESTEROL DEPENDENT CYTOLYSIN 分子量: 54794.156 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q04IN8, UniProt: Q7ZAK5*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	ASPARTATE TO ALANINE MUTATION AT POSITION 168

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.38 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: pH 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97863
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97863 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 59226 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1.44 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 46.64 Å² / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 8.12
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 1.2 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5AOD

5aod

解像度: 2.5→49.487 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2497	2962	5 %
R_work	0.2223	-	-
obs	0.2236	59211	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.487 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7724	0	0	154	7878

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7886
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.687	10718
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.837	2886
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.027	1214
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1386

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5409	0.3536	135	0.3354	2551	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5409-2.5847	0.3193	137	0.3252	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5847-2.6317	0.352	140	0.3242	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6317-2.6824	0.3513	140	0.3336	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6824-2.7371	0.3253	142	0.3336	2702	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7371-2.7966	0.4366	132	0.3051	2507	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7966-2.8617	0.3771	137	0.3066	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8617-2.9332	0.3572	139	0.2959	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9332-3.0125	0.2931	142	0.281	2700	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0125-3.1012	0.3073	140	0.2893	2669	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1012-3.2012	0.2787	135	0.282	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2012-3.3156	0.3395	140	0.2418	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3156-3.4483	0.2801	143	0.2301	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4483-3.6052	0.2138	141	0.202	2678	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6052-3.7953	0.2277	138	0.1919	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7953-4.0329	0.1913	147	0.1889	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0329-4.3442	0.1788	139	0.1677	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3442-4.781	0.1793	146	0.1654	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
4.781-5.4721	0.2268	141	0.176	2692	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4721-6.8913	0.2592	148	0.22	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8913-49.4967	0.1983	160	0.1862	3028	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 0.0027 Å / Origin y: 0.193 Å / Origin z: -52.031 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3387 Å²	0.0218 Å²	-0.0049 Å²	-	0.4394 Å²	0.0973 Å²	-	-	0.3732 Å²
L	-0.325 °²	0.0416 °²	0.0444 °²	-	-0.045 °²	0.0839 °²	-	-	-0.0293 °²
S	0.0056 Å °	-0.0177 Å °	-0.1 Å °	0.0706 Å °	0.0071 Å °	-0.0195 Å °	-0.1137 Å °	0.0368 Å °	-0.0104 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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