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万見
- PDB-2nz4: Structural investigation of the GlmS ribozyme bound to its cataly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nz4
タイトルStructural investigation of the GlmS ribozyme bound to its catalytic cofactor
要素
  • GlmS ribozyme
  • U1 Small Nuclear Ribonucleoprotein A
  • substrate strand RNA 13-mer
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/RNA / STRUCTURAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GLP / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.498 Å
データ登録者Cochrane, J.C.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural Investigation of the GlmS Ribozyme Bound to Its Catalytic Cofactor
著者: Cochrane, J.C. / Lipchock, S.V. / Strobel, S.A.
履歴
登録2006年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: substrate strand RNA 13-mer
P: GlmS ribozyme
F: substrate strand RNA 13-mer
Q: GlmS ribozyme
G: substrate strand RNA 13-mer
R: GlmS ribozyme
H: substrate strand RNA 13-mer
S: GlmS ribozyme
A: U1 Small Nuclear Ribonucleoprotein A
B: U1 Small Nuclear Ribonucleoprotein A
C: U1 Small Nuclear Ribonucleoprotein A
D: U1 Small Nuclear Ribonucleoprotein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,40332
ポリマ－242,97712
非ポリマー1,42520
水3,711206
1
E: substrate strand RNA 13-mer
P: GlmS ribozyme
A: U1 Small Nuclear Ribonucleoprotein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1018
ポリマ－60,7443
非ポリマー3565
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: substrate strand RNA 13-mer
Q: GlmS ribozyme
B: U1 Small Nuclear Ribonucleoprotein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1018
ポリマ－60,7443
非ポリマー3565
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: substrate strand RNA 13-mer
R: GlmS ribozyme
C: U1 Small Nuclear Ribonucleoprotein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1018
ポリマ－60,7443
非ポリマー3565
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
H: substrate strand RNA 13-mer
S: GlmS ribozyme
D: U1 Small Nuclear Ribonucleoprotein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1018
ポリマ－60,7443
非ポリマー3565
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.127, 234.157, 105.003
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12E
22H
13P
23S
14B
24C
15F
25G
16Q
26R

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGILEILEAI7 - 943 - 90
21ARGARGILEILEDL7 - 943 - 90
12AAUUEA-1 - 111 - 13
22AAUUHG-1 - 111 - 13
13GTPGTPAAPB12 - 1411 - 141
23GTPGTPAASH12 - 1411 - 141
14GLUGLUILEILEBJ5 - 941 - 90
24PROPROILEILECK8 - 944 - 90
15AAUUFC-1 - 111 - 13
25AAUUGE-1 - 111 - 13
16GTPGTPAAQD12 - 1411 - 141
26GTPGTPAARF12 - 1411 - 141

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
詳細There are four biological units in the asymmetric unit, chains A, E and P, chains B, F and Q, chains C, G and R, chains D, H and S.

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要素

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RNA鎖 , 2種, 8分子 EFGHPQRS

#1: RNA鎖
substrate strand RNA 13-mer


分子量: 4177.608 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖
GlmS ribozyme


分子量: 45624.859 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: In vitro syntesis from a plasmid DNA template of natural sequence from Bacillus anthracis

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#3: タンパク質
U1 Small Nuclear Ribonucleoprotein A / U1 snRNP protein A / U1A protein / U1-A


分子量: 10941.797 Da / 分子数: 4 / Fragment: RNA Binding Domain / Mutation: Y31H, Q36R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / プラスミド: PET11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P09012
#4: 糖
ChemComp-GLP / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucosamine / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-glucose / α-D-グルコサミン6-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 259.151 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14NO8P
識別子タイププログラム
a-D-GlcpN6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 2種, 222分子

#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M sodium cacodylate pH 6.8, 0.02M magnesium chloride, 0.15M potassium chloride, 0.002M glucosamine 6 phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2DMSO11
3MgCl211
4KCl11
5PEG 800012
6DMSO12
7MgCl212
8KCl12
9sodium cacodylate12
10glucosamine 6 phosphate12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.498→34.94 Å / Num. obs: 79785 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.1 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 2.498→2.59 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 7928 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.498→34.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 25.698 / SU ML: 0.281 / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.2 / ESU R: 0.701 / ESU R Free: 0.318
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26897 3987 5 %RANDOM
Rwork0.22157 ---
obs0.22395 75624 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å2-0.26 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.498→34.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2908 13080 80 206 16274
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02117645
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027188
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5072.84626835
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.972318359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9475360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.1323.636132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.81715564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1451520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.23519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021974
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1540.22937
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2190.28663
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2240.26809
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.24920
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.2513
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.120.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1440.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1890.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2420.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.20141986
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3264727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.83762930
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.816421946
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.233423905
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1213medium positional0.410.5
2E367medium positional0.180.5
3P4122medium positional0.320.5
4B1217medium positional0.330.5
5F386medium positional0.470.5
6Q4147medium positional0.310.5
1A1213medium thermal0.32
2E367medium thermal0.412
3P4122medium thermal0.242
4B1217medium thermal0.392
5F386medium thermal0.382
6Q4147medium thermal0.352
LS精密化 シェル解像度: 2.498→2.562 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.48 254 -
Rwork0.404 5338 -
obs--94.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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