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Yorodumi- PDB-2nz4: Structural investigation of the GlmS ribozyme bound to its cataly... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2nz4 | ||||||
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Title | Structural investigation of the GlmS ribozyme bound to its catalytic cofactor | ||||||
Components |
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Keywords | STRUCTURAL PROTEIN/RNA / STRUCTURAL PROTEIN-RNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MIR / Resolution: 2.498 Å | ||||||
Authors | Cochrane, J.C. | ||||||
Citation | Journal: Chem.Biol. / Year: 2007 Title: Structural Investigation of the GlmS Ribozyme Bound to Its Catalytic Cofactor Authors: Cochrane, J.C. / Lipchock, S.V. / Strobel, S.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2nz4.cif.gz | 419.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2nz4.ent.gz | 324.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2nz4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2nz4_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2nz4_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 2nz4_validation.xml.gz | 36.8 KB | Display | |
Data in CIF | 2nz4_validation.cif.gz | 54 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/2nz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/2nz4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 4
NCS ensembles :
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Details | There are four biological units in the asymmetric unit, chains A, E and P, chains B, F and Q, chains C, G and R, chains D, H and S. |
-Components
-RNA chain , 2 types, 8 molecules EFGHPQRS
#1: RNA chain | Mass: 4177.608 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically #2: RNA chain | Mass: 45624.859 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically Details: In vitro syntesis from a plasmid DNA template of natural sequence from Bacillus anthracis |
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-Protein / Sugars , 2 types, 8 molecules ABCD
#3: Protein | Mass: 10941.797 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: RNA Binding Domain / Mutation: Y31H, Q36R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SNRPA / Plasmid: PET11 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: P09012 #4: Sugar | ChemComp-GLP / |
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-Non-polymers , 2 types, 222 molecules
#5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.78 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.8 Details: 11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M sodium cacodylate pH 6.8, 0.02M magnesium chloride, 0.15M potassium chloride, 0.002M glucosamine 6 phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X25 / Wavelength: 1.1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 29, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.498→34.94 Å / Num. obs: 79785 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.1 / Redundancy: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 23.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.498→2.59 Å / Redundancy: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 7928 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MIR / Resolution: 2.498→34.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 25.698 / SU ML: 0.281 / Isotropic thermal model: TLS / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2.2 / ESU R: 0.701 / ESU R Free: 0.318 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 50.64 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.498→34.94 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.498→2.562 Å / Total num. of bins used: 20
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