[日本語] English
万見
- PDB-5anb: Mechanism of eIF6 release from the nascent 60S ribosomal subunit -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5anb
タイトルMechanism of eIF6 release from the nascent 60S ribosomal subunit
要素
  • (60S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 6
  • 26S RIBOSOMAL RNA
  • 60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P0
  • ELONGATION FACTOR TU GTP-BINDING DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
  • EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 6
  • RIBOSOME MATURATION PROTEIN SBDS
  • UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40
キーワードTRANSLATION / RIBOSOMOPATHY / GTPASE / RIBOSOME BIOGENESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane ...Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Separation of Sister Chromatids / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / ABC-family proteins mediated transport / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Degradation of DVL / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Hedgehog ligand biogenesis / Hedgehog 'on' state / Translesion synthesis by POLK / Regulation of RAS by GAPs / MAPK6/MAPK4 signaling / UCH proteinases / Josephin domain DUBs / Ub-specific processing proteases / Metalloprotease DUBs / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Regulation of PTEN localization / Regulation of PTEN stability and activity / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Interleukin-1 signaling / Peroxisomal protein import / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Pexophagy / KEAP1-NFE2L2 pathway / Regulation of NF-kappa B signaling / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Orc1 removal from chromatin / Cyclin D associated events in G1 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Neddylation / Iron uptake and transport / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Aggrephagy / Regulation of necroptotic cell death / leukocyte chemotaxis / GTP metabolic process / bone marrow development / inner cell mass cell proliferation / maturation of 5.8S rRNA / bone mineralization / ribosomal large subunit binding / preribosome, large subunit precursor / hematopoietic progenitor cell differentiation / translation elongation factor activity / ribosomal subunit export from nucleus / translation initiation factor activity / phagocytic vesicle / lipid droplet / extracellular matrix / assembly of large subunit precursor of preribosome / mitotic spindle organization / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic ribosome assembly / spindle pole / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosome biogenesis / ribosome binding / large ribosomal subunit rRNA binding / microtubule binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / GTP binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, C-terminal domain / SBDS protein, C-terminal domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS / Ribosome maturation protein SBDS, conserved site / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, central domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS, central domain superfamily / SBDS protein, domain II / Uncharacterized protein family UPF0023 signature. / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, N-terminal / Ribosome maturation protein SBDS, N-terminal domain superfamily ...Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, C-terminal domain / SBDS protein, C-terminal domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS / Ribosome maturation protein SBDS, conserved site / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, central domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS, central domain superfamily / SBDS protein, domain II / Uncharacterized protein family UPF0023 signature. / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, N-terminal / Ribosome maturation protein SBDS, N-terminal domain superfamily / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS-like / Shwachman-Bodian-Diamond syndrome (SBDS) protein / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / EF-G domain III/V-like / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L6 signature 2. / Ribosomal protein L3, domain 3, archaeal type superfamily / Ribosomal protein L3, archaeal/eukaryotic type / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L24e / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / : / Ubiquitin family / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain superfamily / Ubiquitin homologues / Small GTP-binding protein domain / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L14P / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L3, conserved site / Ribosomal protein L3 signature. / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L3 / Zinc-binding ribosomal protein / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ubiquitin-like domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL11 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Eukaryotic translation initiation factor 6 / Elongation factor-like GTPase 1 / Ribosome maturation protein SBDS
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Weis, F. / Giudice, E. / Churcher, M. / Jin, L. / Hilcenko, C. / Wong, C.C. / Traynor, D. / Kay, R.R. / Warren, A.J.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: Mechanism of eIF6 release from the nascent 60S ribosomal subunit.
著者: Félix Weis / Emmanuel Giudice / Mark Churcher / Li Jin / Christine Hilcenko / Chi C Wong / David Traynor / Robert R Kay / Alan J Warren /
要旨: SBDS protein (deficient in the inherited leukemia-predisposition disorder Shwachman-Diamond syndrome) and the GTPase EFL1 (an EF-G homolog) activate nascent 60S ribosomal subunits for translation by ...SBDS protein (deficient in the inherited leukemia-predisposition disorder Shwachman-Diamond syndrome) and the GTPase EFL1 (an EF-G homolog) activate nascent 60S ribosomal subunits for translation by catalyzing eviction of the antiassociation factor eIF6 from nascent 60S ribosomal subunits. However, the mechanism is completely unknown. Here, we present cryo-EM structures of human SBDS and SBDS-EFL1 bound to Dictyostelium discoideum 60S ribosomal subunits with and without endogenous eIF6. SBDS assesses the integrity of the peptidyl (P) site, bridging uL16 (mutated in T-cell acute lymphoblastic leukemia) with uL11 at the P-stalk base and the sarcin-ricin loop. Upon EFL1 binding, SBDS is repositioned around helix 69, thus facilitating a conformational switch in EFL1 that displaces eIF6 by competing for an overlapping binding site on the 60S ribosomal subunit. Our data reveal the conserved mechanism of eIF6 release, which is corrupted in both inherited and sporadic leukemias.
履歴
登録2015年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22015年12月2日Group: Database references
改定 1.32017年4月19日Group: Other
改定 2.02017年8月2日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / em_image_scans ...atom_site / em_image_scans / em_software / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3146
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3146
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L3
B: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9
C: 60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P0
D: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L12
E: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23
F: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10
G: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L24
H: UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40
I: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 6
J: RIBOSOME MATURATION PROTEIN SBDS
K: ELONGATION FACTOR TU GTP-BINDING DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
N: 26S RIBOSOMAL RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,544,82112
ポリマ－1,544,82112
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

-
要素

-
60S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 6種, 6分子 ABDEFG

#1: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L3


分子量: 45158.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
株: HM2917 / 参照: UniProt: P34113
#2: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9


分子量: 21250.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
株: HM2917 / 参照: UniProt: Q54XI5
#4: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L12


分子量: 17811.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
株: HM2917 / 参照: UniProt: Q54J50
#5: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23


分子量: 14567.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
株: HM2917 / 参照: UniProt: Q54G86
#6: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10


分子量: 24591.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
株: HM2917 / 参照: UniProt: Q54J69
#7: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L24


分子量: 8334.771 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 1-69 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
株: HM2917 / 参照: UniProt: Q54VN6

-
タンパク質 , 5種, 5分子 CHIJK

#3: タンパク質 60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P0


分子量: 22434.189 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 1-205 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
株: HM2917 / 参照: UniProt: P22685
#8: タンパク質 UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40 / UBIQUITIN A-52 RESIDUE RIBOSOMAL PROTEIN FUSION PRODUCT 1 / CEP52


分子量: 6170.682 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 77-128 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
株: HM2917 / 参照: UniProt: P14794
#9: タンパク質 EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 6 / EIF-6 / EIF6


分子量: 24107.266 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 1-224 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ENDOGENOUS PROTEIN
由来: (天然) DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
株: HM2917 / 参照: UniProt: Q551M2
#10: タンパク質 RIBOSOME MATURATION PROTEIN SBDS / SHWACHMAN-BODIAN-DIAMOND SYNDROME PROTEIN / SBDS


分子量: 28813.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9Y3A5
#11: タンパク質 ELONGATION FACTOR TU GTP-BINDING DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 / ELONGATION FACTOR-LIKE 1 / PROTEIN FAM42A / EFL1


分子量: 125583.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): BCY123 / 参照: UniProt: Q7Z2Z2

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 N

#12: RNA鎖 26S RIBOSOMAL RNA


分子量: 1205997.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
株: HM2917 / 参照: GenBank: FR733594.1

-
詳細

配列の詳細RESIDUES 1-205 PRESENT IN THE MODEL RESIDUES 1-69 IN THE MODELS NO UBIQUITIN IN MODEL RESIDUES 1- ...RESIDUES 1-205 PRESENT IN THE MODEL RESIDUES 1-69 IN THE MODELS NO UBIQUITIN IN MODEL RESIDUES 1-224 IN THE MODEL FRAGMENTS A1221-A1270, C1356-C1602, A2392-U2700 AND A2925- C3480 IN THE MODEL

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: DICTYOSTELIUM 60S CARRYING ENDOGENOUS EIF6 WITH RECOMBINANT HUMAN SBDS AND HUMAN EFL1
タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: 50 MM HEPES-KOH, 100 MM K(CH3COO), 10 MM MG(CH3COO)2, 6 MM BETA-MERCAPTOETHANOL
pH: 7.5
詳細: 50 MM HEPES-KOH, 100 MM K(CH3COO), 10 MM MG(CH3COO)2, 6 MM BETA-MERCAPTOETHANOL
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III, METHOD- 6.5S BLOT,

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2013年9月3日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 105263 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / Cs: 2.2 mm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1REFMACモデルフィッティング
2RELION３次元再構成
CTF補正詳細: EACH PARTICLE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 粒子像の数: 11970 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.33 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.33 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3146. (DEPOSITION ID: 13760).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 128.9 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: FSCAVERAGE / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--CRYO-EM
精密化最高解像度: 4.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 4.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23735 24758 0 0 48493

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る