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万見
- PDB-5an5: B. subtilis GpsB C-terminal Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5an5
タイトルB. subtilis GpsB C-terminal Domain
要素CELL CYCLE PROTEIN GPSB
キーワードCELL CYCLE / BACTERIAL GROWTH REGULATION / CELL WALL SYNTHESIS / CELL DIVISION
機能・相同性Cell cycle protein GpsB / DivIVA family / DivIVA domain / DivIVA protein / peptidoglycan-based cell wall biogenesis / regulation of cell shape / cell division / cytoplasm / Cell cycle protein GpsB
機能・相同性情報
生物種BACILLUS SUBTILIS SUBSP. SUBTILIS STR. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Rismondo, J. / Cleverley, R.M. / Lane, H.V. / Grohennig, S. / Steglich, A. / Moller, L. / Krishna Mannala, G. / Hain, T. / Lewis, R.J. / Halbedel, S.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2016
タイトル: Structure of the Bacterial Cell Division Determinant Gpsb and its Interaction with Penicillin Binding Proteins.
著者: Rismondo, J. / Cleverley, R.M. / Lane, H.V. / Grosshennig, S. / Steglich, A. / Moller, L. / Mannala, G.K. / Hain, T. / Lewis, R.J. / Halbedel, S.
履歴
登録2015年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 2.02019年10月23日Group: Atomic model / Data collection / Other / カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: CELL CYCLE PROTEIN GPSB
C: CELL CYCLE PROTEIN GPSB
D: CELL CYCLE PROTEIN GPSB
E: CELL CYCLE PROTEIN GPSB
F: CELL CYCLE PROTEIN GPSB
G: CELL CYCLE PROTEIN GPSB
H: CELL CYCLE PROTEIN GPSB
I: CELL CYCLE PROTEIN GPSB
J: CELL CYCLE PROTEIN GPSB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,99011
ポリマ－27,8069
非ポリマー1842
水4,234235
1
B: CELL CYCLE PROTEIN GPSB
H: CELL CYCLE PROTEIN GPSB
I: CELL CYCLE PROTEIN GPSB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2693
ポリマ－9,2693
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-18.6 kcal/mol
Surface area4820 Å2
手法PISA
2
C: CELL CYCLE PROTEIN GPSB
D: CELL CYCLE PROTEIN GPSB
J: CELL CYCLE PROTEIN GPSB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3614
ポリマ－9,2693
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-17.6 kcal/mol
Surface area5370 Å2
手法PISA
3
E: CELL CYCLE PROTEIN GPSB
F: CELL CYCLE PROTEIN GPSB
G: CELL CYCLE PROTEIN GPSB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3614
ポリマ－9,2693
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-18.8 kcal/mol
Surface area4200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.594, 36.203, 43.179
Angle α, β, γ (deg.)85.59, 89.32, 65.53
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
CELL CYCLE PROTEIN GPSB / GUIDING PBP1-SHUTTLING PROTEIN / GPSB


分子量: 3089.546 Da / 分子数: 9 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 76-98 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS SUBSP. SUBTILIS STR. 168 (枯草菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0CI74
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES NUMBERED -4 TO 0 (GMSA SEQUENCE) ARE DERIVED FROM THE EXPRESSION VECTOR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.19 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.2M SODIUM FLUORIDE, 20% PEG 3350, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.61992
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.61992 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→43.04 Å / Num. obs: 54744 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 10.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 57.4
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 14.2 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.2→29.659 Å / SU ML: 0.08 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 16.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1634 1186 2.2 %
Rwork0.1454 --
obs0.1458 54723 97.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.6 Å2 / ksol: 0.43 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→29.659 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1576 0 12 235 1823
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081670
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0582243
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.237616
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005284
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.25460.17971460.12956601X-RAY DIFFRACTION97
1.2546-1.32080.17171460.12066584X-RAY DIFFRACTION97
1.3208-1.40350.14971490.12056680X-RAY DIFFRACTION97
1.4035-1.51190.16711500.12466673X-RAY DIFFRACTION98
1.5119-1.6640.16421480.12516699X-RAY DIFFRACTION98
1.664-1.90480.181440.14336764X-RAY DIFFRACTION98
1.9048-2.39970.14631500.14966770X-RAY DIFFRACTION99
2.3997-29.66760.16571530.1616766X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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