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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5amt | ||||||
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タイトル | Intracellular growth locus protein E | ||||||
![]() | IGLE | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / BACTERIAL SECRETION SYSTEM / LIPOPROTEIN / IGLE / TSSJ / FRANCISELLA NOVICIDA | ||||||
機能・相同性 | symbiont cell surface / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / host cell cytoplasm / BROMIDE ION / Lipoprotein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Robb, C.S. / Nano, F.E. / Boraston, A.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cloning, Expression, Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Intracellular Growth Locus E (Igle) Protein from Francisella Tularensis Subsp. Novicida. 著者: Robb, C.S. / Nano, F.E. / Boraston, A.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 458.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14460.104 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 25-125 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PET28A / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-EDO / | #3: 化合物 | ChemComp-BR / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | LACKING SIGNAL PEPTIDE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.62→44.81 Å / Num. obs: 24487 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.3 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.62→1.7 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 1.62→39.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.565 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.415 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.62→39.02 Å
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拘束条件 |
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