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万見
- PDB-5amo: Structure of a mouse Olfactomedin-1 disulfide-linked dimer of the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5amo
タイトルStructure of a mouse Olfactomedin-1 disulfide-linked dimer of the Olfactomedin domain and part of the coiled coil
要素NOELIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / OLFM1 / DISULFIDE / NEUROBIOLOGY / DEVELOPMENT / AMPA RECEPTOR / BETA PROPELLER
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of synaptic membrane / atrioventricular valve formation / neuronal signal transduction / cardiac epithelial to mesenchymal transition / regulation of axon extension / AMPA glutamate receptor complex / axonal growth cone / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / synaptic membrane / perikaryon ...extrinsic component of synaptic membrane / atrioventricular valve formation / neuronal signal transduction / cardiac epithelial to mesenchymal transition / regulation of axon extension / AMPA glutamate receptor complex / axonal growth cone / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / synaptic membrane / perikaryon / positive regulation of apoptotic process / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / glutamatergic synapse / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum / signal transduction / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Noelin domain / Neurogenesis glycoprotein / Olfactomedin-like domain / Olfactomedin-like domain / Olfactomedin-like domain profile. / Olfactomedin-like domains / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / Endoplasmic reticulum targeting sequence.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pronker, M.F. / Bos, T.G.A.A. / Sharp, T.H. / Thies-Weesie, D.M. / Janssen, B.J.C.
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2015
タイトル: Olfactomedin-1 Has a V-shaped Disulfide-linked Tetrameric Structure.
著者: Matti F Pronker / Trusanne G A A Bos / Thomas H Sharp / Dominique M E Thies-Weesie / Bert J C Janssen /
要旨: Olfactomedin-1 (Olfm1; also known as noelin and pancortin) is a member of the olfactomedin domain-containing superfamily and a highly expressed neuronal glycoprotein important for nervous system ...Olfactomedin-1 (Olfm1; also known as noelin and pancortin) is a member of the olfactomedin domain-containing superfamily and a highly expressed neuronal glycoprotein important for nervous system development. It binds a number of secreted proteins and cell surface-bound receptors to induce cell signaling processes. Using a combined approach of x-ray crystallography, solution scattering, analytical ultracentrifugation, and electron microscopy we determined that full-length Olfm1 forms disulfide-linked tetramers with a distinctive V-shaped architecture. The base of the "V" is formed by two disulfide-linked dimeric N-terminal domains. Each of the two V legs consists of a parallel dimeric disulfide-linked coiled coil with a C-terminal β-propeller dimer at the tips. This agrees with our crystal structure of a C-terminal coiled-coil segment and β-propeller combination (Olfm1(coil-Olf)) that reveals a disulfide-linked dimeric arrangement with the β-propeller top faces in an outward exposed orientation. Similar to its family member myocilin, Olfm1 is stabilized by calcium. The dimer-of-dimers architecture suggests a role for Olfm1 in clustering receptors to regulate signaling and sheds light on the conformation of several other olfactomedin domain family members.
履歴
登録2015年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.22015年7月1日Group: Database references
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NOELIN
B: NOELIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,60312
ポリマ－108,1512
非ポリマー2,45210
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.220, 43.940, 104.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NOELIN / NEURONAL OLFACTOMEDIN-RELATED ER LOCALIZED PROTEIN / OLFACTOMEDIN-1 / PANCORTIN


分子量: 54075.621 Da / 分子数: 2
断片: COILED COIL AND OLFACTOMEDIN DOMAIN, RESIDUES 17-478
由来タイプ: 組換発現
詳細: N-LINKED GLYCOSYLATION ON RESIDUES ASN473, ASN307 AND ASN394
由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 器官: BRAIN / プラスミド: PUPE107.03 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: O88998

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糖 , 2種, 6分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 30分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細CORRESPONDS TO UNIPROT ENTRY O88998, BUT WITH MUTATION A329T

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: SITTING DROP AT 293 K, MIXING PROTEIN AT 6 MG/ML 1:1 WITH PRECIPITANT SOLUTION: 1M LICL, 20% PEG6000 (W/V) AND 100 MM TRIS PH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→95 Å / Num. obs: 26050 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 49.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4D77

4d77


解像度: 2.4→50.318 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 32.14 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 17-210, 339-352 AND 478-487 NOT MODELED BECAUSE OF DISORDER OR LIMITED PROTEOLYSIS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2578 2420 5 %
Rwork0.237 --
obs0.238 26030 94.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0.4242 Å2 / ksol: 1.3585 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 69.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50.318 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4119 0 159 26 4304
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024396
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5555980
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2261555
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025664
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001750
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.4490.37221340.36242730X-RAY DIFFRACTION95
2.449-2.50230.43031460.34362690X-RAY DIFFRACTION96
2.5023-2.56050.33181420.33692646X-RAY DIFFRACTION94
2.5605-2.62450.38111350.33232690X-RAY DIFFRACTION95
2.6245-2.69550.3521300.33242535X-RAY DIFFRACTION90
2.6955-2.77480.32251410.31612725X-RAY DIFFRACTION96
2.7748-2.86430.34421420.30372689X-RAY DIFFRACTION96
2.8643-2.96670.33781310.29962785X-RAY DIFFRACTION96
2.9667-3.08540.28991450.29432667X-RAY DIFFRACTION95
3.0854-3.22580.31971170.26622639X-RAY DIFFRACTION94
3.2258-3.39590.25371410.25382639X-RAY DIFFRACTION93
3.3959-3.60860.28661650.24172684X-RAY DIFFRACTION96
3.6086-3.88710.22961740.22882673X-RAY DIFFRACTION96
3.8871-4.27810.1961360.19852686X-RAY DIFFRACTION95
4.2781-4.89670.21171420.16732747X-RAY DIFFRACTION95
4.8967-6.16760.19881480.20022687X-RAY DIFFRACTION96
6.1676-50.32860.24111510.20632657X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.83294.0936.72579.99255.62947.92020.4786-2.21110.27651.8326-0.76060.8470.8701-2.91520.26630.6939-0.14410.04851.2672-0.05260.749986.123310.39930.3389
25.90360.92480.41922.71370.30814.50750.2050.2551-0.2330.0529-0.0827-0.1353-0.06790.1215-0.10780.2917-0.057-0.02310.4722-0.00980.449964.97768.61124.9528
39.5538-6.98446.70892.1308-8.41072.0268-0.6208-0.640.77621.3958-0.509-0.9618-1.33061.81121.0250.7603-0.2699-0.12811.2714-0.03090.755995.338612.181229.6563
45.73160.66972.92563.00280.2744.4360.153-0.1596-0.10110.1024-0.1614-0.0524-0.0019-0.15960.00070.2926-0.10270.02440.5492-0.04840.4439112.259915.307515.2269
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 211 THROUGH 227 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 228 THROUGH 477 ) OR CHAIN 'S' AND (RESID 44)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'B' AND (RESID 210 THROUGH 227 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 228 THROUGH 480 ) OR CHAIN 'S' AND (RESID 45)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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