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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5am5 | ||||||
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タイトル | ligand complex structure of soluble epoxide hydrolase | ||||||
![]() | BIFUNCTIONAL EPOXIDE HYDROLASE 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / Biosynthesis of maresins / phospholipid dephosphorylation / soluble epoxide hydrolase / lipid phosphatase activity / epoxide metabolic process / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) ...lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / Biosynthesis of maresins / phospholipid dephosphorylation / soluble epoxide hydrolase / lipid phosphatase activity / epoxide metabolic process / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / epoxide hydrolase activity / regulation of cholesterol metabolic process / phosphatase activity / peroxisomal matrix / toxic substance binding / dephosphorylation / cholesterol homeostasis / Peroxisomal protein import / response to toxic substance / peroxisome / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Oster, L. / Tapani, S. / Xue, Y. / Kack, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Successful Generation of Structural Information for Fragment-Based Drug Discovery. 著者: Oster, L. / Tapani, S. / Xue, Y. / Kack, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 131.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 102.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 452.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5ahxSC ![]() 5ai0C ![]() 5ai4C ![]() 5ai5C ![]() 5ai6C ![]() 5ai8C ![]() 5ai9C ![]() 5aiaC ![]() 5aibC ![]() 5aicC ![]() 5ak3C ![]() 5ak4C ![]() 5ak5C ![]() 5ak6C ![]() 5akeC ![]() 5akgC ![]() 5akhC ![]() 5akiC ![]() 5akjC ![]() 5akkC ![]() 5aklC ![]() 5akxC ![]() 5akyC ![]() 5akzC ![]() 5aldC ![]() 5aleC ![]() 5alfC ![]() 5algC ![]() 5alhC ![]() 5aliC ![]() 5aljC ![]() 5alkC ![]() 5allC ![]() 5almC ![]() 5alnC ![]() 5aloC ![]() 5alpC ![]() 5alqC ![]() 5alrC ![]() 5alsC ![]() 5altC ![]() 5aluC ![]() 5alvC ![]() 5alwC ![]() 5alxC ![]() 5alyC ![]() 5alzC ![]() 5am0C ![]() 5am1C ![]() 5am2C ![]() 5am3C ![]() 5am4C C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62002.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P34913, soluble epoxide hydrolase, lipid-phosphate phosphatase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.29 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU A200-CU / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.26→244.47 Å / Num. obs: 29286 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 33.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.26→2.38 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 1.02 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 97.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 5AHX 解像度: 2.26→79.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9455 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9048 / SU R Cruickshank DPI: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.336 / SU Rfree Blow DPI: 0.222 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.21 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.43 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.26→79.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.26→2.34 Å / Total num. of bins used: 15
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