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- PDB-5ajj: Crystal structure of variola virus virulence factor F1L in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ajj
タイトルCrystal structure of variola virus virulence factor F1L in complex with human Bid BH3 domain
要素
  • BH3-INTERACTING DOMAIN DEATH AGONIST
  • HOMOLOG OF VACCINIA VIRUS CDS F1L PUTATIVE
キーワードVIRAL PROTEIN / BCL-2 / APOPTOSIS / POXVIRUS / BID
機能・相同性
機能・相同性情報


: / cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / mitochondrial outer membrane permeabilization / Activation, translocation and oligomerization of BAX / host cell mitochondrial outer membrane / Activation and oligomerization of BAK protein / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / positive regulation of fibroblast apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage ...: / cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / mitochondrial outer membrane permeabilization / Activation, translocation and oligomerization of BAX / host cell mitochondrial outer membrane / Activation and oligomerization of BAK protein / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / positive regulation of fibroblast apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein targeting to mitochondrion / regulation of epithelial cell proliferation / establishment of protein localization to membrane / death receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of T cell proliferation / hepatocyte apoptotic process / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / apoptotic mitochondrial changes / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Activation of BAD and translocation to mitochondria / signal transduction in response to DNA damage / supramolecular fiber organization / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein-containing complex assembly / protein-containing complex assembly / neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / mitochondrion / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Orthopoxvirus protein F1 / Poxvirus F1/C10 / Apoptosis regulator M11L like / BH3-interacting domain death agonist / BH3 interacting domain (BID) / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / BH3-interacting domain death agonist / Apoptosis regulator OPG045
類似検索 - 構成要素
生物種VARIOLA VIRUS (天然痘ウイルス)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Kvansakul, M. / Colman, P.M.
引用ジャーナル: Cell Death Dis. / 年: 2015
タイトル: Variola Virus F1L is a Bcl-2-Like Protein that Unlike its Vaccinia Virus Counterpart Inhibits Apoptosis Independent of Bim.
著者: Marshall, B. / Puthalakath, H. / Caria, S. / Chugh, S. / Doerflinger, M. / Colman, P.M. / Kvansakul, M.
履歴
登録2015年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Atomic model / Derived calculations / Other
改定 1.22015年7月29日Group: Source and taxonomy
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HOMOLOG OF VACCINIA VIRUS CDS F1L PUTATIVE
B: BH3-INTERACTING DOMAIN DEATH AGONIST
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5064
ポリマ－23,3552
非ポリマー1512
水2,126118
1
A: HOMOLOG OF VACCINIA VIRUS CDS F1L PUTATIVE
B: BH3-INTERACTING DOMAIN DEATH AGONIST
ヘテロ分子

A: HOMOLOG OF VACCINIA VIRUS CDS F1L PUTATIVE
B: BH3-INTERACTING DOMAIN DEATH AGONIST
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0118
ポリマ－46,7094
非ポリマー3024
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
Buried area11120 Å2
ΔGint-107.2 kcal/mol
Surface area15020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.094, 112.318, 117.178
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2024-

HOH

21A-2081-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 HOMOLOG OF VACCINIA VIRUS CDS F1L PUTATIVE / VARIOLA VIRUS F1L / HOMOLOG OF VACCINIA VIRUS CDS F1L PUTATIVE SYNONYM VARIOLA VIRUS F1L


分子量: 19652.309 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 39-201 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) VARIOLA VIRUS (天然痘ウイルス)
株: BANGLADESH / プラスミド: PGEX-6P3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYZS / 参照: UniProt: Q85365
#2: タンパク質・ペプチド BH3-INTERACTING DOMAIN DEATH AGONIST / P22 BID / BID / P15 BID / P13 BID / P11 BID / P22 BID / BID / P15 BID / P13 BID / P11 BID / VARIOLA VIRUS F1L


分子量: 3702.206 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 79-112 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: SYNTHETHIC CDNA / プラスミド: PGEX-6P3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYZS / 参照: UniProt: P55957
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細ALSO KNOWN AS C5L

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 1.8 M SODIUM ACETATE AND 0.1 M HEPES PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.975
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 17569 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 39
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 80.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: DEV_1760)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4D2M

4d2m


解像度: 1.75→43.828 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2083 891 5.1 %
Rwork0.1668 --
obs0.1689 17534 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→43.828 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1343 0 10 118 1471
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111378
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.151863
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.848523
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043217
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005238
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.85960.28141480.22852732X-RAY DIFFRACTION100
1.8596-2.00320.22951380.18952766X-RAY DIFFRACTION100
2.0032-2.20480.20381590.14952718X-RAY DIFFRACTION100
2.2048-2.52380.18931390.1482767X-RAY DIFFRACTION100
2.5238-3.17960.18991560.17272786X-RAY DIFFRACTION100
3.1796-43.84190.21321510.16472874X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7989-0.2031.17841.073-0.75744.2178-0.00740.0087-0.2020.06830.10040.1570.1025-0.0899-0.08370.2390.0161-0.00370.18760.00740.2621-1.6954-19.55491.917
24.02760.18070.75798.258-4.42962.5826-0.2313-0.26290.30060.16650.28171.4615-0.6355-1.2442-0.37980.42620.05860.04090.70930.0630.6441-16.0885-15.813817.8709
33.7932-1.45091.52456.3061-4.76338.09410.0469-0.88460.24151.11020.53551.0822-1.1556-1.05060.38940.69230.21180.14130.22070.04110.3624-6.2375-2.648517.9072
42.133-0.11460.35433.0236-1.27934.6063-0.0808-0.1586-0.07760.34150.08960.0298-0.3594-0.0196-0.01550.2720.02350.02960.18250.01660.1885-0.4604-12.381114.7542
57.4208-2.67571.18778.0815-1.50152.91460.1918-0.73440.48960.69430.07820.4539-0.6339-0.9273-0.31820.52660.12980.1410.56140.09040.4698-9.6222-11.600925.5048
67.30592.3674-0.84318.8567-1.08540.89280.02-1.8804-0.02281.41180.0373-0.3062-0.51110.5991-0.22130.5845-0.0229-0.09510.70390.15560.41694.4978-23.359232.2497
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 64 THROUGH 118 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 119 THROUGH 132 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 133 THROUGH 150 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 151 THROUGH 201 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 81 THROUGH 100 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 101 THROUGH 109 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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