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- PDB-5air: Structural analysis of mouse GSK3beta fused with LRP6 peptide. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5air
タイトルStructural analysis of mouse GSK3beta fused with LRP6 peptide.
要素Low-density lipoprotein receptor-related protein 6,Glycogen synthase kinase-3 beta
キーワードTRANSFERASE / LRP6 / GSK3 BETA
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of HSF1-mediated heat shock response / negative regulation of protein localization to centrosome / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / negative regulation of neuron maturation / Beta-catenin phosphorylation cascade / CRMPs in Sema3A signaling / re-entry into mitotic cell cycle / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists ...Regulation of HSF1-mediated heat shock response / negative regulation of protein localization to centrosome / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / negative regulation of neuron maturation / Beta-catenin phosphorylation cascade / CRMPs in Sema3A signaling / re-entry into mitotic cell cycle / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / myotube differentiation / neural crest formation / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Signaling by RNF43 mutants / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / kinase inhibitor activity / toxin transmembrane transporter activity / protein localization to microtubule / Wnt receptor activity / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / low-density lipoprotein particle receptor activity / negative regulation of TORC2 signaling / positive regulation of stem cell differentiation / Wnt-protein binding / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / midbrain dopaminergic neuron differentiation / cellular response to cholesterol / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / autosome genomic imprinting / positive regulation of cilium assembly / beta-catenin destruction complex / tau-protein kinase / meiosis I / dopaminergic neuron differentiation / regulation of microtubule-based process / myoblast fusion / regulation of protein export from nucleus / frizzled binding / cellular response to interleukin-3 / axon extension / regulation of long-term synaptic potentiation / Wnt signalosome / negative regulation of TOR signaling / meiotic spindle / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / neural crest cell differentiation / cellular response to glucocorticoid stimulus / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / tau-protein kinase activity / phosphorylation / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / ER overload response / glycogen metabolic process / regulation of neuron projection development / dynein complex binding / fat cell differentiation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / epithelial to mesenchymal transition / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of axon extension / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / coreceptor activity / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of cell cycle / positive regulation of autophagy / cytoskeleton organization / Regulation of FZD by ubiquitination / axonogenesis / protein export from nucleus / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / dendritic shaft / positive regulation of protein export from nucleus / animal organ morphogenesis / protein localization to plasma membrane / TCF dependent signaling in response to WNT / stem cell differentiation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / regulation of cell growth / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of circadian rhythm / beta-catenin binding / cell-cell adhesion / response to peptide hormone / Wnt signaling pathway / circadian rhythm / endocytosis / neuron projection development / kinase activity / p53 binding / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell migration
類似検索 - 分子機能
Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / : / Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site ...Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / : / Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / Glycogen synthase kinase-3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Kim, K.L.
引用ジャーナル: Biodesign / 年: 2015
タイトル: Structural Analysis of Mouse Gsk3 Beta Fused with Lrp6 Peptide
著者: Kim, K.L. / Kim, J.S. / Cha, J.S. / Cho, H.S. / Ha, N.C.
履歴
登録2015年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Experimental preparation / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_biol / struct_ref / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.details / _entity.pdbx_description ..._entity.details / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_fragment / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.22024年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6,Glycogen synthase kinase-3 beta
B: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6,Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,8494
ポリマ－95,6452
非ポリマー2042
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-1.7 kcal/mol
Surface area33550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.902, 85.883, 177.471
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Low-density lipoprotein receptor-related protein 6,Glycogen synthase kinase-3 beta / LRP-6 / GSK-3 beta / Serine/threonine-protein kinase GSK3B


分子量: 47822.422 Da / 分子数: 2
断片: RESIDUES 1565-1574, KINASE DOMAIN, RESIDUES 6-420,RESIDUES 1565-1574, KINASE DOMAIN, RESIDUES 6-420,RESIDUES 1565-1574, KINASE DOMAIN, RESIDUES 6-420,RESIDUES 1565-1574, KINASE DOMAIN, RESIDUES 6-420
由来タイプ: 組換発現
詳細: ac-to-Bac baculovirus expression system,ac-to-Bac baculovirus expression system
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: LRP6, Gsk3b
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75581, UniProt: Q9WV60, tau-protein kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % / 解説: NONE
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 200 MM SODIUM MALONATE, 20 % (V/V) PEG 3350, pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→177.5 Å / Num. obs: 42941 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 15.37

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0073 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.53→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 11.218 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.315 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25983 2105 5 %RANDOM
Rwork0.21213 ---
obs0.21451 40183 98.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.199 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3 Å20 Å20 Å2
2--2.13 Å20 Å2
3----3.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5687 0 14 23 5724
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0195823
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.025633
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7261.987912
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.872312974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1075708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.36723.125256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.76515988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4541546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2892
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216469
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021317
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8944.7432850
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8954.7432849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.4347.0873552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.4337.0873553
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7055.1332973
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7045.1332974
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.1267.4974361
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.29343.05923876
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.29443.06123875
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.534→2.599 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 146 -
Rwork0.355 2629 -
obs--90.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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