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- PDB-5agw: Bcl-2 alpha beta-1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5agw
タイトルBcl-2 alpha beta-1 complex
要素
  • APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1, APOPTOSIS REGULATOR BCL-2
  • BCL-2-LIKE PROTEIN 11
キーワードAPOPTOSIS / BCL-2 / FOLDAMER / BIM
機能・相同性
機能・相同性情報


BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / regulation of developmental pigmentation / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process ...BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / regulation of developmental pigmentation / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / channel inhibitor activity / melanin metabolic process / positive regulation of neuron maturation / myeloid cell apoptotic process / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / cochlear nucleus development / osteoblast proliferation / mesenchymal cell development / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / retinal cell programmed cell death / negative regulation of osteoblast proliferation / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Activation of BIM and translocation to mitochondria / developmental pigmentation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / stem cell development / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / gland morphogenesis / apoptotic process in bone marrow cell / renal system process / regulation of cell-matrix adhesion / ear development / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / lymphoid progenitor cell differentiation / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / melanocyte differentiation / T cell apoptotic process / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / regulation of nitrogen utilization / glomerulus development / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / focal adhesion assembly / negative regulation of T cell apoptotic process / meiosis I / regulation of transmembrane transporter activity / oocyte development / positive regulation of T cell apoptotic process / regulation of organ growth / B cell apoptotic process / metanephros development / tube formation / neuron maturation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / positive regulation of multicellular organism growth / negative regulation of motor neuron apoptotic process / mammary gland development / regulation of viral genome replication / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / regulation of growth / response to UV-B / calcium ion transport into cytosol / negative regulation of ossification / response to iron ion / axon regeneration / epithelial cell apoptotic process / Bcl-2 family protein complex / negative regulation of mitochondrial depolarization / myeloid cell homeostasis / motor neuron apoptotic process / positive regulation of smooth muscle cell migration / smooth muscle cell migration / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / negative regulation of B cell apoptotic process / organ growth / cellular response to glucocorticoid stimulus / hair follicle morphogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / NRAGE signals death through JNK / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / digestive tract morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / thymocyte apoptotic process / hepatocyte apoptotic process / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / B cell lineage commitment
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site ...Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 11 / Apoptosis regulator Bcl-2 / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.695 Å
データ登録者Smith, B.J. / F Lee, E. / Checco, J.W. / Gellman, S.H. / Fairlie, W.D.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: Alpha Beta Peptide Foldamers Targeting Intracellular Protein-Protein Interactions with Activity on Living Cells
著者: Checco, J.W. / Lee, E.F. / Evangelista, M. / Sleebs, N. / Rodgers, K. / Pettikiriarachchi, A. / Kershaw, N. / Eddinger, G.A. / Belair, D.G. / Wilson, J.L. / Eller, C.H. / Raines, R.T. / ...著者: Checco, J.W. / Lee, E.F. / Evangelista, M. / Sleebs, N. / Rodgers, K. / Pettikiriarachchi, A. / Kershaw, N. / Eddinger, G.A. / Belair, D.G. / Wilson, J.L. / Eller, C.H. / Raines, R.T. / Murphy, W.L. / Smith, B.J. / Gellman, S.H. / Fairlie, W.D.
履歴
登録2015年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.12024年5月1日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22025年2月12日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1, APOPTOSIS REGULATOR BCL-2
B: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1, APOPTOSIS REGULATOR BCL-2
C: BCL-2-LIKE PROTEIN 11
D: BCL-2-LIKE PROTEIN 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1374
ポリマ－44,1374
非ポリマー00
水1086
1
B: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1, APOPTOSIS REGULATOR BCL-2
C: BCL-2-LIKE PROTEIN 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0692
ポリマ－22,0692
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-14.7 kcal/mol
Surface area7680 Å2
手法PISA
2
A: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1, APOPTOSIS REGULATOR BCL-2
D: BCL-2-LIKE PROTEIN 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0692
ポリマ－22,0692
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-14.8 kcal/mol
Surface area8360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.673, 87.673, 107.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1, APOPTOSIS REGULATOR BCL-2 / BCL2-L-1 / APOPTOSIS REGULATOR BCL-X


分子量: 19357.557 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-34,29-44,92-207 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CONTAINS RESIDUES 1-34,92-207 OF BCL-2 AND THE UNSTRUCTURED LOOP BETWEEN RESIDUES 35-91 REPLACED IS WITH RESIDUES 35-50 OF BCL-XL
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-6P-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10415, UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド BCL-2-LIKE PROTEIN 11 / BCL2-L-11 / BCL2-INTERACTING MEDIATOR OF CELL DEATH


分子量: 2711.190 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 148-166 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-6P-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O43521
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細CONTAINS RESIDUES 1-34, 92-207 OF BCL-2 AND THE UNSTRUCTURED LOOP BETWEEN RESIDUES 35-91 REPLACED ...CONTAINS RESIDUES 1-34, 92-207 OF BCL-2 AND THE UNSTRUCTURED LOOP BETWEEN RESIDUES 35-91 REPLACED IS WITH RESIDUES 35-50 OF BCL-XL RESIDUES 2,6,16 ARE CYCLIC BETA AMINO ACIDS RESIDUES 9,13 ARE PENETENYL S5 AMINO ACIDS THAT ARE CROSS-LINKED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.73 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 0.02M CACL2, 0.1M MOPS PH7.0, 10% 2-PROPANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→33.97 Å / Num. obs: 12081 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 79.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 18.29
反射 シェル解像度: 2.7→2.79 Å / 冗長度: 9.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: UNPUBLISHED BCL-2 BECLIN BH3 COMPLEX

解像度: 2.695→33.969 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2719 603 5 %
Rwork0.2015 --
obs0.2051 12074 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.695→33.969 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2543 0 0 6 2549
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092634
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2743589
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.161933
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05373
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005456
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6946-2.96560.38641450.3052764X-RAY DIFFRACTION99
2.9656-3.39440.32611490.25722824X-RAY DIFFRACTION100
3.3944-4.27530.26931500.19222863X-RAY DIFFRACTION100
4.2753-33.97130.2451590.17973020X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.976 Å / Origin y: 11.0786 Å / Origin z: -18.711 Å
111213212223313233
T0.5839 Å20.0399 Å2-0.0175 Å2-0.5244 Å20.1209 Å2--0.4974 Å2
L6.8231 °2-2.5406 °2-2.2251 °2-2.8216 °20.8283 °2--3.8444 °2
S-0.5842 Å °-0.6413 Å °-0.2248 Å °0.2147 Å °0.209 Å °-0.2223 Å °0.2106 Å °0.5912 Å °0.3604 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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