PDB-5agv: The sliding clamp of Mycobacterium tuberculosis in complex with a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5agv

タイトル

The sliding clamp of Mycobacterium tuberculosis in complex with a natural product.

要素

CYCLOHEXYL GRISELIMYCIN
DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA

キーワード

TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC COMPLEX / TRANSFERASE / DNAN / NATURAL PRODUCT / SLIDING CLAMP

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA polymerase III complex / DNA strand elongation involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / peptidoglycan-based cell wall / DNA-directed DNA polymerase activity / response to antibiotic / DNA binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS H37RV (結核菌)

STREPTOMYCES CAELICUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Lukat, P. / Kling, A. / Heinz, D.W. / Mueller, R.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Antibiotics. Targeting Dnan for Tuberculosis Therapy Using Novel Griselimycins.
著者: Kling, A. / Lukat, P. / Almeida, D.V. / Bauer, A. / Fontaine, E. / Sordello, S. / Zaburannyi, N. / Herrmann, J. / Wenzel, S.C. / Konig, C. / Ammerman, N.C. / Barrio, M.B. / Borchers, K. / ...

履歴

登録	2015年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月17日	Group: Database references
改定 1.2	2015年6月24日	Group: Derived calculations
改定 2.0	2017年6月14日	Group: Advisory / Atomic model / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_struct_assembly_gen ...atom_site / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conf / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_sheet.id / _struct_sheet_order.sheet_id / _struct_sheet_range.sheet_id / _struct_site.details / _struct_site.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues
改定 3.0	2019年4月24日	Group: Data collection / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_seq_map_depositor_info Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code
改定 4.0	2024年1月10日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_molecule_features / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.compound_details / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5agv.cif.gz	348.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5agv.ent.gz	280.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5agv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5agv_validation.pdf.gz	481.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5agv_full_validation.pdf.gz	489.5 KB	表示
XML形式データ	5agv_validation.xml.gz	41.6 KB	表示
CIF形式データ	5agv_validation.cif.gz	63.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/5agv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/5agv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5aguC 5ah2C 5ah4C 3p16S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ah2-1 6fvn-1 6dly-d 5ah2-2 6fvo-2 3p16-3 5agu-d 6ptr-d 4s3i-2 6fvo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (9)

登録構造単位

A: DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA

B: DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA

C: CYCLOHEXYL GRISELIMYCIN

D: CYCLOHEXYL GRISELIMYCIN

ヘテロ分子

88.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA

D: CYCLOHEXYL GRISELIMYCIN

ヘテロ分子

A: DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA

C: CYCLOHEXYL GRISELIMYCIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA

C: CYCLOHEXYL GRISELIMYCIN

ヘテロ分子

B: DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA

D: CYCLOHEXYL GRISELIMYCIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.869, 89.764, 81.928
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.14, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99984, 0.01309, 0.01194), (-0.01302, -0.9999, 0.00624), (0.01202, 0.00608, 0.99991)
ベクター: -7.45966, 45.72646, 0.35453)

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA 分子量: 42479.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS H37RV (結核菌) プラスミド: PVP008_DNANMTB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: I6XU56, UniProt: P9WNU1*PLUS, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質・ペプチド	CYCLOHEXYL GRISELIMYCIN タイプ: Peptide-like / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1197.593 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) STREPTOMYCES CAELICUS (バクテリア) / 参照: BIRD: PRD_002466

-
非ポリマー , 4種, 998分子

#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル分子量: 90.121 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 975 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

構成要素の詳細	Novel synthetic analog of natural product Griselimycin
非ポリマーの詳細	CYCLOHEXYLGRISELIMYCIN (CGM): CYCLOHEXYLGRISELIMYCIN IS A SYNTHETICALLY GENERATED DERIVATIVE OF ...CYCLOHEXYLGRISELIMYCIN (CGM): CYCLOHEXYLGRISELIMYCIN IS A SYNTHETICALLY GENERATED DERIVATIVE OF GRISELIMYCIN, A NATURAL PRODUCT SYNTHESIZED BY STREPTOMYCES CAELICUS.
配列の詳細	FIRST 4 N-TERMINAL RESIDUES ARE REMAINING FRIOM THE PROTEASE CLEAVAGE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.9 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 333 MM CACL2, 144 MM LITHIUM ACETATE, 11.7 % (W/V) PEG 8000, 100 MM HEPES-NAOH PH 7.58

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91844
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月24日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91844 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→40.8 Å / Num. obs: 79001 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 25.93 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 1.93→1.94 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER	via	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: WWPDB ENTRY 3P16

3p16

解像度: 1.93→40.8 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.76 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: WEAKLY DEFINED SIDECHAINS ARE MODELLED AS ALANINES.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2095	3846	4.9 %
R_work	0.1688	-	-
obs	0.1708	78969	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→40.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5901	0	48	975	6924

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6428
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.128	8866
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.517	2409
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1091
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1177

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9302-1.9546	0.2799	124	0.2386	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9546-1.9804	0.2756	159	0.2447	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9804-2.0075	0.3323	136	0.2323	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0075-2.0362	0.2611	127	0.221	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0362-2.0666	0.246	135	0.2084	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0666-2.0989	0.2261	143	0.2065	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0989-2.1333	0.2442	130	0.2023	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1333-2.17	0.2741	155	0.1998	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.2095	0.265	152	0.1945	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2095-2.252	0.2256	149	0.1807	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.252-2.298	0.2068	113	0.1818	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
2.298-2.3479	0.2133	140	0.1804	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3479-2.4025	0.2135	146	0.176	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4025-2.4626	0.2188	155	0.1709	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4626-2.5292	0.2467	153	0.1757	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5292-2.6036	0.215	144	0.1742	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6036-2.6876	0.2146	137	0.1725	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6876-2.7837	0.2584	127	0.1734	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7837-2.8951	0.221	161	0.1761	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8951-3.0268	0.2293	144	0.1697	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0268-3.1863	0.2133	143	0.1683	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1863-3.3859	0.1883	134	0.1602	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3859-3.6471	0.2002	150	0.1513	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6471-4.0139	0.1735	156	0.1421	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0139-4.594	0.152	133	0.1301	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
4.594-5.7853	0.1888	162	0.1436	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7853-40.8086	0.1925	138	0.178	2862	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4521	-0.2425	-0.0233	1.6549	-1.2493	3.7114	-0.0929	-0.0231	0.0305	0.0105	-0.1602	-0.1685	-0.1475	0.2486	0.247	0.2179	0.0129	-0.0061	0.2197	0.0265	0.3027	12.7815	24.2071	56.4395
2	1.7203	-0.0574	0.0923	1.8086	1.2805	2.7459	-0.0381	-0.1463	0.1642	-0.1357	-0.0221	0.0076	-0.4892	-0.0022	0.032	0.2517	-0.0125	-0.0163	0.1517	0.0312	0.2174	14.5171	27.4544	27.5305
3	0.9329	0.3665	-0.3393	3.1701	0.5717	1.982	0.0545	0.0711	0.061	-0.2391	-0.1387	0.0877	-0.1244	-0.1307	0.0738	0.1534	0.0142	-0.0004	0.1948	-0.0031	0.1361	10.4236	7.0358	10.885
4	0.1304	0.1657	0.3798	-0.0654	0.088	3.2804	-0.0404	-0.0255	-0.0141	0.0126	0.0094	0.0148	0.3262	-0.0711	0.0329	0.2298	0.013	0.0261	0.18	-0.0028	0.2419	-19.6942	20.639	45.4519
5	0.4448	0.119	-0.4394	1.5392	-1.1799	2.5032	0.0241	-0.0137	0.0322	-0.0333	-0.0654	-0.0656	0.0016	0.0908	0.0505	0.1233	-0.0222	-0.0209	0.1873	-0.0164	0.1663	-19.288	34.1636	14.7637

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 10 THROUGH 140 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 141 THROUGH 270 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 271 THROUGH 402 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 10 THROUGH 238 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 239 THROUGH 402 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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