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- PDB-5afe: Medium Resolution structure of the C-terminal family 65 Carbohydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5afe
タイトルMedium Resolution structure of the C-terminal family 65 Carbohydrate Binding Module (CBM65B) of endoglucanase Cel5A from Eubacterium cellulosolvens with a bound xyloglucan heptasaccharide (XXXG)
要素ENDOGLUCANASE CEL5A
キーワードHYDROLASE / CBM65B / CARBOHYDRATE BINDING MODULE / ENDOGLUCANASE CEL5A / EUBACTERIUM CELLULOSOLVENS / PLANT CELL WALL DEGRADATION / XYLOGUCAN HEPTASACCHARIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #1070 / Carbohydrate binding module 65 domain 1 / Carbohydrate binding module 65 domain 1 / : / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Endoglucanase cel5A
類似検索 - 構成要素
生物種EUBACTERIUM CELLULOSOLVENS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Venditto, I. / Fontes, C.M.G.A. / Gilbert, H.J. / Najmudin, S.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Understanding How Noncatalytic Carbohydrate Binding Modules Can Display Specificity for Xyloglucan
著者: Luis, A.S. / Venditto, I. / Basle, A. / Prates, J.A.M. / Ferreira, L.M.A. / Temple, M. / Rogowski, A. / Xue, J. / Knox, J.P. / Fontes, C.M.G.A. / Gilbert, H.J. / Najmudin, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Overproduction, Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Characterization of the C-Terminal Family 65 Carbohydrate-Binding Module (Cbm65B) of Endoglucanase Cel5A from Eubacterium Cellulosolvens.
著者: Venditto, I. / Basle, A. / Luis, A.S. / Temple, M.J. / Ferreira, L.M.A. / Fontes, C.M.G.A. / Gilbert, H.J. / Najmudin, S.
履歴
登録2015年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOGLUCANASE CEL5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2133
ポリマ－15,9581
非ポリマー1,2552
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.960, 58.960, 117.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2010-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ENDOGLUCANASE CEL5A


分子量: 15957.568 Da / 分子数: 1
断片: C-TERMINAL FAMILY 65 CARBOHYDRATE BINDING MODULE (CBM65B), UNP RESIDUES 578-721
由来タイプ: 合成
由来: (合成) EUBACTERIUM CELLULOSOLVENS (バクテリア)
参照: UniProt: Q3LHN3, cellulase
#2: 多糖 alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1062.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpa1-6DGlcpb1-4[DXylpa1-6]DGlcpb1-4[DXylpa1-6]DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,7,6/[a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5]/1-1-1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_b6-g1_c4-d1_c6-f1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細CITRIC ACID (CIT): FROM THE CRYSTALLISATION BUFFER XYLOPYRANOSE (XYS): PART OF THE XYLOGLUCAN ...CITRIC ACID (CIT): FROM THE CRYSTALLISATION BUFFER XYLOPYRANOSE (XYS): PART OF THE XYLOGLUCAN HEPTASACCHARIDE XXXG BETA-D-GLUCOSE (BGC): PART OF THE XYLOGLUCAN HEPTASACCHARIDE XXXG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.6
詳細: 0.1 M SODIUM CITRATE TRIBASIC DIHYDRATE PH 5.6, 30%(W/V) PEG 4000 CO-CRYSTALLISED WITH 10 MM OF HEPTASACCHARIDE XXXG CRYOPROTECTAN WAS 30% GLYCEROL ADDED TO ABOVE CRYSTALLISATION BUFFER

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→58.96 Å / Num. obs: 6535 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Net I/σ(I): 2.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BA6

4ba6


解像度: 2.6→52.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 41.99 / SU ML: 0.434 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.513 / ESU R Free: 0.344 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED PDB_REDO WAS USED IN THE PENULTIMATE ROUND OF REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30613 303 4.7 %RANDOM
Rwork0.24861 ---
obs0.25122 6206 95.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.468 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→52.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数977 0 85 28 1090
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.021095
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02979
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1122.0341500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.64532275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1785123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.55625.43546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.15515157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg1.238151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2177
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211153
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02226
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.963.061495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9623.055494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7684.581617
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.323.659600
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 19 -
Rwork0.453 448 -
obs--96.09 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.54 Å / Origin y: -0.918 Å / Origin z: 4.981 Å
111213212223313233
T0.5555 Å2-0.0672 Å2-0.066 Å2-0.5138 Å20.0109 Å2--0.029 Å2
L3.947 °2-1.4483 °2-0.7012 °2-4.0016 °2-0.0989 °2--5.0989 °2
S0.1421 Å °-0.0192 Å °-0.1411 Å °0.0073 Å °0.0659 Å °0.2304 Å °0.2109 Å °-0.2348 Å °-0.2081 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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