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- PDB-5af7: 3-Sulfinopropionyl-coenzyme A (3SP-CoA) desulfinase from Advenell... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5af7
タイトル3-Sulfinopropionyl-coenzyme A (3SP-CoA) desulfinase from Advenella mimigardefordensis DPN7T: crystal structure and function of a desulfinase with an acyl-CoA dehydrogenase fold. Native crystal structure
要素ACYL-COA DEHYDROGENASE
キーワードHYDROLASE / DESULFINASE / ACYL-COA DEHYDROGENASE / 3-SULFINOPROPIONYL-COENZYME A / FLAVIN ADENINE DINUCLEOTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


3-sulfinopropanoyl-CoA desulfinase / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / flavin adenine dinucleotide binding / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 3-sulfinopropanoyl-CoA desulfinase
類似検索 - 構成要素
生物種Advenella mimigardefordensis DPN7 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Cianci, M. / Schuermann, M. / Meijers, R. / Schneider, T.R. / Steinbuechel, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: 3-Sulfinopropionyl-Coenzyme a (3Sp-Coa) Desulfinase from Advenella Mimigardefordensis Dpn7(T): Crystal Structure and Function of a Desulfinase with an Acyl-Coa Dehydrogenase Fold.
著者: Schurmann, M. / Meijers, R. / Schneider, T.R. / Steinbuchel, A. / Cianci, M.
履歴
登録2015年1月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Data collection / Database references
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACYL-COA DEHYDROGENASE
B: ACYL-COA DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9196
ポリマ－87,1632
非ポリマー1,7554
水14,970831
1
A: ACYL-COA DEHYDROGENASE
B: ACYL-COA DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: ACYL-COA DEHYDROGENASE
B: ACYL-COA DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,83812
ポリマ－174,3274
非ポリマー3,5118
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area24810 Å2
ΔGint-127.1 kcal/mol
Surface area51740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.674, 100.652, 118.573
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2073-

HOH

21A-2278-

HOH

31A-2289-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ACYL-COA DEHYDROGENASE / 3-SULFINOPROPIONYL-COENZYME A DESULFINASE


分子量: 43581.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Advenella mimigardefordensis DPN7 (バクテリア)
プラスミド: PET23A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K4L7X3, 3-sulfinopropanoyl-CoA desulfinase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 831 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: THE CRYSTALS WERE GROWN IN 24-WELL LINBRO PLATES (HAMPTON RESEARCH) BY VAPOUR DIFFUSION IN A HANGING DROP CONFIGURATION FROM 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5 AND 10 % PEG 3350 AT A PROTEIN CONCENTRATION ...詳細: THE CRYSTALS WERE GROWN IN 24-WELL LINBRO PLATES (HAMPTON RESEARCH) BY VAPOUR DIFFUSION IN A HANGING DROP CONFIGURATION FROM 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5 AND 10 % PEG 3350 AT A PROTEIN CONCENTRATION OF 10 MG/ML, BY MIXING 2 UL OF THE PROTEIN SOLUTION WITH 2 UL MOTHER LIQUOR.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.968
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月17日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→100.65 Å / Num. obs: 69785 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 19.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.89→1.93 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UKW

1ukw


解像度: 1.89→63.79 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2017 3509 5 %
Rwork0.1625 --
obs0.1645 69748 95.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→63.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5929 0 118 831 6878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076206
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9948408
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9792291
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038933
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041088
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-1.91590.27361400.23592668X-RAY DIFFRACTION97
1.9159-1.94330.27661490.22062695X-RAY DIFFRACTION98
1.9433-1.97230.25721350.21552661X-RAY DIFFRACTION97
1.9723-2.00310.24951300.20132687X-RAY DIFFRACTION97
2.0031-2.03590.23461330.20242671X-RAY DIFFRACTION97
2.0359-2.07110.25221350.1992655X-RAY DIFFRACTION97
2.0711-2.10870.27351550.19422676X-RAY DIFFRACTION97
2.1087-2.14930.23621460.18312655X-RAY DIFFRACTION97
2.1493-2.19320.22071320.17412675X-RAY DIFFRACTION97
2.1932-2.24080.21121640.17492620X-RAY DIFFRACTION96
2.2408-2.2930.21481330.16952666X-RAY DIFFRACTION97
2.293-2.35030.25491290.16672661X-RAY DIFFRACTION96
2.3503-2.41390.19221640.16092628X-RAY DIFFRACTION96
2.4139-2.48490.18211250.15942675X-RAY DIFFRACTION96
2.4849-2.56510.23151260.16352658X-RAY DIFFRACTION96
2.5651-2.65680.22571450.15712649X-RAY DIFFRACTION96
2.6568-2.76320.17341410.15882628X-RAY DIFFRACTION95
2.7632-2.88890.20081510.15782650X-RAY DIFFRACTION95
2.8889-3.04120.19631590.15922617X-RAY DIFFRACTION95
3.0412-3.23180.1781420.15452625X-RAY DIFFRACTION94
3.2318-3.48130.18961250.15332632X-RAY DIFFRACTION94
3.4813-3.83160.16611430.14652614X-RAY DIFFRACTION93
3.8316-4.38590.18121200.12752643X-RAY DIFFRACTION93
4.3859-5.52530.16431410.13842602X-RAY DIFFRACTION91
5.5253-63.82630.18231460.16122628X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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