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万見
- PDB-5af0: MAEL domain from Bombyx mori Maelstrom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5af0
タイトルMAEL domain from Bombyx mori Maelstrom
要素MAELSTROM
キーワードUNKNOWN PROTEIN / MAEL / PIRNA / RIBONUCLEASE / FUSION PROTEIN / PIWI
機能・相同性
機能・相同性情報


multicellular organism development / regulation of miRNA-mediated gene silencing / piRNA processing / male meiotic nuclear division / P granule / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / meiotic cell cycle / spermatogenesis / sequence-specific DNA binding / cell differentiation ...multicellular organism development / regulation of miRNA-mediated gene silencing / piRNA processing / male meiotic nuclear division / P granule / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / meiotic cell cycle / spermatogenesis / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Maelstrom domain / Protein maelstrom / piRNA pathway germ-plasm component / HMG-box domain / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Maelstrom / HMG box domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種BOMBYX MORI (カイコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å
データ登録者Chen, K. / Campbell, E. / Pandey, R.R. / Yang, Z. / McCarthy, A.A. / Pillai, R.S.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2015
タイトル: Metazoan Maelstrom is an RNA-Binding Protein that Has Evolved from an Ancient Nuclease Active in Protists.
著者: Chen, K. / Campbell, E. / Pandey, R.R. / Yang, Z. / Mccarthy, A.A. / Pillai, R.S.
履歴
登録2015年1月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Database references
改定 1.22017年3月15日Group: Source and taxonomy
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAELSTROM
B: MAELSTROM
C: MAELSTROM
D: MAELSTROM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,6588
ポリマ－119,3964
非ポリマー2624
水63135
1
A: MAELSTROM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9142
ポリマ－29,8491
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MAELSTROM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9142
ポリマ－29,8491
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: MAELSTROM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9142
ポリマ－29,8491
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: MAELSTROM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9142
ポリマ－29,8491
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.370, 101.210, 101.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
MAELSTROM


分子量: 29848.975 Da / 分子数: 4 / 断片: MAEL DOMAIN, RESIDUES 78-159 AND 160-261 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOMBYX MORI (カイコ) / Cell: OVARIAN / 細胞株: BMN4 / プラスミド: PETM-11SUMO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: H9JFX7, UniProt: A0A0H5AXR2*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
解説: DATA COLLECTED USING THE OSCILLATION FINE SLICING METHOD.
結晶化pH: 7 / 詳細: 3.5M SODIUM FORMATE, PH=7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月23日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 58899 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
CRANK2位相決定
PHASER位相決定
PHENIXdev_1839精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.401→45.416 Å / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.13 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: THE FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED. MOLA IS MISSING 78-89, 281-284, AND 335-338. MOLB IS MISSING 78- 88, 280-284, AND 335-338. MOLC IS MISSING 78-86, 184-186, 260- 261, 281-285, AND 335- ...詳細: THE FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED. MOLA IS MISSING 78-89, 281-284, AND 335-338. MOLB IS MISSING 78- 88, 280-284, AND 335-338. MOLC IS MISSING 78-86, 184-186, 260- 261, 281-285, AND 335-338. MOLD IS MISSING 78-85, 184-189, 283- 285, AND 335-338.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2627 2928 5 %
Rwork0.2265 --
obs0.2305 58088 97.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.401→45.416 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7258 0 4 35 7297
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0127426
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.47610076
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3882623
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611165
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081310
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4016-2.4430.43151490.40152757X-RAY DIFFRACTION91
2.443-2.48730.40931460.38912753X-RAY DIFFRACTION92
2.4873-2.53510.41471340.37112725X-RAY DIFFRACTION92
2.5351-2.58680.40281320.37112722X-RAY DIFFRACTION92
2.5868-2.6430.37691240.35482700X-RAY DIFFRACTION92
2.643-2.70440.38251520.34662675X-RAY DIFFRACTION89
2.7044-2.7720.30311560.31492687X-RAY DIFFRACTION91
2.772-2.84690.33981140.29972773X-RAY DIFFRACTION93
2.8469-2.93050.33031410.28392775X-RAY DIFFRACTION92
2.9305-3.0250.27181240.27862767X-RAY DIFFRACTION93
3.025-3.13290.27581480.26722737X-RAY DIFFRACTION93
3.1329-3.25810.28421320.24362760X-RAY DIFFRACTION92
3.2581-3.4060.26091810.2322716X-RAY DIFFRACTION91
3.406-3.58510.26381590.21652777X-RAY DIFFRACTION93
3.5851-3.80910.25511490.19112759X-RAY DIFFRACTION93
3.8091-4.1020.20221380.1782812X-RAY DIFFRACTION94
4.102-4.51280.2061820.1662744X-RAY DIFFRACTION91
4.5128-5.1610.19661350.17172811X-RAY DIFFRACTION94
5.161-6.48440.25011400.18762840X-RAY DIFFRACTION94
6.4844-25.41140.21851340.18122871X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 110.6921 Å / Origin y: -2.9609 Å / Origin z: 71.1813 Å
111213212223313233
T0.4082 Å20.0054 Å20 Å2-0.0527 Å20.0094 Å2--0.4377 Å2
L0.6478 °20.036 °2-0.0429 °2-0.0161 °20.0615 °2--0.6148 °2
S-0.0848 Å °-0.0978 Å °0.0399 Å °-0.0192 Å °-0.0408 Å °0.0315 Å °0.031 Å °0.1384 Å °0.1019 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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