PDB-5aez: Crystal structure of Candida albicans Mep2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5aez

タイトル

Crystal structure of Candida albicans Mep2

要素

MEP2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / AMMONIUM TRANSPORTER

機能・相同性

機能・相同性情報

filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to starvation / ammonium transmembrane transport / ammonium channel activity / filamentous growth / cellular response to nitrogen starvation / cellular response to starvation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

CANDIDA ALBICANS (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Rutherford, J.C. / Chembath, A. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Mep2 Ammonium Transceptor Activation by Phosphorylation.
著者: Van Den Berg, B. / Chembath, A. / Jefferies, D. / Basle, A. / Khalid, S. / Rutherford, J.

履歴

登録	2015年1月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月4日	Group: Database references
改定 1.2	2016年5月11日	Group: Database references
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5aez.cif.gz	192.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5aez.ent.gz	155.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5aez.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5aez_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5aez_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5aez_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	5aez_validation.cif.gz	30.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/5aez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/5aez	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5aexSC 5af1C 5ah3C 5aidC 5fufC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ej6-1 5af1-2 6ejh-1 5af1-1 5ah3-1 5aex-1 5aex-2 5aex-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MEP2

ヘテロ分子

54.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MEP2

ヘテロ分子

A: MEP2

ヘテロ分子

A: MEP2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
163 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.880, 104.880, 160.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2065- HOH

#1: タンパク質

MEP2

分子量: 52789.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

CANDIDA ALBICANS (酵母) / 発現宿主:

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): W303 DELTA PEP4 / 参照: UniProt: Q59UP8

#2: 糖

ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₃₀O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 / 詳細: 0.04 M TRIS PH 8.0 0.04 M NACL 27% PEG350 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.47→43.7 Å / Num. obs: 112103 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 17.78 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 1.47→1.5 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5AEX

5aex

解像度: 1.47→43.702 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 14.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1499	5601	5 %
R_work	0.137	-	-
obs	0.1376	111840	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.47→43.702 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3484	0	80	274	3838

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3730
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.081	5090
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.214	1271
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	563
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	620

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.47-1.4867	0.2633	179	0.2283	3479	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4867-1.5042	0.2137	187	0.2154	3529	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5042-1.5226	0.1993	199	0.197	3607	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5226-1.5418	0.1958	190	0.188	3459	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5418-1.5621	0.1924	182	0.1767	3539	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5621-1.5835	0.1857	206	0.1718	3562	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5835-1.6061	0.184	167	0.1611	3511	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6061-1.6301	0.1659	182	0.1537	3541	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6301-1.6556	0.1655	173	0.1465	3574	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6556-1.6827	0.1615	165	0.1463	3629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6827-1.7118	0.1475	201	0.1476	3504	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7118-1.7429	0.1416	171	0.1436	3544	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7429-1.7764	0.1577	196	0.1382	3510	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7764-1.8127	0.1498	184	0.133	3575	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8127-1.8521	0.1411	178	0.1285	3533	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8521-1.8952	0.1367	171	0.1273	3579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8952-1.9426	0.1527	193	0.1332	3551	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9426-1.9951	0.164	192	0.1319	3523	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9951-2.0538	0.1427	177	0.1332	3576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0538-2.1201	0.1548	202	0.1336	3547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1201-2.1958	0.1481	206	0.1333	3531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1958-2.2838	0.1552	193	0.1269	3529	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2838-2.3877	0.1361	178	0.1312	3582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3877-2.5136	0.1451	198	0.1365	3492	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5136-2.671	0.1569	185	0.1334	3553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.671-2.8772	0.1357	184	0.1292	3560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8772-3.1667	0.138	203	0.1269	3511	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1667-3.6247	0.1356	184	0.1258	3556	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6247-4.566	0.1292	179	0.1277	3543	X-RAY DIFFRACTION	99
4.566-43.721	0.1673	196	0.1472	3510	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5758	-0.9086	0.2935	2.2615	-0.5679	0.2574	-0.0189	0.2176	0.1598	-0.314	-0.0218	-0.1406	-0.1836	0.0628	0.0428	0.287	-0.0159	0.0247	0.2097	0.0578	0.2054	-48.7028	48.6898	-45.7946
2	0.6508	0.0736	0.2437	0.5307	0.007	0.5913	-0.0015	0.0129	0.1087	-0.0086	0.0046	-0.0836	-0.1509	0.1601	-0.0046	0.149	-0.0318	0.0077	0.1586	-0.0039	0.1864	-38.1073	44.3747	-20.9229
3	0.5933	0.3974	0.088	0.9136	0.1554	0.7182	0.0188	-0.1537	0.0331	0.1773	-0.0018	-0.1493	-0.0309	0.2136	0.0103	0.1607	-0.0298	-0.0478	0.2739	-0.0182	0.2064	-27.7598	37.0738	-2.3118
4	0.5414	0.0858	0.0722	0.6512	0.0956	0.7659	0.0167	-0.0194	-0.0399	0.0381	0.0106	-0.1632	0.0425	0.2575	-0.0265	0.1087	0.008	-0.0096	0.2049	-0.0095	0.1919	-29.5637	28.0128	-18.3418
5	1.8271	0.5513	0.1367	0.4427	0.0931	1.0186	0.2853	-0.9772	0.2085	0.3801	-0.1856	-0.021	-0.2311	-0.0469	-0.0924	0.427	-0.1024	-0.0195	0.5203	-0.14	0.3353	-40.3648	52.2446	7.5437

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 25 THROUGH 183 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 184 THROUGH 221 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 222 THROUGH 407 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 408 THROUGH 455 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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