PDB-5aex: Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Mep2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5aex

タイトル

Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Mep2

要素

AMMONIUM TRANSPORTER MEP2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of filamentous growth of a population of unicellular organisms / pseudohyphal growth / nitrogen utilization / ammonium transmembrane transport / ammonium channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Rutherford, J.C. / Chembath, A. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Mep2 Ammonium Transceptor Activation by Phosphorylation.
著者: Van Den Berg, B. / Chembath, A. / Jefferies, D. / Basle, A. / Khalid, S. / Rutherford, J.

履歴

登録	2015年1月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月4日	Group: Database references
改定 1.2	2016年5月11日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5aex.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5aex.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5aex.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5aex_validation.pdf.gz	539.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5aex_full_validation.pdf.gz	603.1 KB	表示
XML形式データ	5aex_validation.xml.gz	131.4 KB	表示
CIF形式データ	5aex_validation.cif.gz	179.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/5aex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/5aex	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5aezC 5af1C 5ah3C 5aidC 5fufC 2b2jS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5af1-1 5af1-2 5ah3-1 5aez-1 6tfo-d 6tfd-d 1hg0-d 6eu6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AMMONIUM TRANSPORTER MEP2

B: AMMONIUM TRANSPORTER MEP2

C: AMMONIUM TRANSPORTER MEP2

D: AMMONIUM TRANSPORTER MEP2

E: AMMONIUM TRANSPORTER MEP2

F: AMMONIUM TRANSPORTER MEP2

H: AMMONIUM TRANSPORTER MEP2

I: AMMONIUM TRANSPORTER MEP2

J: AMMONIUM TRANSPORTER MEP2

ヘテロ分子

489 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AMMONIUM TRANSPORTER MEP2

B: AMMONIUM TRANSPORTER MEP2

C: AMMONIUM TRANSPORTER MEP2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
163 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: AMMONIUM TRANSPORTER MEP2

E: AMMONIUM TRANSPORTER MEP2

F: AMMONIUM TRANSPORTER MEP2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
163 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

H: AMMONIUM TRANSPORTER MEP2

I: AMMONIUM TRANSPORTER MEP2

J: AMMONIUM TRANSPORTER MEP2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
163 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.692, 232.350, 279.189
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	AMMONIUM TRANSPORTER MEP2 / MEP2 分子量: 54267.148 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 株: W303 DELTA PEP4 / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): W303 DELTA PEP4 / 参照: UniProt: P41948
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES PH 6.0, 0.2 M AMMONIUM PHOSPHATE DIBASIC 30% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→49 Å / Num. obs: 111848 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 90.77 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 3.2→3.25 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2B2J

2b2j

解像度: 3.2→49.276 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2409	2451	2.2 %
R_work	0.1894	-	-
obs	0.1905	111734	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.276 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30531	0	45	0	30576

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	31432
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.154	42855
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.308	10419
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	4800
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	5281

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.2616	0.3047	133	0.254	6047	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2616-3.3281	0.3282	125	0.2504	5984	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3281-3.4005	0.2995	141	0.239	6016	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4005-3.4796	0.2675	138	0.2162	5973	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4796-3.5665	0.273	134	0.2056	6030	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5665-3.6629	0.2831	132	0.2018	5999	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6629-3.7707	0.2371	139	0.1888	6029	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7707-3.8924	0.2357	131	0.18	6005	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8924-4.0314	0.2616	137	0.1781	6073	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0314-4.1927	0.2115	137	0.1649	6021	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1927-4.3834	0.2217	136	0.1601	6055	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3834-4.6144	0.2097	135	0.1537	6049	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6144-4.9033	0.2175	137	0.1642	6095	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9033-5.2814	0.2256	136	0.1677	6080	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2814-5.8122	0.2275	140	0.1833	6136	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8122-6.6515	0.2604	138	0.1927	6124	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6515-8.3735	0.1991	138	0.1844	6188	X-RAY DIFFRACTION	100
8.3735-49.2822	0.2616	144	0.2201	6379	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7808	0.2771	-0.1698	1.8207	-0.1169	2.2261	-0.0433	-0.0244	-0.0045	0.1169	0.022	-0.2642	0.0881	0.3138	0.0321	0.4858	0.0133	-0.073	0.6266	0.0158	0.5819	-29.272	-29.5151	50.4019
2	1.868	-0.4386	0.0817	2.3251	-0.3044	1.2325	-0.0214	-0.0801	-0.194	-0.0259	0.2731	0.6405	0.1477	-0.4342	-0.2244	0.5283	-0.0723	-0.0641	0.659	0.1301	0.7596	-60.6725	-40.7439	52.411
3	1.7308	-0.0287	-0.5219	2.4065	-0.0673	1.1567	-0.0289	0.4267	-0.3081	-0.9045	0.0237	0.3836	0.4713	-0.0512	-0.0146	0.9222	-0.0759	-0.1439	0.7372	-0.0588	0.6635	-41.6789	-48.9738	26.2288
4	1.7226	-0.3313	-0.0345	2.0611	-0.7574	2.0419	-0.0448	0.2008	0.0442	-0.1022	-0.1815	-0.7848	-0.1033	0.3182	0.179	0.4705	-0.0126	0.0172	0.586	0.0388	0.8453	-7.9296	-80.8404	77.9429
5	1.2084	0.2501	0.0461	2.2847	-0.639	2.0184	0.0083	0.3549	-0.0667	-0.8397	0.0294	0.0875	0.3704	0.031	-0.02	0.7542	0.0152	0.0281	0.692	-0.0827	0.6354	-25.7852	-100.0085	57.1382
6	1.2021	0.4382	-0.1869	2.0925	0.0637	1.8218	0.0148	0.0068	0.0429	-0.0105	0.0873	0.4479	-0.2202	-0.4004	-0.0712	0.4485	0.0669	0.0136	0.5771	0.0563	0.6772	-39.6291	-88.4878	85.3237
7	2.0571	0.2766	-0.541	2.2775	0.6504	1.3274	-0.3137	-0.5641	0.0686	0.607	0.2602	-0.4164	0.2002	0.4615	0.0583	0.9101	0.2224	-0.082	1.0354	-0.0418	0.6156	-46.1102	-118.0877	-3.0804
8	1.6394	0.0772	-0.7232	1.0541	-0.5481	2.0801	-0.37	-0.6686	-0.2329	0.7	0.0819	0.2924	0.1035	-0.4137	0.2186	1.2898	0.3002	0.2841	1.2532	0.0751	0.7818	-77.1287	-120.9871	8.9014
9	1.9039	-0.2972	-0.1956	1.3533	-0.505	1.8204	-0.4307	-0.6385	-0.8238	0.5444	0.1773	-0.0456	0.879	0.0287	0.1322	1.4783	0.2425	0.3414	1.0356	0.3725	1.2157	-58.914	-147.9304	2.4871

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 2 THROUGH 457)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN B AND RESID 2 THROUGH 457)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN C AND RESID 2 THROUGH 457)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN D AND RESID 3 THROUGH 457)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN E AND RESID 2 THROUGH 457)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN F AND RESID 2 THROUGH 457)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN H AND RESID 2 THROUGH 456)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN I AND RESID 3 THROUGH 454)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN J AND RESID 2 THROUGH 454)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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