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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ael | ||||||
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タイトル | T. Brucei Farnesyl Diphosphate Synthase Complexed with Bisphosphonate BPH-597 | ||||||
![]() | FARNESYL PYROPHOSPHATE SYNTHASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yang, G. / Oldfield, E. / No, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Inhibition of Trypanosoma Brucei Cell Growth by Lipophilic Bisphosphonates: An in Vitro and in Vivo Investigation. 著者: Yang, G. / Zhu, W. / Kim, K. / Byun, S.Y. / Choi, G. / Wang, K. / Cha, J.S. / Cho, H. / Oldfield, E. / No, J.H. #1: ![]() タイトル: Structures of a Potent Phenylalkyl Bisphosphonate Inhibitor Bound to Farnesyl and Geranylgeranyl Diphosphate Synthases. 著者: Cao, R. / Chen, C.K. / Guo, R. / Wang, A.H. / Oldfield, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 158.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 125.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 884.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 894.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42015.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q86C09, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.76 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.75 詳細: 6% MPD, 0.1 AMMONIUM ACETATE, PH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→85.49 Å / Num. obs: 25663 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.61→2.66 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 16.8 / % possible all: 98.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2P1C 解像度: 2.6→85.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 9.819 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.808 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.813 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→85.49 Å
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拘束条件 |
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