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- PDB-5aeg: A bacterial protein structure in glycoside hydrolase family 31. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aeg
タイトルA bacterial protein structure in glycoside hydrolase family 31.
要素ALPHA-GLUCOSIDASE YIHQ
キーワードHYDROLASE / GH31 / ALPHA-SULFOQUINOVOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfoquinovosidase / sulfoquinovosidase activity / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process to glycerone phosphate and 3-sulfolactaldehyde / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Sulfoquinovosidase YihQ-like / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II ...: / Sulfoquinovosidase YihQ-like / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-fluoro-alpha-L-idopyranose / Sulfoquinovosidase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Jin, Y. / Speciale, G. / Davies, G.J. / Williams, S.J. / Goddard-Borger, E.D.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Yihq is a Sulfoquinovosidase that Cleaves Sulfoquinovosyl Diacylglyceride Sulfolipids.
著者: Speciale, G. / Jin, Y. / Davies, G.J. / Williams, S.J. / Goddard-Borger, E.D.
履歴
登録2015年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22016年3月30日Group: Database references
改定 1.32016年12月14日Group: Structure summary
改定 1.42019年5月22日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-GLUCOSIDASE YIHQ
B: ALPHA-GLUCOSIDASE YIHQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,59211
ポリマ－156,8482
非ポリマー7449
水13,043724
1
A: ALPHA-GLUCOSIDASE YIHQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7766
ポリマ－78,4241
非ポリマー3525
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ALPHA-GLUCOSIDASE YIHQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8165
ポリマ－78,4241
非ポリマー3924
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.665, 112.643, 111.881
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 ALPHA-GLUCOSIDASE YIHQ / ALPHA-SULFOQUINOVOSIDASE


分子量: 78423.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32138, alpha-glucosidase
#5: 糖 ChemComp-B9D / 5-fluoro-alpha-L-idopyranose / (2R,3R,4R,5S,6R)-6-fluoranyl-6-(hydroxymethyl)oxane-2,3,4,5-tetrol / 5-fluoro-alpha-L-idose / 5-fluoro-L-idose / 5-fluoro-idose


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 198.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H11FO6

-
非ポリマー , 4種, 732分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 724 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: 25 MG ML-1 YIHQ PROTEIN STOCK IS MIXED WITH EQUAL VOLUME OF PRECIPITANT COMPOSED OF 50-60% (V/V) 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, 0.1-0.15 M CACL2, AND BIS-TRIS, (PH 6.5) AFTER 3-4 DAYS AT 20 DEGREE. ...詳細: 25 MG ML-1 YIHQ PROTEIN STOCK IS MIXED WITH EQUAL VOLUME OF PRECIPITANT COMPOSED OF 50-60% (V/V) 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, 0.1-0.15 M CACL2, AND BIS-TRIS, (PH 6.5) AFTER 3-4 DAYS AT 20 DEGREE. THE LIGAND I5F WAS SOAKED INTO THE NATIVE CRYSTAL.

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→49.68 Å / Num. obs: 154198 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0095精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5AED

5aed


解像度: 1.85→105.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.877 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 14-17 IN CHAIN A ARE DISORDERED DISORDERED REGIONS WERE NOT MODELED IN.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19337 7578 4.9 %RANDOM
Rwork0.16026 ---
obs0.16189 146377 98.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.762 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7 Å20 Å20.91 Å2
2---2.36 Å20 Å2
3---2.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→105.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10757 0 41 724 11522
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.01911125
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0210054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8581.9315128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.077323122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.25951338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.1224.304560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.556151759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5341550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.21563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212758
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022762
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2313.3585349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2293.3575348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1645.0186682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9863.7095776
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 555 -
Rwork0.318 10430 -
obs--94.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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