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- PDB-5ac0: ovis aries Aldehyde Dehydrogenase 1A1 in complex with a duocarmyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ac0
タイトルovis aries Aldehyde Dehydrogenase 1A1 in complex with a duocarmycin analog
要素RETINAL DEHYDROGENASE 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALDEHYDE DEHYDROGENASE ACTIVITY / OXIDATION-REDUCTION PROCESS
機能・相同性
機能・相同性情報


fructosamine catabolic process / 3-deoxyglucosone dehydrogenase activity / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) / acetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / retinal dehydrogenase / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / aminobutyraldehyde dehydrogenase / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / maintenance of lens transparency ...fructosamine catabolic process / 3-deoxyglucosone dehydrogenase activity / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) / acetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / retinal dehydrogenase / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / aminobutyraldehyde dehydrogenase / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / maintenance of lens transparency / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / cellular detoxification of aldehyde / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / retinal dehydrogenase (NAD+) activity / retinol metabolic process / retinoid metabolic process / NAD binding / axon / synapse / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K9P / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Aldehyde dehydrogenase 1A1
類似検索 - 構成要素
生物種OVIS ARIES (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Koch, M.F. / Harteis, S. / Blank, I.D. / Pestel, G. / Tietze, L.F. / Ochsenfeld, C. / Schneider, S. / Sieber, S.A.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Structural, Biochemical, and Computational Studies Reveal the Mechanism of Selective Aldehyde Dehydrogenase 1A1 Inhibition by Cytotoxic Duocarmycin Analogues.
著者: Koch, M.F. / Harteis, S. / Blank, I.D. / Pestel, G. / Tietze, L.F. / Ochsenfeld, C. / Schneider, S. / Sieber, S.A.
履歴
登録2015年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references
改定 1.22015年11月18日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RETINAL DEHYDROGENASE 1
B: RETINAL DEHYDROGENASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7418
ポリマ－109,7712
非ポリマー1,9706
水12,574698
1
A: RETINAL DEHYDROGENASE 1
B: RETINAL DEHYDROGENASE 1
ヘテロ分子

A: RETINAL DEHYDROGENASE 1
B: RETINAL DEHYDROGENASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,48316
ポリマ－219,5424
非ポリマー3,94012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area25840 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area57160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.556, 150.644, 80.677
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.7422, -0.6702, 0.001128), (-0.6702, -0.7421, -0.006038), (0.004884, 0.003725, -1)
ベクター: 0.02233, -0.07413, -46.68)

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要素

#1: タンパク質 RETINAL DEHYDROGENASE 1 / ALDEHYDE DEHYDROGENASE 1A1 / RALDH 1 / RALDH1 / ALDH-E1 / ALDHII / ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 1 ...ALDEHYDE DEHYDROGENASE 1A1 / RALDH 1 / RALDH1 / ALDH-E1 / ALDHII / ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 1 MEMBER A1 / ALDEHYDE DEHYDROGENASE CYTOSOLIC


分子量: 54885.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) OVIS ARIES (ヒツジ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P51977, retinal dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-K9P / 1-[(1S)-1-methyl-5-oxidanyl-1,2-dihydrobenzo[e]indol-3-yl]hexan-1-one


分子量: 297.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23NO2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 698 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.9 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50.2 Å / Num. obs: 90805 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 10.56 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.12
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.02 / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4X4L

4x4l


解像度: 1.9→50.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.401 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19668 4525 5 %RANDOM
Rwork0.15343 ---
obs0.15561 85923 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.631 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.52 Å20 Å20 Å2
2---1.44 Å20 Å2
3----2.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7608 0 134 698 8440
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0198089
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8871.97410980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.893317714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.70451026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.94124.696345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.114151380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8861538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.21186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0219358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021822
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9292.3184020
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9292.3194021
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5293.4635046
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1742.674069
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 332 -
Rwork0.26 6311 -
obs--99.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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