PDB-5abt: S.enterica HisA mutant D7N, G102A, V106M, D176A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5abt

タイトル

S.enterica HisA mutant D7N, G102A, V106M, D176A

要素

1-(5-PHOSPHORIBOSYL)-5-[(5-PHOSPHORIBOSYLAMINO) METHYLIDENE AMINO] IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE ISOMERASE

キーワード

ISOMERASE / PROTEIN EVOLUTION / IAD MODEL / TRPF

機能・相同性

機能・相同性情報

1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity / L-histidine biosynthetic process / tryptophan biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

SALMONELLA ENTERICA (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Guo, X. / Soderholm, A. / Newton, M. / Nasvall, J. / Andersson, D. / Patrick, W. / Selmer, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Protein Structures, Functions and Dynamics of Adaptive Evolution
著者: Newton, M. / Guo, X. / Soderholm, A. / Nasvall, J. / Andersson, D. / Patrick, W. / Selmer, M.

履歴

登録	2015年8月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5abt.cif.gz	115 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5abt.ent.gz	90.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5abt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5abt_validation.pdf.gz	707 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5abt_full_validation.pdf.gz	708 KB	表示
XML形式データ	5abt_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	5abt_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/5abt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/5abt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ac6C 5a5wS 5ac7 5ac8 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4x9s-d 3oum-d 5ab3-2 3zs4-d 3cql-2 4xav-3 6pq0-d 1h5y-2 6pks-d 2y85-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 1-(5-PHOSPHORIBOSYL)-5-[(5-PHOSPHORIBOSYLAMINO) METHYLIDENE AMINO] IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE ISOMERASE

ヘテロ分子

27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.555, 46.555, 196.378
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	1-(5-PHOSPHORIBOSYL)-5-[(5-PHOSPHORIBOSYLAMINO) METHYLIDENE AMINO] IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE ISOMERASE / PHOSPHORIBOSYLFORMIMINO-5-AMINOIMIDAZOLE CARBOXAMIDE RIBOTIDE ISOMERASE / HISA 分子量: 27133.023 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SALMONELLA ENTERICA (サルモネラ菌) プラスミド: PEXP5-CT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: V7IJE3, UniProt: P10372*PLUS, 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase
#2: 化合物	ChemComp-GUO / [(2R,3S,4R,5R)-5-[4-aminocarbonyl-5-[(E)-[[(2R,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]amino]methylideneamino]imidazol-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate / 1-(5-O-ホスホノ-β-D-リボフラノシル)-5-[[[(5-O-ホスホノ-β-D-リボフラノシル)アミノ]メチレ(以下略) 分子量: 577.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₅N₅O₁₅P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: MORPHEUS SCREEN H9, pH 8.5

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 112168 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 2.05 / 冗長度: 2.55 % / B_iso Wilson estimate: 19.33 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.64
反射シェル	解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 2.56 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5A5W

5a5w

解像度: 1.65→40.318 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.27 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 247-253 ARE DISORDERED. K246 IS REPLACED BY ALANINE DUE TO POOR DENSITY

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1874	1464	4.8 %
R_work	0.1645	-	-
obs	0.1656	30686	99.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→40.318 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1841	0	37	226	2104

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1968
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.44	2693
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.79	772
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	321
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	350

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6498-1.7088	0.2101	176	0.1914	2781	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7088-1.7772	0.2517	137	0.1779	2840	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7772-1.8581	0.2082	134	0.1717	2893	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8581-1.956	0.1964	156	0.1707	2856	X-RAY DIFFRACTION	99
1.956-2.0786	0.2196	135	0.1702	2861	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0786-2.2391	0.2018	152	0.1699	2933	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2391-2.4644	0.1988	111	0.1664	2950	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4644-2.8209	0.177	130	0.1746	2942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8209-3.5537	0.188	159	0.1728	3006	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5537-40.3298	0.1624	174	0.1446	3160	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7964	5.8222	-4.7045	6.817	-7.0504	8.3308	0.0182	-0.0751	-0.2074	0.3524	0.2954	0.408	-0.2545	-0.3699	-0.2939	0.1349	0.0078	0.0216	0.1909	0.0732	0.1942	-12.598	17.2877	-19.4843
2	4.9881	-2.3007	-0.5761	3.071	0.8974	2.9663	-0.0326	0.2946	0.2336	-0.1662	0.0036	-0.1222	-0.1184	0.1372	0.0084	0.1152	-0.0323	0.0222	0.1758	0.0401	0.1333	0.7406	23.6191	-28.5125
3	2.4363	-1.6838	0.3543	1.1637	-0.1009	2.991	-0.407	0.6751	0.0487	-0.2621	0.2046	-0.1286	0.0453	0.2929	0.2058	0.2449	-0.0796	0.006	0.3473	0.0712	0.2063	-2.7802	22.4904	-34.158
4	3.385	-0.3154	1.6718	2.691	0.1195	3.3422	-0.0876	0.2685	0.2188	-0.0991	0.116	0.2587	-0.1855	-0.3755	-0.0025	0.1275	0.0331	-0.0631	0.2611	0.0396	0.2374	-15.7091	25.8382	-28.3038
5	6.6587	3.2661	1.238	4.3813	0.7213	2.2517	0.0979	-0.1715	0.2859	0.158	0.0144	0.2716	-0.2537	-0.3242	0.1481	0.0752	0.0351	-0.008	0.1575	0.0279	0.1486	-9.0031	23.9985	-20.2387
6	5.5107	1.2022	1.2564	3.2973	-0.0663	3.1832	-0.207	-0.0914	0.7134	-0.0328	0.0796	0.0727	-0.5827	-0.1942	0.081	0.2328	0.0491	-0.0337	0.1657	-0.009	0.1896	-6.6057	34.2317	-20.0583
7	3.6982	2.2094	-0.4381	4.6762	0.9192	3.0509	-0.0104	-0.3619	0.2428	0.4221	0.0345	0.2104	-0.2346	-0.2832	0.0453	0.1756	0.0637	-0.0114	0.2096	-0.0046	0.1293	-7.374	28.7372	-12.6313
8	9.7491	-1.9936	-2.6579	7.7233	-4.0257	4.1882	-0.4728	-0.9386	0.9614	0.5733	0.0847	-0.0209	-0.9091	-0.0187	-0.1678	0.3355	0.1548	-0.0125	0.2738	-0.1156	0.1962	-7.9706	35.2111	-8.5883
9	4.9542	-0.7241	0.8317	3.6336	-0.271	3.1436	-0.0707	-0.3224	-0.1455	0.1404	0.1446	0.0792	-0.1794	-0.0953	-0.0389	0.1576	0.0521	-0.0173	0.2083	-0.0228	0.108	-2.6342	25.7323	-9.3872
10	4.6048	-0.3851	-2.3811	4.029	1.839	2.1007	-0.0629	-0.8318	0.2097	0.3338	0.0813	-0.0865	-0.4298	0.0006	-0.0538	0.3064	0.1116	-0.0453	0.4493	-0.0893	0.1571	0.3587	28.46	-0.377
11	5.556	-6.5907	-5.4613	8.2564	6.474	6.272	-0.1799	-0.3334	-0.0703	0.3251	0.0732	0.0739	0.0744	-0.0659	0.1044	0.1406	0.0607	-0.0078	0.2814	0.0345	0.1469	-0.7675	18.7605	-9.7071
12	2.7453	-1.174	2.6115	9.5802	-1.9555	2.5669	0.2313	0.1212	-0.332	-0.5614	-0.0108	-0.6312	0.6713	0.9182	-0.0573	0.2378	0.1215	-0.0323	0.3766	0.0193	0.2826	12.7353	7.9842	-13.1685
13	1.1369	-0.6236	0.5395	1.5939	-0.8995	5.2597	-0.16	-0.3724	-0.025	0.2324	0.1422	-0.17	0.0175	0.2134	0.0454	0.1589	0.0484	-0.04	0.266	0.0162	0.159	5.4616	18.5499	-7.3168
14	2.1719	0.0741	0.4064	0.9695	0.2692	4.7611	0.0288	-0.159	-0.2869	0.0144	0.1529	0.0005	0.1995	-0.0192	-0.0641	0.1152	0.0204	0.0059	0.1593	0.0392	0.1727	-0.602	11.254	-19.1553
15	3.1164	-0.081	-0.4377	3.1449	-2.4151	2.086	-0.2005	-0.6361	-1.0674	-0.0438	0.2556	0.2218	0.8118	0.082	-0.1301	0.2746	0.0366	0.0241	0.2298	0.1657	0.4466	-0.7039	4.2498	-12.0063
16	1.8735	-0.5349	0.1069	1.2143	-0.4825	4.0837	0.0642	-0.3983	-0.6771	0.1467	0.1866	0.1627	0.2883	-0.1231	-0.1527	0.1661	-0.002	0.0037	0.2286	0.1345	0.2658	-5.5934	7.9576	-12.8596
17	2.1804	-0.1467	1.2656	3.4522	-1.4824	7.2336	0.0318	-0.1328	-0.5778	0.2239	0.1733	0.2417	0.3223	-0.3462	0.0954	0.1061	-0.0299	0.0146	0.1802	0.0724	0.2322	-9.4489	10.2079	-19.1585
18	5.0333	1.4452	4.4651	7.479	1.5985	3.9657	-0.1364	0.4997	-0.7228	-0.1908	0.101	0.0604	0.381	-0.2916	-0.1575	0.1336	-0.0222	-0.0431	0.2017	-0.0221	0.2317	-13.1786	12.1541	-30.3439
19	7.2851	0.4652	2.6201	4.5238	1.2548	6.0519	0.0227	-0.2127	-0.9585	-0.2241	0.4426	1.3549	0.5703	-0.7756	-0.1948	0.1491	-0.1317	-0.0311	0.4152	0.1154	0.4633	-19.8782	8.4837	-23.4364
20	3.3543	-3.4168	0.8546	5.6869	-4.6094	6.6307	0.0055	0.7086	0.8919	-0.7599	0.6352	1.9283	0.2287	-1.3043	-0.4924	0.3945	-0.1332	-0.0361	0.3298	0.0919	0.4766	-18.3369	4.7013	-16.241

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:6)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 7:23)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 24:27)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 28:40)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 41:54)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 55:72)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 73:85)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 86:94)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 95:106)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 107:119)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 120:132)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 133:139)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 140:166)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 167:184)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 185:189)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 190:213)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN A AND RESID 214:229)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN A AND RESID 230:235)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN A AND RESID 236:241)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN A AND RESID 242:246)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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