PDB-5abg: Structure of GH84 with ligand

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5abg

タイトル

Structure of GH84 with ligand

要素

O-GLCNACASE BT_4395

キーワード

HYDROLASE / GH84 GLYCOSIDE HYDROLASE / TIM-BARREL / INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

protein O-GlcNAcase / : / : / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / protein deglycosylation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2 Å

データ登録者

Bergeron-Brlek, M. / Goodwin-Tindall, J. / Cekic, N. / Varghese, V. / Zandberg, W.F. / Shan, X. / Roth, C. / Chan, S. / Davies, G.J. / Vocadlo, D.J. / Britton, R.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors.
著者: Bergeron-Brlek, M. / Goodwin-Tindall, J. / Cekic, N. / Roth, C. / Zandberg, W.F. / Shan, X. / Varghese, V. / Chan, S. / Davies, G.J. / Vocadlo, D.J. / Britton, R.

履歴

登録	2015年8月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月25日	Group: Structure summary
改定 1.2	2016年1月27日	Group: Database references
改定 2.0	2019年10月23日	Group: Atomic model / Data collection / Other / カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5abg.cif.gz	785 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5abg.ent.gz	668 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5abg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5abg_validation.pdf.gz	999 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5abg_full_validation.pdf.gz	1009 KB	表示
XML形式データ	5abg_validation.xml.gz	47.1 KB	表示
CIF形式データ	5abg_validation.cif.gz	65.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/5abg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/5abg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5abeC 5abfC 5abhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5abe-1 5fl0-1 5abf-2 4ur9-1 2x0h-2 2chn-2 2cho-2 5abh-1 2chn-1 5mi7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: O-GLCNACASE BT_4395

B: O-GLCNACASE BT_4395

ヘテロ分子

168 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: O-GLCNACASE BT_4395

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: O-GLCNACASE BT_4395

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.531, 161.184, 223.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	O-GLCNACASE BT_4395 / GLYCOSIDE HYDROLASE / BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / BETA- ...GLYCOSIDE HYDROLASE / BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / BETA-HEXOSAMINIDASE / HEXOSAMINIDASE B / N-ACETYL-BETA-GLUCOSAMINIDASE 分子量: 83507.398 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 22-737 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD 参照: UniProt: Q89ZI2, protein O-GlcNAcase, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-V0N / 2-[(2R,3S,4R,5R)-1-[3-(4-fluorophenyl)propyl]-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)pyrrolidin-2-yl]-N-methyl-ethanamide / (2R)-1-[3-(4-フルオロフェニル)プロピル]-3α,4α-ジヒドロキシ-5β-(ヒドロキシメチル)-N-メチ(以下略) 分子量: 340.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₅FN₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.9 % / 解説: NONE

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→49.08 Å / Num. obs: 126740 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 35.63 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2→48.442 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2354	12009	5 %
R_work	0.2045	-	-
obs	0.2061	126463	98.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→48.442 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10759	0	57	292	11108

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	11098
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.776	15023
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.456	4193
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	1600
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1939

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.4453	393	0.3794	7559	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0227-2.0465	0.4006	438	0.367	7711	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0465-2.0715	0.4195	417	0.3584	7660	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0715-2.0977	0.3339	413	0.3481	7521	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0977-2.1253	0.3193	354	0.3206	7817	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1253-2.1544	0.364	388	0.3093	7654	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1544-2.1852	0.2987	372	0.2961	7621	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1852-2.2178	0.2963	399	0.2885	7688	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2178-2.2525	0.3481	363	0.2827	7730	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2525-2.2894	0.2835	389	0.2672	7549	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2894-2.3289	0.2917	404	0.2552	7714	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3289-2.3712	0.2905	421	0.2451	7636	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3712-2.4168	0.3047	403	0.2438	7630	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4168-2.4662	0.3102	399	0.2509	7689	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4662-2.5198	0.2346	397	0.2221	7640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5198-2.5784	0.2461	356	0.2119	7736	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5784-2.6429	0.2766	359	0.2114	7628	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6429-2.7143	0.2187	359	0.2123	7760	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7143-2.7942	0.2799	365	0.2019	7595	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7942-2.8844	0.2421	433	0.1977	7641	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8844-2.9874	0.2577	433	0.199	7592	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9874-3.107	0.2566	403	0.2182	7586	X-RAY DIFFRACTION	99
3.107-3.2484	0.2734	410	0.2134	7658	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2484-3.4196	0.2297	418	0.1998	7519	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4196-3.6338	0.2305	442	0.1901	7529	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6338-3.9143	0.2043	390	0.1774	7531	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9143-4.308	0.1867	438	0.1636	7464	X-RAY DIFFRACTION	97
4.308-4.9308	0.1594	398	0.1466	7466	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9308-6.2102	0.2029	451	0.1643	7483	X-RAY DIFFRACTION	97
6.2102-48.4558	0.1911	404	0.1712	7419	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9043	1.4599	0.079	5.1833	0.6556	1.9129	-0.342	0.6083	-0.5302	-0.6023	0.4587	0.3916	0.6641	-0.4971	-0.0774	0.8244	-0.2948	-0.0615	0.8774	-0.0079	0.485	16.6547	22.4844	223.1711
2	1.551	0.7679	0.509	2.6464	0.5044	2.5874	-0.3389	0.9427	-0.3322	-0.8007	0.4753	0.1807	0.4079	-0.6564	-0.0598	0.6823	-0.2793	-0.0107	0.9779	-0.0405	0.5065	19.3822	28.4091	223.2608
3	2.0859	0.3852	-0.5047	1.3413	-0.5139	1.777	-0.0194	0.3215	0.2014	0.0077	0.142	0.0498	-0.0983	-0.1925	-0.1375	0.3598	0.0167	-0.0053	0.4656	0.0867	0.3451	30.7621	46.9485	239.2231
4	1.7116	0.0671	-0.8364	0.4479	0.7348	2.2046	0.0291	-0.0146	0.0617	0.0767	-0.0619	0.1756	0.0083	-0.7997	0.0801	0.4092	0.0162	0.0005	0.7451	0.1405	0.3934	6.0147	36.5138	264.3781
5	6.2719	0.0226	-1.3975	0.4355	0.2518	0.4532	-0.0014	-0.7491	0.5734	0.1703	0.0948	-0.0116	-0.232	-0.3045	-0.1017	0.5334	0.1004	0.0012	0.6845	0.0456	0.431	11.9169	46.6382	274.9702
6	2.2447	1.3511	2.663	1.018	2.051	5.7839	-0.4795	-0.1328	0.3352	-0.3184	-0.1206	-0.2359	-1.3861	-0.6613	0.5159	0.9394	0.2051	-0.1814	0.6455	0.0244	0.6956	29.9974	53.6829	283.5515
7	1.7239	-0.2073	-0.5622	2.1055	1.7357	4.2182	0.033	-0.3847	0.3507	0.0639	0.0006	0.0263	-0.3818	0.011	-0.0199	0.3927	-0.02	-0.0038	0.4111	-0.0812	0.3891	18.0822	26.7935	316.6362
8	3.6692	0.3941	-0.1974	1.3885	0.0716	2.0768	-0.09	-0.0603	-0.3743	0.0069	0.0403	-0.3282	0.2293	0.2103	0.0471	0.3465	-0.0346	0.0226	0.2533	-0.03	0.4018	39.9982	9.0151	302.0122
9	1.9087	0.1578	-0.0512	1.0422	-0.6573	2.2832	-0.1457	-0.0254	-0.7281	-0.0593	0.091	-0.2024	0.498	-0.2595	-0.0194	0.5264	-0.0793	0.0276	0.2407	-0.0203	0.6182	25.4891	-4.0747	301.2278
10	1.0843	-0.2057	0.5076	0.6851	-0.2008	2.3065	-0.0306	0.3315	-0.0843	-0.2573	0.1394	0.1268	0.2603	-0.4821	-0.0901	0.4643	-0.1736	-0.0212	0.564	0.0282	0.3906	9.2883	13.4451	278.6286
11	3.5055	-0.9514	-0.2301	8.7794	-1.7258	6.7949	0.0878	0.4351	0.0581	-0.7941	-0.1121	-1.0649	0.3849	0.7203	0.0486	0.9121	-0.0211	0.0811	0.9994	-0.1197	0.6844	29.7791	-1.0132	255.0755

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 4 THROUGH 44 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 45 THROUGH 142 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 143 THROUGH 410 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 411 THROUGH 544 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 545 THROUGH 616 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 617 THROUGH 715 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 2 THROUGH 142 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 143 THROUGH 278 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 279 THROUGH 348 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 349 THROUGH 616 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 617 THROUGH 715 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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