PDB-5abf: Structure of GH84 with ligand

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5abf

タイトル

Structure of GH84 with ligand

要素

(O-GLCNACASE BT_4395) x 2

キーワード

HYDROLASE / TIM-BARREL / INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

protein O-GlcNAcase / protein deglycosylation / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Bergeron-Brlek, M. / Goodwin-Tindall, J. / Cekic, N. / Varghese, V. / Zandberg, W.F. / Shan, X. / Roth, C. / Chan, S. / Davies, G.J. / Vocadlo, D.J. / Britton, R.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors.
著者: Bergeron-Brlek, M. / Goodwin-Tindall, J. / Cekic, N. / Roth, C. / Zandberg, W.F. / Shan, X. / Varghese, V. / Chan, S. / Davies, G.J. / Vocadlo, D.J. / Britton, R.

履歴

登録	2015年8月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月25日	Group: Structure summary
改定 1.2	2016年1月27日	Group: Database references
改定 2.0	2019年10月23日	Group: Atomic model / Data collection / Other / カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5abf.cif.gz	782.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5abf.ent.gz	665.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5abf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/5abf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/5abf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5abeC 5abgC 5abhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5abe-1 5abh-1 5abg-2 5fl0-1 2chn-1 2xm1-1 2cho-2 5abg-1 5fl1-2 5mi4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: O-GLCNACASE BT_4395

B: O-GLCNACASE BT_4395

ヘテロ分子

168 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: O-GLCNACASE BT_4395

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: O-GLCNACASE BT_4395

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.591, 160.989, 223.951
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	O-GLCNACASE BT_4395 / BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / BETA-HEXOSAMINIDASE / HEXOSAMINIDASE B ...BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / BETA-HEXOSAMINIDASE / HEXOSAMINIDASE B / N-ACETYL-BETA-GLUCOSAMINIDASE / GLYCOSIDE HYDROLASE 分子量: 83507.398 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 22-737 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q89ZI2, protein O-GlcNAcase
#2: タンパク質	O-GLCNACASE BT_4395 / BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / BETA-HEXOSAMINIDASE / HEXOSAMINIDASE B ...BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / BETA-HEXOSAMINIDASE / HEXOSAMINIDASE B / N-ACETYL-BETA-GLUCOSAMINIDA GLUCOSAMINIDASE / GLYCOSIDE HYDROLASE 分子量: 83521.422 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 22-737 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q89ZI2, protein O-GlcNAcase

#1: タンパク質

O-GLCNACASE BT_4395 / BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / BETA-HEXOSAMINIDASE / HEXOSAMINIDASE B ...

分子量: 83507.398 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 22-737 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q89ZI2, protein O-GlcNAcase

#2: タンパク質

O-GLCNACASE BT_4395 / BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / BETA-HEXOSAMINIDASE / HEXOSAMINIDASE B ...

分子量: 83521.422 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 22-737 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q89ZI2, protein O-GlcNAcase

-
非ポリマー , 4種, 323分子

#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-XRJ / 2-[(2S,3R,4R,5R)-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)-1-pentyl-pyrrolidin-2-yl]-N-methyl-ethanamide 分子量: 274.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₆N₂O₄
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.3 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.00392
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00392 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→80.49 Å / Num. obs: 110156 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 39.22 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→54.735 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2344	10409	5 %
R_work	0.206	-	-
obs	0.2074	109935	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→54.735 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10660	0	47	318	11025

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	11037
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.784	14949
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.955	4180
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	1594
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1932

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1239	0.3919	313	0.4174	6754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1239-2.1489	0.4225	331	0.4054	6742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1489-2.1751	0.4128	321	0.3803	6581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1751-2.2026	0.3237	322	0.3713	6608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2026-2.2316	0.3964	334	0.3386	6740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2316-2.2622	0.3338	324	0.3334	6637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2622-2.2945	0.3424	355	0.3191	6537	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2945-2.3287	0.3454	347	0.3009	6732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3287-2.3651	0.3249	355	0.2807	6585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3651-2.4039	0.3225	381	0.2789	6565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4039-2.4453	0.2974	351	0.272	6757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4453-2.4898	0.2961	341	0.2602	6605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4898-2.5377	0.2408	306	0.2424	6648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5377-2.5895	0.2586	313	0.232	6771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5895-2.6458	0.2671	320	0.2327	6588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6458-2.7073	0.2219	307	0.2273	6737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7073-2.775	0.2562	331	0.2202	6626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.775-2.8501	0.26	362	0.2074	6646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8501-2.9339	0.2615	355	0.2086	6611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9339-3.0286	0.2557	386	0.2081	6676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0286-3.1369	0.2458	320	0.2212	6631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1369-3.2624	0.268	377	0.2178	6658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2624-3.4109	0.2407	374	0.2022	6632	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4109-3.5907	0.2133	365	0.1894	6612	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5907-3.8156	0.2034	354	0.1821	6622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8156-4.1101	0.198	380	0.1687	6654	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1101-4.5236	0.1835	366	0.1461	6629	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5236-5.1777	0.1702	383	0.1386	6681	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1777-6.5217	0.2123	395	0.1679	6604	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5217-54.7539	0.201	340	0.1786	6621	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7151	0.2077	0.1576	2.3924	-0.0971	2.3066	-0.2511	0.8021	-0.4646	-0.784	0.3359	0.2443	0.6597	-0.5066	-0.0513	0.7148	-0.2787	-0.0257	1.0922	-0.0846	0.5075	18.6063	26.7399	223.1977
2	1.8778	0.2459	-0.6856	1.3695	-0.4632	1.9	-0.0179	0.2248	0.0984	-0.0737	0.0265	-0.1537	-0.1339	0.1486	-0.0291	0.3102	-0.0081	-0.0279	0.624	0.0595	0.3136	38.6274	47.3476	238.0906
3	1.2755	0.5141	-0.359	0.366	-0.2369	1.3475	0.0263	0.1985	0.2082	0.0899	0.1277	0.2028	-0.1367	-0.6752	-0.1729	0.3827	0.0621	0.0016	0.837	0.1183	0.3983	11.8245	42.9355	248.5606
4	1.7305	0.1813	-1.0348	0.9406	0.251	2.778	0.0704	-0.4019	0.1005	0.2388	-0.0666	0.1765	-0.1064	-0.5908	-0.0671	0.4395	0.0082	-0.0071	0.8487	0.1286	0.3643	8.9015	34.2598	271.7171
5	2.1744	0.4013	-0.5164	0.7119	0.3294	1.1222	0.1245	-0.0991	0.339	0.1682	-0.0571	0.1161	-0.3189	-0.5246	-0.0507	0.4516	0.1068	0.0393	0.821	0.1027	0.3435	8.8574	44.4804	270.0346
6	2.8589	-0.5179	-0.8149	1.0548	-0.3951	1.5033	0.0127	-0.6079	0.2677	0.1291	-0.0742	-0.0161	-0.5095	-0.6042	0.2	0.6705	0.152	-0.0438	1.04	-0.146	0.5596	15.3671	49.0006	280.0594
7	3.5162	-0.7052	-0.7318	2.0521	-1.1571	5.0335	-0.4787	-1.1679	0.8729	0.368	-0.1616	-0.3836	-1.1424	0.1716	0.4748	1.0073	0.087	-0.3251	0.9565	-0.1555	0.8201	31.1489	53.8637	285.0167
8	0.7852	-0.7118	-0.397	2.0045	0.9723	1.0735	-0.1006	-0.404	0.3576	-0.0048	-0.0166	0.1692	-0.4164	-0.0946	0.132	0.4996	-0.0151	0.0012	0.6551	-0.1031	0.4137	12.7814	29.9605	317.002
9	3.1397	0.3152	0.4582	3.1107	0.8884	3.6666	0.089	-0.3332	0.3464	0.286	-0.0621	0.023	-0.4548	0.0123	-0.0524	0.4688	0.0119	0.0101	0.7298	-0.1387	0.3548	19.5914	29.5448	322.5013
10	2.4129	-0.5578	-1.0199	1.8905	1.3329	3.5572	-0.0033	-0.1838	0.1239	-0.0543	0.016	0.0173	-0.1803	-0.2186	0.0368	0.349	-0.0376	-0.0135	0.562	-0.0303	0.3213	19.8574	20.7594	308.5637
11	3.1812	0.0588	0.1548	2.0794	-0.0054	1.6728	-0.0079	-0.026	-0.4633	0.0119	0.0271	-0.4777	0.285	0.408	-0.0193	0.4088	-0.0002	0.0118	0.6483	-0.0347	0.477	38.4426	5.9453	302.1257
12	1.7022	-0.2525	0.1504	1.8529	-0.5288	1.9832	-0.0045	0.0428	-0.2102	-0.0998	0.1288	0.0689	0.2976	-0.3282	-0.1262	0.3341	-0.1102	0.0013	0.5243	-0.0201	0.2852	16.297	8.2494	296.4857
13	4.6341	0.6505	0.5866	2.8109	0.5571	1.5847	-0.1357	0.3518	-0.1019	0.0153	0.116	0.7403	0.2442	-0.6901	-0.0043	0.5084	-0.1733	-0.0034	1.1068	0.0871	0.4696	-0.7225	17.0294	278.2836
14	1.6157	0.1369	0.654	1.7724	0.4158	1.7035	-0.0714	0.3704	-0.0495	-0.3775	0.087	0.2361	0.2384	-0.545	0.0122	0.5386	-0.1856	-0.0046	0.9299	0.0893	0.3749	8.5629	19.1901	268.3245
15	1.8322	-0.3268	1.3407	0.9629	0.1221	1.75	0.1087	0.4638	-0.438	-0.4976	-0.0126	0.1723	0.5675	-0.4109	-0.1355	0.7585	-0.2442	-0.0579	0.945	-0.0606	0.4239	9.5099	8.0758	265.3772
16	3.0789	-0.8251	0.0399	1.6074	-0.6057	0.4528	0.1621	0.6399	0.1424	-0.259	-0.0527	-0.6233	0.2326	-0.0056	-0.0135	1.1911	-0.1126	0.0665	1.3057	-0.1535	0.7686	28.8239	0.9104	255.4142

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 4 THROUGH 142 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 143 THROUGH 308 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 309 THROUGH 488 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 489 THROUGH 544 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 545 THROUGH 579 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 580 THROUGH 616 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 617 THROUGH 715 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 2 THROUGH 34 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 35 THROUGH 96 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 97 THROUGH 142 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 143 THROUGH 308 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 309 THROUGH 440 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 441 THROUGH 488 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 489 THROUGH 544 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'B' AND (RESID 545 THROUGH 610 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'B' AND (RESID 611 THROUGH 714 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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