PDB-5ab7: Crystal structure of Trypanosoma brucei SCP2-thiolase like protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ab7

タイトル

Crystal structure of Trypanosoma brucei SCP2-thiolase like protein (TbSLP) in complex with malonyl-CoA.

要素

SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / COENZYME A / SCP2-THIOLASE / SCP2-THIOLASE- LIKE PROTEIN / MALONYL-COA DECARBOXYLASE / GENE KNOCKOUT / LIPID METABOLISM

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Harijan, R.K. / Kiema, T.R. / Wierenga, R.K.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2016
タイトル: The Scp2-Thiolase-Like Protein (Slp) of Trypanosoma Brucei is an Enzyme Involved in Lipid Metabolism.
著者: Harijan, R.K. / Mazet, M. / Kiema, T.R. / Bouyssou, G. / Alexson, S.E.H. / Bergmann, U. / Moreau, P. / Michels, P.A.M. / Bringaud, F. / Wierenga, R.K.

履歴

登録	2015年8月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月27日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ab7.cif.gz	451.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ab7.ent.gz	368.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ab7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/5ab7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/5ab7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ab4C 5ab5C 5ab6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ab6-1 5ab6-3 5ab6-2 5ab4-d 6hsp-2 3ppo-d 3bwn-3 4yzo-1 2ya2-d 2ory-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN

B: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN

C: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN

D: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN

E: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN

F: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN

ヘテロ分子

279 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN

B: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN

D: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN

F: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.546, 66.404, 159.834
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.18, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	A	A	3 - 408	19 - 424
2	1	ASP	ASP	B	B	3 - 408	19 - 424
1	2	LEU	LEU	A	A	3 - 409	19 - 425
2	2	LEU	LEU	C	C	3 - 409	19 - 425
1	3	LEU	LEU	A	A	3 - 409	19 - 425
2	3	LEU	LEU	D	D	3 - 409	19 - 425
1	4	LEU	LEU	A	A	3 - 409	19 - 425
2	4	LEU	LEU	E	E	3 - 409	19 - 425
1	5	LEU	LEU	A	A	3 - 409	19 - 425
2	5	LEU	LEU	F	F	3 - 409	19 - 425
1	6	SER	SER	B	B	3 - 407	19 - 423
2	6	SER	SER	C	C	3 - 407	19 - 423
1	7	ASP	ASP	B	B	3 - 408	19 - 424
2	7	ASP	ASP	D	D	3 - 408	19 - 424
1	8	ASP	ASP	B	B	3 - 408	19 - 424
2	8	ASP	ASP	E	E	3 - 408	19 - 424
1	9	ASP	ASP	B	B	3 - 408	19 - 424
2	9	ASP	ASP	F	F	3 - 408	19 - 424
1	10	LEU	LEU	C	C	3 - 409	19 - 425
2	10	LEU	LEU	D	D	3 - 409	19 - 425
1	11	LEU	LEU	C	C	3 - 409	19 - 425
2	11	LEU	LEU	E	E	3 - 409	19 - 425
1	12	LEU	LEU	C	C	3 - 409	19 - 425
2	12	LEU	LEU	F	F	3 - 409	19 - 425
1	13	LEU	LEU	D	D	3 - 409	19 - 425
2	13	LEU	LEU	E	E	3 - 409	19 - 425
1	14	LEU	LEU	D	D	3 - 409	19 - 425
2	14	LEU	LEU	F	F	3 - 409	19 - 425
1	15	LEU	LEU	E	E	3 - 409	19 - 425
2	15	LEU	LEU	F	F	3 - 409	19 - 425

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN 分子量: 45365.898 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ) 株: EATRO1125 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C9ZUV7
#2: 化合物	ChemComp-MLC / MALONYL-COENZYME A / マロニルCoA 分子量: 853.580 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₈N₇O₁₉P₃S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.5 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.6 詳細: 100 MM SODIUM ACETATE (PH 4.6), 2.0 M AMMONIUM SULPHATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月20日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→29.38 Å / Num. obs: 104486 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→29.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 8.317 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.474 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24887	5191	5 %	RANDOM
R_work	0.23589	-	-	-
obs	0.23655	98670	94.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.176 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.37 Å²	0 Å²	-0.39 Å²
2-	-	1.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17527	0	394	294	18215

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	18322
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	17458
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.028	1.99	24923
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.913	3	40148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.19	5	2352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.775	23.508	707
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.22	15	2837
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.064	15	114
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	2818
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	20700
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	4038
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	24197	0.07
1	2	B	24197	0.07
2	1	A	24383	0.06
2	2	C	24383	0.06
3	1	A	24428	0.06
3	2	D	24428	0.06
4	1	A	24323	0.07
4	2	E	24323	0.07
5	1	A	24222	0.07
5	2	F	24222	0.07
6	1	B	24072	0.07
6	2	C	24072	0.07
7	1	B	24474	0.06
7	2	D	24474	0.06
8	1	B	24055	0.07
8	2	E	24055	0.07
9	1	B	24331	0.06
9	2	F	24331	0.06
10	1	C	24433	0.06
10	2	D	24433	0.06
11	1	C	24223	0.07
11	2	E	24223	0.07
12	1	C	24019	0.07
12	2	F	24019	0.07
13	1	D	24264	0.06
13	2	E	24264	0.06
14	1	D	24411	0.07
14	2	F	24411	0.07
15	1	E	23989	0.08
15	2	F	23989	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.393	382	-
R_work	0.355	7065	-
obs	-	-	91.95 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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