PDB-5ab0: Crystal structure of aminopeptidase ERAP2 with ligand

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ab0

タイトル

Crystal structure of aminopeptidase ERAP2 with ligand

要素

DG025
ENDOPLASMATIC RETICULUM AMINOPEPTIDASE 2

キーワード

HYDROLASE / AMINOPEPTIDASE / ERAP2 / ZINC ION BINDING / ENDOPLASMIC RETICULUM / METALLOPROTEASE / L-RAP / ANTIGEN PRESENTATION

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / regulation of blood pressure / metallopeptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Mpakali, A. / Giastas, P. / Saridakis, E. / Stratikos, E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Antigenic Peptide Recognition and Processing by Endoplasmic Reticulum (Er) Aminopeptidase 2.
著者: Mpakali, A. / Giastas, P. / Mathioudakis, N. / Mavridis, I.M. / Saridakis, E. / Stratikos, E.

履歴

登録	2015年7月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月11日	Group: Database references
改定 1.2	2019年4月3日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ab0.cif.gz	397.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ab0.ent.gz	320.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ab0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ab0_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ab0_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	5ab0_validation.xml.gz	72.6 KB	表示
CIF形式データ	5ab0_validation.cif.gz	99.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/5ab0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/5ab0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ab2C 5cu5C 4e36S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6yy3-d 5k1v-1 5j6s-1 5ab2-1 5h40-1 5lhd-2 5h42-2 6yd0-d 4fyt-d 5h3z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ENDOPLASMATIC RETICULUM AMINOPEPTIDASE 2

C: ENDOPLASMATIC RETICULUM AMINOPEPTIDASE 2

E: DG025

F: DG025

ヘテロ分子

232 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ENDOPLASMATIC RETICULUM AMINOPEPTIDASE 2

E: DG025

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: ENDOPLASMATIC RETICULUM AMINOPEPTIDASE 2

F: DG025

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.350, 134.420, 129.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.49, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ACEF

#1: タンパク質	ENDOPLASMATIC RETICULUM AMINOPEPTIDASE 2 / LEUKOCYTE-DERIVED ARGININE AMINOPEPTIDASE / L-RAP 分子量: 111563.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: Q6P179, leucyl aminopeptidase, aminopeptidase B
#2: タンパク質・ペプチド	DG025 分子量: 1313.528 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

#1: タンパク質

ENDOPLASMATIC RETICULUM AMINOPEPTIDASE 2 / LEUKOCYTE-DERIVED ARGININE AMINOPEPTIDASE / L-RAP

分子量: 111563.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主:

TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q6P179, leucyl aminopeptidase, aminopeptidase B

#2: タンパク質・ペプチド

DG025

分子量: 1313.528 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
糖 , 4種, 16分子

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4[DManpb1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#7: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 410分子

#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	CORRESPONDS TO VARIANT RS2549782

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.45 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.3 詳細: 6 %(W/V) PEG MW 8000, 25 %(V/V) ETHYLENE GLYCOL, 59 MM MES AND 41 MM IMIDAZOLE AT PH 6.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→65.7 Å / Num. obs: 88335 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 54.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4E36

4e36

解像度: 2.5→65.726 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	4416	5 %
R_work	0.1981	-	-
obs	0.201	88244	99.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→65.726 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14765	0	393	403	15561

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	15624
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.282	21212
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.556	5768
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	2396
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2633

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5284	0.3924	147	0.3177	2793	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5284-2.5582	0.3924	131	0.2807	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5582-2.5894	0.318	155	0.268	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5894-2.6221	0.3093	158	0.2614	2748	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6221-2.6566	0.3351	140	0.262	2791	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6566-2.693	0.3523	157	0.2607	2787	X-RAY DIFFRACTION	99
2.693-2.7315	0.3349	175	0.2551	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7315-2.7723	0.3127	157	0.2498	2796	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7723-2.8156	0.3358	140	0.2425	2780	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8156-2.8618	0.333	154	0.2449	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8618-2.9111	0.324	120	0.2416	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9111-2.964	0.302	143	0.228	2756	X-RAY DIFFRACTION	99
2.964-3.0211	0.2353	137	0.2214	2813	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0211-3.0827	0.2934	156	0.221	2768	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0827-3.1498	0.3095	151	0.2287	2790	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1498-3.223	0.2793	162	0.2264	2734	X-RAY DIFFRACTION	99
3.223-3.3036	0.301	156	0.2292	2814	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3036-3.3929	0.3139	132	0.2213	2786	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3929-3.4928	0.3062	140	0.2259	2805	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4928-3.6055	0.2672	125	0.2125	2805	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6055-3.7344	0.289	131	0.2039	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7344-3.8839	0.263	167	0.1987	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8839-4.0606	0.2449	153	0.1814	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0606-4.2746	0.2236	139	0.1698	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2746-4.5424	0.2415	157	0.1565	2785	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5424-4.893	0.1923	144	0.1572	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
4.893-5.3852	0.2111	127	0.1658	2845	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3852-6.164	0.2489	150	0.1866	2805	X-RAY DIFFRACTION	99
6.164-7.764	0.2222	172	0.1738	2782	X-RAY DIFFRACTION	99
7.764-65.7486	0.1788	140	0.1606	2890	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)