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- PDB-5a7i: Crystal structure of INPP5B in complex with biphenyl 3,3',4,4',5,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a7i
タイトルCrystal structure of INPP5B in complex with biphenyl 3,3',4,4',5,5'- hexakisphosphate
要素TYPE II INOSITOL 1,4,5-TRISPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / SGC / SIGNALLING / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM STOCKHOLM / MAGNESIUM BINDING / PROTEIN-INHBITOR COMPLEX / INHIBITOR / PHOSPHOINOSITIDES SIGNALLING
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / inositol phosphate metabolic process / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / phosphoinositide 5-phosphatase / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol dephosphorylation / flagellated sperm motility / regulation of protein processing / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol ...inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / inositol phosphate metabolic process / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / phosphoinositide 5-phosphatase / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol dephosphorylation / flagellated sperm motility / regulation of protein processing / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / phagocytic vesicle membrane / early endosome membrane / spermatogenesis / in utero embryonic development / neuron projection / Golgi apparatus / signal transduction / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
INPP5B, PH domain / Type II inositol 1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase PH domain / OCRL1/INPP5B, INPP5c domain / : / : / Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-like, ASH domain / : / Inositol polyphosphate-related phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family 2 / Inositol polyphosphate phosphatase, catalytic domain homologues ...INPP5B, PH domain / Type II inositol 1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase PH domain / OCRL1/INPP5B, INPP5c domain / : / : / Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-like, ASH domain / : / Inositol polyphosphate-related phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family 2 / Inositol polyphosphate phosphatase, catalytic domain homologues / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Rho GTPase activation protein / 4-Layer Sandwich / Immunoglobulin-like fold / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Biphenyl 3,3',4,4',5,5'-hexakisphosphate / PHOSPHATE ION / Type II inositol 1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Tresaugues, L. / Mills, S.J. / Silvander, C. / Cozier, G. / Potter, B.V.L. / Norldund, P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Crystal Structures of Type-II Inositol Polyphosphate 5-Phosphatase Inpp5B with Synthetic Inositol Polyphosphate Surrogates Reveal New Mechanistic Insights for the Inositol 5-Phosphatase Family.
著者: Mills, S.J. / Silvander, C. / Cozier, G. / Tresaugues, L. / Nordlund, P. / Potter, B.V.L.
履歴
登録2015年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYPE II INOSITOL 1,4,5-TRISPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3688
ポリマ－36,2011
非ポリマー1,1677
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.975, 96.975, 152.142
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 TYPE II INOSITOL 1,4,5-TRISPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE / 75 KDA INOSITOL POLYPHOSPHATE-5-PHOSPHATASE / PHOSPHOINOSITIDE 5-PHOSPHATASE / 5PTASE / TYPE II ...75 KDA INOSITOL POLYPHOSPHATE-5-PHOSPHATASE / PHOSPHOINOSITIDE 5-PHOSPHATASE / 5PTASE / TYPE II INOSITOL 1 / 4 / 5-TRISPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE / ISOFORM 2


分子量: 36201.086 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 339-643 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CLONED WITH A C-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAG / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: MAMMALIAN GENE COLLECTION (MGC) / プラスミド: PNIC-CH2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 PRARE / 参照: UniProt: P32019, phosphoinositide 5-phosphatase

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非ポリマー , 6種, 35分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-B6K / Biphenyl 3,3',4,4',5,5'-hexakisphosphate


分子量: 730.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H16O24P6
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.2
詳細: 10% GLYCEROL, 25% PROPANEDIOL AND 0.1 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE PH 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月8日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→34.29 Å / Num. obs: 16922 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 2.89→3.05 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3N9V

3n9v


解像度: 2.89→34.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 22.814 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.405 / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22324 858 5.1 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.19826 16012 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.185 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.25 Å20 Å20 Å2
2---1.25 Å20 Å2
3---2.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→34.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2545 0 65 28 2638
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0212682
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021782
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1911.963645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77134329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7055314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.7624.135133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.13715448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1771513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02558
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2371.51561
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.031.5633
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.45622524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.64131121
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1324.51120
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.89→2.965 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 66 -
Rwork0.338 1148 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3791-0.6452-1.01425.29611.78292.33610.01670.3588-0.3907-0.65520.10740.30.292-0.2728-0.1240.3405-0.1389-0.1091-0.00740.07920.173817.5772-30.186420.5714
27.9608-3.1494-1.86313.07520.83613.7962-0.1712-0.40440.47490.08930.4635-0.9548-0.15720.4095-0.29230.2697-0.16250.129-0.0189-0.01190.202126.8076-16.71922.7778
31.6466-0.6384-0.37645.71350.23121.68710.17170.93170.3607-1.49530.17270.1132-0.498-0.3559-0.34440.8245-0.1131-0.08370.39370.20060.180117.2144-18.18827.5988
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A258 - 399
2X-RAY DIFFRACTION2A400 - 448
3X-RAY DIFFRACTION3A449 - 570

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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