PDB-5a76: KSHV LANA (ORF73) C-terminal domain, open non-ring conformation: ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a76

タイトル

KSHV LANA (ORF73) C-terminal domain, open non-ring conformation: orthorhombic crystal form

要素

ORF 73

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNA / VIRAL / PROTEIN FOLDING / PROTEIN STRUCTURE / TERTIARY / RHADINOVIRUS / VIRAL PROTEINS / VIRUS LATENCY

機能・相同性

機能・相同性情報

viral life cycle / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

HUMAN HERPESVIRUS 8 (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.8 Å

データ登録者

Ponnusamy, R. / Mcvey, C.E.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2015
タイトル: KSHV but not MHV-68 LANA induces a strong bend upon binding to terminal repeat viral DNA.
著者: Rajesh Ponnusamy / Maxim V Petoukhov / Bruno Correia / Tania F Custodio / Franceline Juillard / Min Tan / Marta Pires de Miranda / Maria A Carrondo / J Pedro Simas / Kenneth M Kaye / Dmitri I ...
要旨: Latency-associated nuclear antigen (LANA) is central to episomal tethering, replication and transcriptional regulation of γ2-herpesviruses. LANA binds cooperatively to the terminal repeat (TR) ...

履歴

登録	2015年7月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月2日	Group: Database references
改定 1.2	2015年12月16日	Group: Database references / Refinement description
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a76.cif.gz	376.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a76.ent.gz	312.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a76.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5a76_validation.pdf.gz	487.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5a76_full_validation.pdf.gz	505.2 KB	表示
XML形式データ	5a76_validation.xml.gz	34.6 KB	表示
CIF形式データ	5a76_validation.cif.gz	46.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/5a76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/5a76	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	SASDAM8C SASDAN8C SASDAP8C SASDAQ8C SASDAR8C 4k2jS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3v8w-2 4gvo-1 4egj-4 1ol6-d 3v5j-1 4pqn-d 6tu9-2 3daj-d 3v5l-2 6nq4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ORF 73

B: ORF 73

C: ORF 73

D: ORF 73

E: ORF 73

F: ORF 73

G: ORF 73

H: ORF 73

ヘテロ分子

121 kDa, 8 ポリマー
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1

E: ORF 73

F: ORF 73

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
30.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: ORF 73

D: ORF 73

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
30.3 kDa, 2 ポリマー
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3

A: ORF 73

B: ORF 73

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
30.3 kDa, 2 ポリマー
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4

G: ORF 73

H: ORF 73

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
30.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	200.224, 200.224, 83.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	LEU	LEU	A	A	1029 - 1145	13 - 129
2	1	ALA	ALA	LEU	LEU	B	B	1029 - 1145	13 - 129
1	2	ALA	ALA	LEU	LEU	A	A	1029 - 1145	13 - 129
2	2	ALA	ALA	LEU	LEU	C	C	1029 - 1145	13 - 129
1	3	ALA	ALA	LEU	LEU	A	A	1029 - 1145	13 - 129
2	3	ALA	ALA	LEU	LEU	D	D	1029 - 1145	13 - 129
1	4	ALA	ALA	LEU	LEU	A	A	1029 - 1145	13 - 129
2	4	ALA	ALA	LEU	LEU	E	E	1029 - 1145	13 - 129
1	5	ALA	ALA	LEU	LEU	A	A	1029 - 1145	13 - 129
2	5	ALA	ALA	LEU	LEU	F	F	1029 - 1145	13 - 129
1	6	ALA	ALA	LEU	LEU	A	A	1029 - 1145	13 - 129
2	6	ALA	ALA	LEU	LEU	G	G	1029 - 1145	13 - 129
1	7	ALA	ALA	LEU	LEU	A	A	1029 - 1145	13 - 129
2	7	ALA	ALA	LEU	LEU	H	H	1029 - 1145	13 - 129
1	8	ALA	ALA	LEU	LEU	B	B	1029 - 1145	13 - 129
2	8	ALA	ALA	LEU	LEU	C	C	1029 - 1145	13 - 129
1	9	PRO	PRO	PRO	PRO	B	B	1028 - 1144	12 - 128
2	9	PRO	PRO	PRO	PRO	D	D	1028 - 1144	12 - 128
1	10	ALA	ALA	GLN	GLN	B	B	1029 - 1147	13 - 131
2	10	ALA	ALA	GLN	GLN	E	E	1029 - 1147	13 - 131
1	11	ALA	ALA	THR	THR	B	B	1029 - 1146	13 - 130
2	11	ALA	ALA	THR	THR	F	F	1029 - 1146	13 - 130
1	12	ALA	ALA	LEU	LEU	B	B	1029 - 1145	13 - 129
2	12	ALA	ALA	LEU	LEU	G	G	1029 - 1145	13 - 129
1	13	ALA	ALA	THR	THR	B	B	1029 - 1146	13 - 130
2	13	ALA	ALA	THR	THR	H	H	1029 - 1146	13 - 130
1	14	ALA	ALA	LEU	LEU	C	C	1029 - 1145	13 - 129
2	14	ALA	ALA	LEU	LEU	D	D	1029 - 1145	13 - 129
1	15	ALA	ALA	PRO	PRO	C	C	1029 - 1144	13 - 128
2	15	ALA	ALA	PRO	PRO	E	E	1029 - 1144	13 - 128
1	16	ALA	ALA	LEU	LEU	C	C	1029 - 1145	13 - 129
2	16	ALA	ALA	LEU	LEU	F	F	1029 - 1145	13 - 129
1	17	ALA	ALA	LEU	LEU	C	C	1029 - 1145	13 - 129
2	17	ALA	ALA	LEU	LEU	G	G	1029 - 1145	13 - 129
1	18	ALA	ALA	LEU	LEU	C	C	1029 - 1145	13 - 129
2	18	ALA	ALA	LEU	LEU	H	H	1029 - 1145	13 - 129
1	19	ALA	ALA	PRO	PRO	D	D	1029 - 1144	13 - 128
2	19	ALA	ALA	PRO	PRO	E	E	1029 - 1144	13 - 128
1	20	ALA	ALA	LEU	LEU	D	D	1029 - 1145	13 - 129
2	20	ALA	ALA	LEU	LEU	F	F	1029 - 1145	13 - 129
1	21	ALA	ALA	LEU	LEU	D	D	1029 - 1145	13 - 129
2	21	ALA	ALA	LEU	LEU	G	G	1029 - 1145	13 - 129
1	22	ALA	ALA	LEU	LEU	D	D	1029 - 1145	13 - 129
2	22	ALA	ALA	LEU	LEU	H	H	1029 - 1145	13 - 129
1	23	ALA	ALA	THR	THR	E	E	1029 - 1146	13 - 130
2	23	ALA	ALA	THR	THR	F	F	1029 - 1146	13 - 130
1	24	ALA	ALA	LEU	LEU	E	E	1029 - 1145	13 - 129
2	24	ALA	ALA	LEU	LEU	G	G	1029 - 1145	13 - 129
1	25	ALA	ALA	THR	THR	E	E	1029 - 1146	13 - 130
2	25	ALA	ALA	THR	THR	H	H	1029 - 1146	13 - 130
1	26	ALA	ALA	LEU	LEU	F	F	1029 - 1145	13 - 129
2	26	ALA	ALA	LEU	LEU	G	G	1029 - 1145	13 - 129
1	27	ALA	ALA	THR	THR	F	F	1029 - 1146	13 - 130
2	27	ALA	ALA	THR	THR	H	H	1029 - 1146	13 - 130
1	28	ALA	ALA	LEU	LEU	G	G	1029 - 1145	13 - 129
2	28	ALA	ALA	LEU	LEU	H	H	1029 - 1145	13 - 129

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	ORF 73 分子量: 15128.496 Da / 分子数: 8 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN, UNP RESIDUES 1018-1150 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HUMAN HERPESVIRUS 8 (ヘルペスウイルス) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR PRARE2 / 参照: UniProt: Q76SB0, UniProt: Q98148*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 3 詳細: 100 MM CITRIC ACID, PH 3.0, 1200 MM MAGNESIUM CHLORIDE.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9725
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9725 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.8→47.19 Å / Num. obs: 16786 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.28 / Net I/σ(I): 5.2
反射シェル	解像度: 3.8→4.25 Å / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0123	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4K2J

4k2j

解像度: 3.8→141.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 90.988 / SU ML: 0.567 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.709 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES WITH TLS ADDED. FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED IN THE CRYSTALS. CHAIN A, 1017-1028, 1048, 1049, 1091-1096, 1146-1150. CHAIN B, 1017-1027, 1049-1051, 1091-1094, 1148-1150. CHAIN C, ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26908	853	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22109	-	-	-
obs	0.22347	15922	98.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.722 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.8 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.8→141.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7324	0	4	0	7328

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	7563
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.384	1.95	10198
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.931	5	896
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.763	22.539	319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.647	15	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.355	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.022	5727
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.749	4.187	3638
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.378	6.258	4516
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.949	4.552	3923
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	13.292	38.58	29914
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 3.8→3.899 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	77	-
R_work	0.286	1138	-
obs	-	-	99.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7401	-3.5337	0.3797	3.3532	-1.3113	3.1487	0.2344	0.2163	0.0338	-0.0705	-0.2489	0.0735	-0.3296	-0.0634	0.0145	0.1315	-0.0114	0.0314	0.2435	-0.0559	0.4417	-21.539	-38.428	-5.359
2	4.7334	-0.2993	0.9765	2.5396	0.3371	1.1295	-0.332	-0.1464	-0.2474	0.0104	0.3862	-0.1806	-0.116	0.3495	-0.0542	0.0304	0.0167	-0.0226	0.3757	-0.0599	0.7461	-4.119	-49.723	1.772
3	3.8332	-0.071	0.6384	2.2411	0.6352	2.2232	0.2633	0.1067	-0.1146	-0.2534	-0.1824	0.0009	0.2027	-0.0355	-0.081	0.1252	0.1008	-0.0077	0.3301	0.062	0.5216	-58.757	-61.757	-6.702
4	5.2845	0.1261	-0.4437	1.1357	-1.4268	1.8269	-0.3325	-0.0291	0.1667	-0.0156	0.35	0.0409	0.0455	-0.3713	-0.0176	0.0248	0.0224	0.0136	0.3067	0.028	0.751	-76.612	-50.506	0.105
5	2.1429	2.1651	-0.0582	2.7334	-0.5087	3.1943	-0.1943	0.2006	-0.333	-0.1057	0.385	-0.0984	-0.1949	0.1821	-0.1907	0.0542	-0.0252	0.0305	0.2045	-0.0679	0.7721	-28.634	-69.053	-5.635
6	1.6121	-0.6462	0.4265	3.2118	-0.9239	0.3244	0.304	0.041	-0.3068	0.1566	-0.1636	0.2069	0.0196	0.087	-0.1404	0.0895	0.0138	-0.0446	0.0842	-0.0888	1.0033	-39.527	-86.256	1.138
7	3.7357	1.4624	0.1824	0.6498	0.4229	3.2725	-0.2211	0.2228	0.0135	-0.0982	0.161	0.0883	-0.0907	-0.2197	0.0601	0.1488	-0.0425	0.0201	0.2569	0.1103	0.673	-51.588	-31.147	-6.197
8	3.8829	-0.8406	0.2329	4.5498	1.5788	0.9172	0.2551	0.1248	0.3782	0.297	-0.1313	-0.1581	-0.144	-0.0962	-0.1238	0.3573	0.0228	0.042	0.0935	0.1211	0.6649	-40.941	-13.526	1.501

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1029 - 1145
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1028 - 1147
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1029 - 1145
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1028 - 1145
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1029 - 1147
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1029 - 1146
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1029 - 1145
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1029 - 1146

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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