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- PDB-5a6w: Complex of rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR-P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a6w
タイトルComplex of rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR-PikD with the HMA domain of Pikp1 from rice (Oryza sativa)
要素
  • AVR-PIK PROTEIN
  • RESISTANCE PROTEIN PIKP-1
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / RICE BLAST DISEASE / PLANT DISEASE RESISTANCE / EFFECTOR PROTEIN / INTEGRATED HMA DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to other organism / ADP binding / ATP hydrolysis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
AVR-Pik-like, HMA interaction domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein, plants / NB-ARC / NB-ARC domain / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / Leucine-rich repeat, typical subtype ...AVR-Pik-like, HMA interaction domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein, plants / NB-ARC / NB-ARC domain / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AVR-Pik protein / Resistance protein Pikp-1
類似検索 - 構成要素
生物種ORYZA SATIVA (イネ)
MAGNAPORTHE ORYZAE (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Maqbool, A. / Saitoh, H. / Franceschetti, M. / Stevenson, C.E. / Uemura, A. / Kanzaki, H. / Kamoun, S. / Terauchi, R. / Banfield, M.J.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Structural basis of pathogen recognition by an integrated HMA domain in a plant NLR immune receptor.
著者: Maqbool, A. / Saitoh, H. / Franceschetti, M. / Stevenson, C.E. / Uemura, A. / Kanzaki, H. / Kamoun, S. / Terauchi, R. / Banfield, M.J.
履歴
登録2015年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22017年3月22日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RESISTANCE PROTEIN PIKP-1
B: RESISTANCE PROTEIN PIKP-1
C: AVR-PIK PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8048
ポリマ－26,4603
非ポリマー3445
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-13.1 kcal/mol
Surface area13810 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)118.410, 118.410, 35.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 RESISTANCE PROTEIN PIKP-1


分子量: 7816.232 Da / 分子数: 2 / 断片: PIKP-HMA, UNP RESIDUES 186-258 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ORYZA SATIVA (イネ) / 株: K60 / プラスミド: POPINS3C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): SHUFFLE / 参照: UniProt: E9KPB5
#2: タンパク質 AVR-PIK PROTEIN


分子量: 10827.340 Da / 分子数: 1 / 断片: AVR-PIKD, UNP RESIDUES 22-113 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MAGNAPORTHE ORYZAE (菌類) / 株: SASA2 / プラスミド: POPINA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): SHUFFLE / 参照: UniProt: C4B8B8
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 2M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M CHES PH 9 AND 20% PEG335

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→39.47 Å / Num. obs: 32549 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 17.7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 32.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 17.4 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5A6P

5a6p


解像度: 1.6→39.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.627 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20544 1712 5 %RANDOM
Rwork0.17763 ---
obs0.17908 32549 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.154 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1736 0 21 138 1895
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0191809
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5671.9872433
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72934228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8345230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.92924.28670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.49715336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6291512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211991
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02373
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6342.106914
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6182.103913
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6313.1341137
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.252.404895
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 124 -
Rwork0.196 2379 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.15360.7948-1.00991.8979-0.85651.7210.0140.2885-0.30960.018-0.049-0.37950.0303-0.09570.0350.0341-0.04870.02150.0964-0.03760.132-16.5550.9932-9.9001
21.31680.2792-0.19941.67350.58471.7269-0.0092-0.0722-0.26870.09760.1146-0.23950.07380.1242-0.10540.01170.0047-0.01190.0630.00180.0799-31.6302-6.8926-0.515
31.05520.0192-0.10150.54180.3921.3285-0.03060.00790.0321-0.0227-0.0130.02-0.0710.00080.04350.04620.0008-0.01090.0284-0.00310.0043-43.03956.93484.9588
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A187 - 258
2X-RAY DIFFRACTION2B184 - 258
3X-RAY DIFFRACTION3C31 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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