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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a66 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AtTTM3 in complex with tripolyphosphate and manganese ion (form A) | ||||||
![]() | TRIPHOSPHATE TUNEL METALLOENZYME 3 | ||||||
![]() | HYDROLASE / INORGANIC POLYPHOSPHATE / TRIPOLYPHOSPHATE / TRIPHOSPHATE TUNNEL METALLOENZYME | ||||||
機能・相同性 | ![]() triphosphatase / inorganic triphosphate phosphatase activity / root development / anaphase-promoting complex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Martinez, J. / Truffault, V. / Hothorn, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Determinants for Substrate Binding and Catalysis in Triphosphate Tunnel Metalloenzymes. 著者: Martinez, J. / Truffault, V. / Hothorn, M. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 159 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24323.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: COL0 / プラスミド: PETM11 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.56 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5 / 詳細: 2.5 M NACL, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月20日 | |||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.05→48.18 Å / Num. obs: 42478 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.73 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 19.13 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.17 Å / 冗長度: 6.47 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 88.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 2.05→48.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 8.593 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.342 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.766 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→48.18 Å
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拘束条件 |
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