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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a61 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of full-length E. coli ygiF in complex with tripolyphosphate and two manganese ions. | ||||||
要素 | INORGANIC TRIPHOSPHATASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / TRIPOLYPHOSPHATE / TRIPHOSPHATE TUNNEL METALLOENZYME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Martinez, J. / Truffault, V. / Hothorn, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015 タイトル: Structural Determinants for Substrate Binding and Catalysis in Triphosphate Tunnel Metalloenzymes. 著者: Martinez, J. / Truffault, V. / Hothorn, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5a61.cif.gz | 196.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5a61.ent.gz | 157.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5a61.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5a61_validation.pdf.gz | 873.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5a61_full_validation.pdf.gz | 875.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5a61_validation.xml.gz | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5a61_validation.cif.gz | 28.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/5a61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/5a61 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48638.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / プラスミド: PETM11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL 参照: UniProt: V8FJJ2, UniProt: P30871*PLUS, triphosphatase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-3PO / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.88 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 20% PEG 3,350, 0.2 M NACL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999990, 1.700020 | |||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月15日 | |||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.5→48.77 Å / Num. obs: 91340 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.48 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 26.35 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 14.18 % / Rmerge(I) obs: 1.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 1.5→48.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 2.375 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED THE SECOND DATA SET CONTAINS ANOMALOUS DATA COLLECTED CLOSE TO THE MN K EDGE, AT 1.7 A. THE DATA SET CAN BE USED TO ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED THE SECOND DATA SET CONTAINS ANOMALOUS DATA COLLECTED CLOSE TO THE MN K EDGE, AT 1.7 A. THE DATA SET CAN BE USED TO CONFIRM THE POSITIONS OF THE TWO METAL COFACTORS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.368 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.77 Å
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拘束条件 |
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