PDB-5a61: Crystal structure of full-length E. coli ygiF in complex with tri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a61

タイトル

Crystal structure of full-length E. coli ygiF in complex with tripolyphosphate and two manganese ions.

要素

INORGANIC TRIPHOSPHATASE

キーワード

HYDROLASE / TRIPOLYPHOSPHATE / TRIPHOSPHATE TUNNEL METALLOENZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

triphosphatase / inorganic triphosphate phosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Martinez, J. / Truffault, V. / Hothorn, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Determinants for Substrate Binding and Catalysis in Triphosphate Tunnel Metalloenzymes.
著者: Martinez, J. / Truffault, V. / Hothorn, M.

履歴

登録	2015年6月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月12日	Group: Database references
改定 1.2	2015年10月7日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a61.cif.gz	196.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a61.ent.gz	157.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a61.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/5a61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/5a61	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5a5yC 5a60C 5a64C 5a65C 5a66C 5a67C 5a68C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1onq-2 6nua-d 4tyy-d 1k56-1 1zt4-1 4u94-d 1xz0-2 3ttz-d 4l8d-2 6lbe-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

登録構造単位

A: INORGANIC TRIPHOSPHATASE

ヘテロ分子

49.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.676, 89.676, 125.329
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	INORGANIC TRIPHOSPHATASE 分子量: 48638.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / プラスミド: PETM11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL 参照: UniProt: V8FJJ2, UniProt: P30871*PLUS, triphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-3PO / TRIPHOSPHATE / 三りん酸分子量: 257.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₅O₁₀P₃
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.88 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 20% PEG 3,350, 0.2 M NACL

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.999990, 1.700020

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.99999	1
2	1.70002	1

反射

解像度: 1.5→48.77 Å / Num. obs: 91340 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.48 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 26.35

反射シェル

解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 14.18 % / R_merge(I) obs: 1.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0107	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.5→48.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.979 / SU B: 2.375 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED THE SECOND DATA SET CONTAINS ANOMALOUS DATA COLLECTED CLOSE TO THE MN K EDGE, AT 1.7 A. THE DATA SET CAN BE USED TO ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17087	4513	5 %	RANDOM
R_work	0.15145	-	-	-
obs	0.15242	86573	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.368 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.38 Å²	0.19 Å²	0 Å²
2-	-	0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3381	0	27	295	3703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	3492
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3329
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.186	1.954	4747
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.87	3	7628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.384	5	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.73	24.024	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.835	15	578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.377	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	525
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	3980
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	818
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.384	4.585	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.382	4.584	1721
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.123	6.887	2153
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.077	5.079	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.814	3	6821
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	26.526	5	82
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	14.418	5	6963

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	336	-
R_work	0.256	6408	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4059	-0.011	0.4254	0.7109	0.766	1.2972	-0.0046	-0.0125	0.0045	0.0178	-0.024	0.0164	0.0139	-0.0413	0.0286	0.0257	-0.0031	-0.001	0.0167	0.0085	0.0439	20.7039	47.4943	75.2908
2	0.3788	0.4133	0.3763	0.4875	0.4499	0.4192	-0.089	0.1254	0.0067	-0.0401	0.1263	-0.0126	-0.032	0.1166	-0.0373	0.076	-0.019	-0.0093	0.0638	0.0252	0.1057	32.4531	57.321	64.9362
3	0.2196	-0.0419	0.029	0.1407	0.0322	0.1749	-0.0262	-0.0165	0.094	0.0069	0.0424	-0.0982	-0.0065	0.0292	-0.0161	0.0116	0.0024	-0.007	0.0252	-0.0183	0.1092	38.0166	60.9577	70.5019
4	0.2445	-0.0558	-0.0709	0.0411	0.0263	0.0321	0.001	0.0084	0.0531	0.0185	0.0238	-0.0149	0.0132	-0.0014	-0.0248	0.0207	0.0076	0.0005	0.0327	0.0006	0.0571	27.638	52.8226	72.0894
5	0.0575	-0.0237	0.0212	0.0183	-0.0306	0.0679	0.0031	-0.0018	-0.0015	-0.0007	-0.0002	-0.0002	0.0033	-0.006	-0.0029	0.0216	0.0009	-0.001	0.0236	-0.0003	0.0457	35.1934	32.9854	77.8843
6	0.0178	0.0137	0.0232	0.1261	0.0557	0.1921	0.003	-0.0032	0.0012	-0.0084	-0.0013	-0.0046	0.028	0.013	-0.0018	0.0288	0.0037	0.001	0.0182	0.0005	0.0447	50.6153	16.6656	74.2899

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	29 - 51
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	52 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	109 - 176
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	177 - 337
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	338 - 428

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