[日本語] English
万見
- PDB-5a5i: Cytochrome 2C9 P450 inhibitor complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a5i
タイトルCytochrome 2C9 P450 inhibitor complex
要素CYTOCHROME P450 2C9
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonic acid 14,15-epoxygenase activity / arachidonic acid 11,12-epoxygenase activity / amide metabolic process / (S)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 7-monooxygenase / (R)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 6-monooxygenase activity / (S)-limonene 7-monooxygenase activity / (R)-limonene 6-monooxygenase activity / monocarboxylic acid metabolic process ...arachidonic acid 14,15-epoxygenase activity / arachidonic acid 11,12-epoxygenase activity / amide metabolic process / (S)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 7-monooxygenase / (R)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 6-monooxygenase activity / (S)-limonene 7-monooxygenase activity / (R)-limonene 6-monooxygenase activity / monocarboxylic acid metabolic process / urea metabolic process / Synthesis of (16-20)-hydroxyeicosatetraenoic acids (HETE) / omega-hydroxylase P450 pathway / CYP2E1 reactions / arachidonic acid epoxygenase activity / icosanoid biosynthetic process / epoxygenase P450 pathway / caffeine oxidase activity / Biosynthesis of maresin-like SPMs / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / monoterpenoid metabolic process / oxidative demethylation / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / long-chain fatty acid biosynthetic process / estrogen metabolic process / unspecific monooxygenase / aromatase activity / Aspirin ADME / steroid metabolic process / steroid hydroxylase activity / xenobiotic catabolic process / monooxygenase activity / cholesterol metabolic process / xenobiotic metabolic process / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-XI1 / Cytochrome P450 2C9
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2 Å
データ登録者Skerratt, S.E. / de Groot, M.J. / Phillips, C.
引用ジャーナル: Med.Chem.Comm. / 年: 2016
タイトル: Discovery of a Novel Binding Pocket for Cyp 2C9 Inhibitors: Crystallography, Pharmacophore Modelling and Inhibitor Sar.
著者: Skerratt, S.E. / de Groot, M.J. / Phillips, C.
履歴
登録2015年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI ..._citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME P450 2C9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3223
ポリマ－54,3231
非ポリマー9992
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.217, 92.217, 170.414
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME P450 2C9 / (R)-LIMONENE 6-MONOOXYGENASE / (S)-LIMONENE 6-MONOOXYGENASE / (S)-LIMONENE 7-MONOOXYGENASE / ...(R)-LIMONENE 6-MONOOXYGENASE / (S)-LIMONENE 6-MONOOXYGENASE / (S)-LIMONENE 7-MONOOXYGENASE / CYPIIC9 / CYTOCHROME P-450MP / CYTOCH ROME P450 MP-4 / CYTOCHROME P450 MP-8 / CYTOCHROME P450 PB-1 / S-MEPH ENYTOIN 4-HYDROXYLASE / CYTOCHROME 2C9


分子量: 54322.887 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 23-489 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P11712
#2: 化合物 ChemComp-XI1 / N-[4-(3-chloranyl-4-cyano-phenoxy)cyclohexyl]-1,1,1-tris(fluoranyl)methanesulfonamide / N-[4α-(3-クロロ-4-シアノフェノキシ)シクロヘキサン-1β-イル]トリフルオロメタンスルホンアミド


分子量: 382.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14ClF3N2O3S
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.08 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / タイプ: ESRF / 波長: 1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 27322 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0032 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2→24.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.992 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24501 1733 5 %RANDOM
Rwork0.2124 ---
obs0.21409 32791 94.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→24.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3628 0 67 7 3702
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0193810
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.91.9895166
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89538478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.915452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.29424.036166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.61915672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0861520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2565
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02867
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9964.0571817
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.9954.0581818
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.0496.062267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.0516.0612267
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3614.5971993
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3574.5941987
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.6356.6822891
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.69732.5774223
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.69732.5844224
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 89 -
Rwork0.335 1795 -
obs--69.65 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る