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- PDB-5a4x: The crystal structure of Arabidopsis thaliana CAR4 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a4x
タイトルThe crystal structure of Arabidopsis thaliana CAR4 in complex with two calcium ions and Zn
要素(AT3G17980) x 2
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / CALCIUM BINDING PROTEIN / C2 DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of response to salt stress / positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / positive regulation of defense response to bacterium / abscisic acid-activated signaling pathway / response to salt stress / GTPase activator activity / positive regulation of GTPase activity / phospholipid binding / defense response / lipid binding ...positive regulation of response to salt stress / positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / positive regulation of defense response to bacterium / abscisic acid-activated signaling pathway / response to salt stress / GTPase activator activity / positive regulation of GTPase activity / phospholipid binding / defense response / lipid binding / calcium ion binding / protein homodimerization activity / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein C2-DOMAIN ABA-RELATED / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein C2-DOMAIN ABA-RELATED 4
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Diaz, M. / Albert, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Calcium-Dependent Oligomerization of Car Proteins at Cell Membrane Modulates Aba Signaling.
著者: Diaz, M. / Sanchez-Barrena, M.J. / Gonzalez-Rubio, J.M. / Rodriguez, L. / Fernandez, D. / Antoni, R. / Yunta, C. / Belda-Palazon, B. / Gonzalez-Guzman, M. / Peirats-Llobet, M. / Menendez, M. ...著者: Diaz, M. / Sanchez-Barrena, M.J. / Gonzalez-Rubio, J.M. / Rodriguez, L. / Fernandez, D. / Antoni, R. / Yunta, C. / Belda-Palazon, B. / Gonzalez-Guzman, M. / Peirats-Llobet, M. / Menendez, M. / Boskovic, J. / Marquez, J.A. / Rodriguez, P.L. / Albert, A.
履歴
登録2015年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AT3G17980
B: AT3G17980
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8937
ポリマ－39,6682
非ポリマー2265
水2,162120
1
A: AT3G17980
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9643
ポリマ－19,8841
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: AT3G17980
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9294
ポリマ－19,7841
非ポリマー1463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.121, 88.645, 110.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9992, 0.03148, -0.02437), (0.03314, -0.9969, 0.07112), (-0.02206, -0.07187, -0.9972)
ベクター: 1.244, 3.077, -44.2)

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要素

#1: タンパク質 AT3G17980 / CAR4 / C2 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN


分子量: 19883.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LVH4
#2: タンパク質 AT3G17980 / CAR4 / C2 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN


分子量: 19783.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LVH4
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.06 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 20 TO 25 % OF POLYETHYLENE GLYCOL 6K, 0.1M MES PH 6.0 TO 6.5 0.1 M ZNCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.71
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.71 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→46.9 Å / Num. obs: 36649 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4V29

4v29


解像度: 2.2→46.763 Å / SU ML: 0.73 / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 29.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2655 1684 5 %
Rwork0.2201 --
obs0.2224 33633 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.916 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.2103 Å20 Å20 Å2
2--2.2597 Å20 Å2
3----10.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.763 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2540 0 5 120 2665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082576
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1013489
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.974985
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072415
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005444
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.26480.35361540.31852630X-RAY DIFFRACTION100
2.2648-2.33790.36011470.26972690X-RAY DIFFRACTION100
2.3379-2.42150.34141290.26482631X-RAY DIFFRACTION100
2.4215-2.51840.37161400.26252723X-RAY DIFFRACTION100
2.5184-2.6330.25961570.26032592X-RAY DIFFRACTION100
2.633-2.77180.32551060.25232700X-RAY DIFFRACTION100
2.7718-2.94550.29461320.23632684X-RAY DIFFRACTION100
2.9455-3.17290.24651360.22782686X-RAY DIFFRACTION100
3.1729-3.49210.29481570.20912635X-RAY DIFFRACTION100
3.4921-3.99710.23021270.20152659X-RAY DIFFRACTION100
3.9971-5.0350.20181550.15942681X-RAY DIFFRACTION100
5.035-46.77330.24121440.21932638X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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