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- PDB-5a4r: Crystal structure of a vitamin B12 trafficking protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a4r
タイトルCrystal structure of a vitamin B12 trafficking protein
要素METHYLMALONIC ACIDURIA AND HOMOCYSTINURIA TYPE D HOMOLOG, MITOCHONDRIAL
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性Cobalamin (Cbl) metabolism / Methylmalonic aciduria and homocystinuria type D protein / Methylmalonic aciduria and homocystinuria type D protein / cobalamin metabolic process / mitochondrion / cytosol / cytoplasm / Cobalamin trafficking protein CblD
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Kopec, J. / Fitzpatrick, F. / Froese, D.S. / Velupillai, S. / Nowak, R. / Chalk, R. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. ...Kopec, J. / Fitzpatrick, F. / Froese, D.S. / Velupillai, S. / Nowak, R. / Chalk, R. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bountra, C. / Fowler, B. / Baumgartner, M.R. / Yue, W.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Insights Into the Mmachc-Mmadhc Protein Complex Involved in Vitamin B12 Trafficking.
著者: Froese, D.S. / Kopec, J. / Fitzpatrick, F. / Schuller, M. / Mccorvie, T.J. / Chalk, R. / Plessl, T. / Fettelschoss, V. / Fowler, B. / Baumgartner, M.R. / Yue, W.W.
履歴
登録2015年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Database references
改定 1.22015年12月16日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHYLMALONIC ACIDURIA AND HOMOCYSTINURIA TYPE D HOMOLOG, MITOCHONDRIAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2161
ポリマ－19,2161
非ポリマー00
水46826
1
A: METHYLMALONIC ACIDURIA AND HOMOCYSTINURIA TYPE D HOMOLOG, MITOCHONDRIAL

A: METHYLMALONIC ACIDURIA AND HOMOCYSTINURIA TYPE D HOMOLOG, MITOCHONDRIAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4312
ポリマ－38,4312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+3/21
Buried area2220 Å2
ΔGint-22.4 kcal/mol
Surface area16950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.210, 89.530, 64.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 METHYLMALONIC ACIDURIA AND HOMOCYSTINURIA TYPE D HOMOLOG, MITOCHONDRIAL / MMADHC


分子量: 19215.596 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 129-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q99LS1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.06 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 22% POLYACRYLIC ACID 5100, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97826
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97826 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→44.76 Å / Num. obs: 10530 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 55.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 31.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→44.765 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.53 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: MISSING ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES 129 TO 131, 160 TO 168, 237 TO 245
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2554 529 5 %
Rwork0.2286 --
obs0.23 10518 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0 Å2 / ksol: 0 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 66.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→44.765 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1118 0 0 26 1144
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071136
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9691539
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.461395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037181
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005196
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2501-2.47650.32541350.26362442X-RAY DIFFRACTION100
2.4765-2.83480.29561230.26122471X-RAY DIFFRACTION100
2.8348-3.57130.28731250.25482494X-RAY DIFFRACTION100
3.5713-44.77380.23031460.20882582X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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