- PDB-5a4r: Crystal structure of a vitamin B12 trafficking protein -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 5a4r
タイトル
Crystal structure of a vitamin B12 trafficking protein
要素
METHYLMALONIC ACIDURIA AND HOMOCYSTINURIA TYPE D HOMOLOG, MITOCHONDRIAL
キーワード
TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
Cobalamin (Cbl, vitamin B12) transport and metabolism / Methylmalonic aciduria and homocystinuria type D protein / Methylmalonic aciduria and homocystinuria type D protein / cobalamin metabolic process / mitochondrion / cytoplasm / Cobalamin trafficking protein CblD
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.97826 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.25→44.76 Å / Num. obs: 10530 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 55.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 31.6
反射 シェル
解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.6
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
PHENIX
(PHENIX.REFINE)
精密化
XDS
データ削減
Aimless
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→44.765 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.53 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: MISSING ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES 129 TO 131, 160 TO 168, 237 TO 245
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.2554
529
5 %
Rwork
0.2286
-
-
obs
0.23
10518
99.77 %
溶媒の処理
減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0 Å2 / ksol: 0 e/Å3