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- PDB-5a4a: Crystal structure of the OSK domain of Drosophila Oskar -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a4a
タイトルCrystal structure of the OSK domain of Drosophila Oskar
要素MATERNAL EFFECT PROTEIN OSKAR
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA-BINDING PROTEIN / SGNH HYDROLASE / RNA BINDING / GERM PLASM
機能・相同性
機能・相同性情報


posterior abdomen determination / pole plasm mRNA localization / regulation of oskar mRNA translation / P granule assembly / pole plasm protein localization / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / pole plasm / posterior cell cortex / thermosensory behavior / pole plasm assembly ...posterior abdomen determination / pole plasm mRNA localization / regulation of oskar mRNA translation / P granule assembly / pole plasm protein localization / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / pole plasm / posterior cell cortex / thermosensory behavior / pole plasm assembly / segmentation / P granule organization / pole cell formation / visual behavior / P granule / germ cell nucleus / cortical actin cytoskeleton organization / oogenesis / germ cell development / protein localization to nucleus / long-term memory / regulation of mRNA stability / visual learning / cell cortex / endosome / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
OSK domain / OSK domain / OST-HTH/LOTUS domain / LOTUS-like domain / OST-HTH/LOTUS domain / OST-type HTH domain profile. / SGNH hydrolase / SGNH hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Maternal effect protein oskar
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.699 Å
データ登録者Jeske, M. / Glatt, S. / Ephrussi, A. / Mueller, C.W.
引用ジャーナル: Cell Rep. / 年: 2015
タイトル: The Crystal Structure of the Drosophila Germline Inducer Oskar Identifies Two Domains with Distinct Vasa Helicase-and RNA-Binding Activities.
著者: Jeske, M. / Bordi, M. / Glatt, S. / Muller, S. / Rybin, V. / Muller, C.W. / Ephrussi, A.
履歴
登録2015年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 1.22015年8月12日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / reflns / reflns_shell / Item: _diffrn_detector.type / _reflns.pdbx_CC_half
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MATERNAL EFFECT PROTEIN OSKAR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7487
ポリマ－24,1711
非ポリマー5766
水4,648258
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.430, 68.430, 101.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 MATERNAL EFFECT PROTEIN OSKAR / OSKAR


分子量: 24171.199 Da / 分子数: 1 / 断片: OSK DOMAIN, RESIDUES 401-606 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P25158
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.48 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99986
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99986 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 30657 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1.51 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 18.91 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 13.31
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 1.867 / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / CC1/2: 0.64 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.699→34.215 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.38 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE OCCUPANCY OF SIDE CHAIN ATOMS, FOR WHICH ELECTRON DENSITY WAS POOR, IS SET TO 0.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1945 2384 7.8 %
Rwork0.1663 --
obs0.1685 30656 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.699→34.215 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1678 0 30 258 1966
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071759
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0462375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.118666
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077260
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004301
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6991-1.73380.26631310.29481600X-RAY DIFFRACTION97
1.7338-1.77150.34171420.27321618X-RAY DIFFRACTION99
1.7715-1.81270.29821360.25191635X-RAY DIFFRACTION99
1.8127-1.8580.29091390.22891634X-RAY DIFFRACTION99
1.858-1.90830.23631360.21261661X-RAY DIFFRACTION99
1.9083-1.96440.23791390.19661614X-RAY DIFFRACTION100
1.9644-2.02780.20661420.17981652X-RAY DIFFRACTION100
2.0278-2.10030.21021380.16471656X-RAY DIFFRACTION100
2.1003-2.18440.19651380.15331660X-RAY DIFFRACTION100
2.1844-2.28370.17171400.15351662X-RAY DIFFRACTION100
2.2837-2.40410.17321370.14541644X-RAY DIFFRACTION100
2.4041-2.55470.18951460.15131675X-RAY DIFFRACTION100
2.5547-2.75190.18461400.15621670X-RAY DIFFRACTION100
2.7519-3.02870.19461410.1611678X-RAY DIFFRACTION100
3.0287-3.46650.1741400.14751711X-RAY DIFFRACTION100
3.4665-4.36610.14741430.13311709X-RAY DIFFRACTION100
4.3661-34.22190.19431560.17391793X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.09790.14480.11021.1729-0.28841.58330.02960.03710.01260.00150.020.09540.0467-0.2957-0.06330.1120.0054-0.0020.1340.00650.092828.08419.697839.1085
21.32790.3918-0.06410.88780.15022.05020.02120.02080.1607-0.01240.03150.0476-0.27960.022-0.0420.11910.0014-0.00240.0549-0.00310.088438.759427.501149.7764
30.51940.1139-0.27270.32340.18191.6968-0.0039-0.0426-0.08310.05880.0421-0.10180.23380.254-0.05410.12950.038-0.02250.1277-0.0130.132244.640713.818846.7265
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 399 THROUGH 460 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 461 THROUGH 546 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 547 THROUGH 606 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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