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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a3k | ||||||
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タイトル | Chorismatase mechanisms reveal fundamentally different types of reaction in a single conserved protein fold | ||||||
要素 | PUTATIVE PTERIDINE-DEPENDENT DIOXYGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 3-hydroxybenzoate synthase / Chorismatase, FkbO/Hyg5 family / : / Chorismatase FkbO/Hyg5-like, N-terminal / oxo-acid-lyase activity / RutC-like superfamily / 3-HYDROXYBENZOIC ACID / 3-hydroxybenzoate synthase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | STREPTOMYCES HYGROSCOPICUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.753 Å | ||||||
データ登録者 | Hubrich, F. / Juneja, P. / Mueller, M. / Diederichs, K. / Welte, W. / Andexer, J.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015 タイトル: Chorismatase Mechanisms Reveal Fundamentally Different Types of Reaction in a Single Conserved Protein Fold. 著者: Hubrich, F. / Juneja, P. / Meuller, M. / Diederichs, K. / Welte, W. / Andexer, J.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5a3k.cif.gz | 402.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5a3k.ent.gz | 336.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5a3k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5a3k_validation.pdf.gz | 482.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5a3k_full_validation.pdf.gz | 514.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5a3k_validation.xml.gz | 41.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5a3k_validation.cif.gz | 55.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/5a3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/5a3k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37453.980 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) STREPTOMYCES HYGROSCOPICUS (バクテリア) プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RP-PL1SL2 / 参照: UniProt: O30478 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.1 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: C327S HYG5 WAS CONCENTRATED TO 2MG/ML AND AFTERWARDS SUPPLEMENTED WITH 15 MM 3-HBA. C327S WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING-DROP DIFFUSION METHOD IN 0.1 M MES PH6.5-7,0.2 M AMMONIUM SULPHATE,PH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99987 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月14日 |
放射 | モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→44.27 Å / Num. obs: 30925 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 0.64 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 57.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.28 / Net I/σ(I): 5.15 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 5AG3 解像度: 2.753→44.266 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.1 / 位相誤差: 35.27 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.753→44.266 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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